RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_019225
当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 26793838-26797259 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2034 bp · LXL04_019225|LXL04_019225|OH1004|cDNA

ATGAAGAAGCAAAAATGTATCCGCGAAGATGCTGAAACCAAGATCAAACCTTTTGATTTTCTCTCAGAAGAAATAGTTTGTTCAATCTTAGACTACCTCAAATCAAACCCATTCGATCTAAAATCTTTCTCCCTAGTCTCCAAATCGTTCTATTCAATTGAATCTTGCCATCGGAAAACATTAAAACCCTTCCCTCGTACCTCGAACGACCATCGTCATGATCAATTAAAAAAACTTTTGAAACGATACCCTTTTCTTAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2028 bp · LXL04_019225|LXL04_019225|OH1004|CDS

ATGAAGAAGCAAAAATGTATCCGCGAAGATGCTGAAACCAAGATCAAACCTTTTGATTTTCTCTCAGAAGAAATAGTTTGTTCAATCTTAGACTACCTCAAATCAAACCCATTCGATCTAAAATCTTTCTCCCTAGTCTCCAAATCGTTCTATTCAATTGAATCTTGCCATCGGAAAACATTAAAACCCTTCCCTCGTACCTCGAACGACCATCGTCATGATCAATTAAAAAAACTTTTGAAACGATACCCTTTTCTTAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

675 aa · LXL04_019225|LXL04_019225|OH1004|PROTEIN

MKKQKCIREDAETKIKPFDFLSEEIVCSILDYLKSNPFDLKSFSLVSKSFYSIESCHRKTLKPFPRTSNDHRHDQLKKLLKRYPFLTRLDLSLCPRITDGCLSYITNSCGKTLKSIDLSRSKFFTHVGLSYLVSNCFNLVDIDLSNAIHLNDTAAAAVATCRSLERLCLTRCKSLTDIGIGCIAVGCSNLRVLSLKWCLGVSDLGVALIGVKCKQIRSLDLSHLLITEKCLPSLLKLQYLEDLTLEGCCGINDESLVSLK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_019225
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_019225
位置Chr04:26793838-26797259 (-)
描述Similar to FBL3: F-box/LRR-repeat protein 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g01720 F盒/LRR重复蛋白3。 暂无已核实直接文献
At4g15475 F-box/LRR重复蛋白4。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019225 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0010225 response to UV-C 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0019005 SCF ubiquitin ligase complex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G15475
ath:AT5G01720
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.783
排名 1 · LXL04_019225 · OH-1004
细胞质0.157
排名 2 · LXL04_019225 · OH-1004
细胞膜0.041
排名 3 · LXL04_019225 · OH-1004
质体0.035
排名 4 · LXL04_019225 · OH-1004
线粒体0.033
排名 5 · LXL04_019225 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25372.2LRR_FBXL1594-221 aa
PF29594.1LRR_SKP2113-199 aa
PF29594.1LRR_SKP2206-298 aa
PF25372.2LRR_FBXL15212-299 aa
PF25372.2LRR_FBXL15287-415 aa
PF29594.1LRR_SKP2313-403 aa
PF25372.2LRR_FBXL15335-488 aa
PF29594.1LRR_SKP2395-525 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_019225PF25372.2LRR_FBXL15942213.7e-33115.5
LXL04_019225PF29594.1LRR_SKP21131999.6e-31107.7
LXL04_019225PF29594.1LRR_SKP22062989.6e-31107.7
LXL04_019225PF25372.2LRR_FBXL152122993.7e-33115.5
LXL04_019225PF25372.2LRR_FBXL152874153.7e-33115.5
LXL04_019225PF29594.1LRR_SKP23134039.6e-31107.7
LXL04_019225PF25372.2LRR_FBXL153354883.7e-33115.5
LXL04_019225PF29594.1LRR_SKP23955259.6e-31107.7
LXL04_019225PF13516.13LRR_64164381.7e-2484.6
LXL04_019225PF25372.2LRR_FBXL154335823.7e-33115.5
LXL04_019225PF29594.1LRR_SKP24726089.6e-31107.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8RWU5拟南芥F-box/LRR-repeat protein 360.889%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9C5D2拟南芥F-box/LRR-repeat protein 427.489%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看