TkA05G025490 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G025490

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 6892630-6896948 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3067 bp · TkA05G025490|TK1151|cDNA

GCCCGTTTTGCAATATTTTCTTTCCCGTCCCCTCTTCCTCCCTCCCGCTTCCCTTCATTCATTCGAAATATATACACCCCCAAATACTCTCTAAACTGCACACTTTCTCTCCTGCTATCTCGAAATTATCTCCTCATTTCGGCCTGTGCGGCACTGCAAATTTCTTCTGCTGTCATCAGATTTTCCCCTACACTTAAGCAGGAGAAGATGGCTGTGGAGATTACAGAGTTCCTCTTATCTGCCCAATCACCAGATACAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2820 bp · TkA05G025490|TK1151|CDS

GCCCGTTTTGCAATATTTTCTTTCCCGTCCCCTCTTCCTCCCTCCCGCTTCCCTTCATTCATTCGAAATATATACACCCCCAAATACTCTCTAAACTGCACACTTTCTCTCCTGCTATCTCGAAATTATCTCCTCATTTCGGCCTGTGCGGCACTGCAAATTTCTTCTGCTGTCATCAGATTTTCCCCTACACTTAAGCAGGAGAAGATGGCTGTGGAGATTACAGAGTTCCTCTTATCTGCCCAATCACCAGATACAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

939 aa · TkA05G025490|TK1151|PROTEIN

ARFAIFSFPSPLPPSRFPSFIRNIYTPKYSLNCTLSLLLSRNYLLISACAALQISSAVIRFSPTLKQEKMAVEITEFLLSAQSPDTKVRTEAEARLRQFQEQNLPGFLLSLSLELSNDNKPLESRRLAGIVLKNSLDAKDATTKEHLLQRWVSNDISFRSQVKGLLLSTLGSSVSEAGHTAAQVIAKIASIEIPRKEWPDLIASLLTNMTQQDKPASLKQATLESLGYVCEEISHNDLVQDEVNSVLTAVVQGMNVTEHS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G025490`
TK1151 ID	TkA05G025490
OH-1004 ID	LXL04_035368
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	61.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.439 / OH-1004 95.614 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G025490

位置 Chr05:6892630-6896948 (+)

描述 Similar to KPNB1: Importin subunit beta-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g53480`	作为耐旱性的负效应子。	An Arabidopsis homolog of importin β1 is required for ABA response and drought tolerance.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12207

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035368 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006404 RNA import into nucleus 生物过程

GO:0006606 protein import into nucleus 生物过程

GO:0006607 NLS-bearing protein import into nucleus 生物过程

GO:0006610 ribosomal protein import into nucleus 生物过程

GO:0007079 mitotic chromosome movement towards spindle pole 生物过程

GO:0007080 mitotic metaphase chromosome alignment 生物过程

GO:0030953 astral microtubule organization 生物过程

GO:0035332 positive regulation of hippo signaling 生物过程

GO:0040001 establishment of mitotic spindle localization 生物过程

GO:0045540 regulation of cholesterol biosynthetic process 生物过程

GO:0045542 positive regulation of cholesterol biosynthetic process 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G53480

hsa:3837

mmu:16211

rno:24917

xla:100137718

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.730

排名 1 · TkA05G025490 · TK1151

细胞质0.599

排名 2 · TkA05G025490 · TK1151

细胞膜0.036

排名 3 · TkA05G025490 · TK1151

线粒体0.036

排名 4 · TkA05G025490 · TK1151

内质网0.032

排名 5 · TkA05G025490 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12460MMS19_C53-102 aa

PF02985HEAT77-92 aa

PF00514Arm78-92 aa

PF13646HEAT_282-101 aa

PF23271HEAT_GCN189-107 aa

PF03810IBN_N92-171 aa

PF13513HEAT_EZ95-132 aa

PF26715HEAT_GCN1_2151-230 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G025490	`PF12460`	MMS19_C	53	102	1e-05	25.5
TkA05G025490	`PF02985`	HEAT	77	92	3.5e-17	61.6
TkA05G025490	`PF00514`	Arm	78	92	5.8e-08	33.2
TkA05G025490	`PF13646`	HEAT_2	82	101	1.9e-08	35.2
TkA05G025490	`PF23271`	HEAT_GCN1	89	107	1.8e-09	38.7
TkA05G025490	`PF03810`	IBN_N	92	171	4.6e-12	46.5
TkA05G025490	`PF13513`	HEAT_EZ	95	132	9.2e-21	74.6
TkA05G025490	`PF26715`	HEAT_GCN1_2	151	230	1.3	9.6
TkA05G025490	`PF28349`	HSF2BP_C	157	226	0.023	15.8
TkA05G025490	`PF13646`	HEAT_2	162	226	1.9e-08	35.2
TkA05G025490	`PF24987`	HEAT_EF3_N	167	267	9.8e-08	32.9
TkA05G025490	`PF25780`	TPR_IPO5	180	334	4.4e-09	37.5
TkA05G025490	`PF24714`	TOR1L1_N	184	340	5.3e-11	43.1
TkA05G025490	`PF23271`	HEAT_GCN1	195	240	1.8e-09	38.7
TkA05G025490	`PF13513`	HEAT_EZ	198	228	9.2e-21	74.6
TkA05G025490	`PF25782`	TPR_CAND1	198	252	5.8e-06	27.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJD4`	拟南芥	sp\|Q9FJD4\|IMB1_ARATH Importin subunit beta-1	61.000%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情