TkA05G025070 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G025070

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 6795457-6796026 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

570 bp · TkA05G025070|TK1151|cDNA

ATGGATTTCTTATTACACTACAGAAACCCTAATTTCCATTCTTCTTCAGTAGCCTTAACAAGCAATAAAGTCAACAACAAATTACATGCTGGGAGAGAAGTGGAGAAGAAGAAGAACAAGAGAAACAACAAGATCAGCACCAAAGTGAAGCTTTCAACAGACCCACAAAGTGTAGCTGCAAGAGAGAGAAGACACAGAATCAGCGAGCGATTCAAGATTCTGCGAAGCTTGATACCAGGTGGTGACACCAGGAACATGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

570 bp · TkA05G025070|TK1151|CDS

ATGGATTTCTTATTACACTACAGAAACCCTAATTTCCATTCTTCTTCAGTAGCCTTAACAAGCAATAAAGTCAACAACAAATTACATGCTGGGAGAGAAGTGGAGAAGAAGAAGAACAAGAGAAACAACAAGATCAGCACCAAAGTGAAGCTTTCAACAGACCCACAAAGTGTAGCTGCAAGAGAGAGAAGACACAGAATCAGCGAGCGATTCAAGATTCTGCGAAGCTTGATACCAGGTGGTGACACCAGGAACATGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

189 aa · TkA05G025070|TK1151|PROTEIN

MDFLLHYRNPNFHSSSVALTSNKVNNKLHAGREVEKKKNKRNNKISTKVKLSTDPQSVAARERRHRISERFKILRSLIPGGDTRNMDTVSMLEEAIQYVKFLKAQIWLQQTMISFENCDDYDNANRNYHHYDQYSHQNLLPSDIFNSDHHHLSSLPQMEHEIVPQLGFEDGSCFKVEDEDNMFSHGIIM

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G025070`
TK1151 ID	TkA05G025070
OH-1004 ID	LXL04_019167
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.884 / OH-1004 38.866 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G025070

位置 Chr05:6795457-6796026 (+)

描述 Similar to LAX1: Transcription factor LAX PANICLE 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g01310`	转录因子bHLH140。	暂无已核实直接文献
`At3g21330`	转录因子bHLH87。	暂无已核实直接文献
`At5g09750`	对雌性生殖道发育和生育力必需。	The HECATE genes regulate female reproductive tract development in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1242/dev.011510
`At3g50330`	对雌性生殖道发育和生育力必需。	The HECATE genes regulate female reproductive tract development in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1242/dev.011510

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0831000`	转录因子，似乎在胚后发育中调节器官生成。	LAX PANICLE2 of rice encodes a novel nuclear protein and regulates the formation of axillary meristems.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.088765

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019167 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000012 single strand break repair 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006790 sulfur compound metabolic process 生物过程

GO:0009150 purine ribonucleotide metabolic process 生物过程

GO:0010197 polar nucleus fusion 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048586 regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0048587 regulation of short-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:2000032 regulation of secondary shoot formation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G21330

ath:AT4G00120

dosa:Os01g0831000

dosa:Os05g0541400

osa:9269440

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.975

排名 1 · TkA05G025070 · TK1151

细胞质0.111

排名 2 · TkA05G025070 · TK1151

细胞膜0.020

排名 3 · TkA05G025070 · TK1151

内质网0.015

排名 4 · TkA05G025070 · TK1151

质体0.009

排名 5 · TkA05G025070 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00010HLH37-47 aa

PF23173bHLH_SAC5139-51 aa

PF23177bHLH_IRO357-106 aa

PF00010HLH60-103 aa

PF23173bHLH_SAC5162-108 aa

PF23176bHLH_LHW64-103 aa

PF06862Utp25_C85-136 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G025070	`PF00010`	HLH	37	47	7.3e-10	39.2
TkA05G025070	`PF23173`	bHLH_SAC51	39	51	1.1e-09	38.7
TkA05G025070	`PF23177`	bHLH_IRO3	57	106	0.00049	21.1
TkA05G025070	`PF00010`	HLH	60	103	7.3e-10	39.2
TkA05G025070	`PF23173`	bHLH_SAC51	62	108	1.1e-09	38.7
TkA05G025070	`PF23176`	bHLH_LHW	64	103	0.0077	16.9
TkA05G025070	`PF06862`	Utp25_C	85	136	0.077	13.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M041`	拟南芥	sp\|Q9M041\|BH140_ARATH Transcription factor bHLH140	74.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q8S3D2`	拟南芥	sp\|Q8S3D2\|BH087_ARATH Transcription factor bHLH87	52.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LXD8`	拟南芥	sp\|Q9LXD8\|HEC3_ARATH Transcription factor HEC3	63.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SND4`	拟南芥	sp\|Q9SND4\|HEC2_ARATH Transcription factor HEC2	67.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q7XAQ6`	水稻	sp\|Q7XAQ6\|LAX1_ORYSJ Transcription factor LAX PANICLE 1	66.700%	Swiss-Prot	低置信

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