TkA05G023660 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G023660

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 6425943-6431149 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1139 bp · TkA05G023660|TK1151|cDNA

AATCGTTTCGTATTTGCTAATTGTTAGCTACCGCTATCTATTTTTGCCTTTCTGGATTAGGCTTTATAGTTGAATGTACACGACTCCGCGCTATAAACCCACTACACATGTTTCTTGCGGAAATGATCTGGGGTTAGTACAGCTCGAAACAATGGTCGGGCCAAGAAGGCCACAGTTCGTGCTGTTCGGTTCCTCGATCGTTCAATTTAGCTTCGGTGAGGAAGGTTGGGGTGCGATTCTTGCAGACATTTACGCTCGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

747 bp · TkA05G023660|TK1151|CDS

ATGTACACGACTCCGCGCTATAAACCCACTACACATGTTTCTTGCGGAAATGATCTGGGGTTAGTACAGCTCGAAACAATGGTCGGGCCAAGAAGGCCACAGTTCGTGCTGTTCGGTTCCTCGATCGTTCAATTTAGCTTCGGTGAGGAAGGTTGGGGTGCGATTCTTGCAGACATTTACGCTCGCAAGGCAGACATATTTATGCGAGGATATGCCGGTTGGAACTCTAGGCAAGCTGTACAAGTTCTGGATCAAGTTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

248 aa · TkA05G023660|TK1151|PROTEIN

MYTTPRYKPTTHVSCGNDLGLVQLETMVGPRRPQFVLFGSSIVQFSFGEEGWGAILADIYARKADIFMRGYAGWNSRQAVQVLDQVFPKDETVQPSLVIVYFGGNDSVLPSPDGLSPHIPLSEYVENMRKIAIHLKSLSEKTRIIFLTAPPVNEVQILQVLGTKGRTNELCKKYADACVRLCREMNIKVINLCNTLKQRDDWLTTCFTDGIHLSPVGSKIVAKEILKVIMEADWKPSLDWESLPVEFG

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G023660`
TK1151 ID	TkA05G023660
OH-1004 ID	LXL04_019157
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G023660

位置 Chr05:6425943-6431149 (-)

描述 Similar to CPRD49: GDSL esterase/lipase CPRD49

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g11210`	GDSL 酶/脂肪酶 CPRD49。	暂无已核实直接文献
`At2g38180`	GDSL 酯酶/脂肪酶 At2g38180。	暂无已核实直接文献
`At5g45920`	GDSL酯酶/脂肪酶 At5g45920。	暂无已核实直接文献
`At5g62930`	GDSL 酯酶/脂肪酶 At5g62930。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0708400`	参与叶角质层和蜡晶体的组织。	Mutation in Wilted Dwarf and Lethal 1 (WDL1) causes abnormal cuticle formation and rapid water loss in rice.2010 · DOI: 10.1007/s11103-010-9656-x

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019157 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016042 lipid catabolic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0016788 hydrolase activity, acting on ester bonds 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G38180

ath:AT3G11210

ath:AT5G45920

ath:AT5G62930

dosa:Os11g0708400

osa:4351232

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.616

排名 1 · TkA05G023660 · TK1151

细胞核0.306

排名 2 · TkA05G023660 · TK1151

线粒体0.097

排名 3 · TkA05G023660 · TK1151

过氧化物酶体0.076

排名 4 · TkA05G023660 · TK1151

细胞膜0.065

排名 5 · TkA05G023660 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00657Lipase_GDSL36-225 aa

PF13472Lipase_GDSL_237-219 aa

PF04311DUF45993-227 aa

PF12651RHH_3119-127 aa

PF12651RHH_3131-144 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G023660	`PF00657`	Lipase_GDSL	36	225	3.4e-19	70.5
TkA05G023660	`PF13472`	Lipase_GDSL_2	37	219	4.5e-21	76.9
TkA05G023660	`PF04311`	DUF459	93	227	0.0031	17.6
TkA05G023660	`PF12651`	RHH_3	119	127	0.21	12.3
TkA05G023660	`PF12651`	RHH_3	131	144	0.21	12.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SRM5`	拟南芥	sp\|Q9SRM5\|CPR49_ARATH GDSL esterase/lipase CPRD49	64.600%	Swiss-Prot	高置信
`O80443`	拟南芥	sp\|O80443\|GDL46_ARATH GDSL esterase/lipase At2g38180	66.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q6NMR9`	拟南芥	sp\|Q6NMR9\|GDL84_ARATH GDSL esterase/lipase At5g45920	44.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FM04`	拟南芥	sp\|Q9FM04\|GDL88_ARATH GDSL esterase/lipase At5g62930	37.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q7XXR3`	水稻	sp\|Q7XXR3\|WDL1_ORYSJ GDSL esterase/lipase WDL1	64.600%	Swiss-Prot	高置信

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