TkA05G023440 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G023440

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 6367497-6368917 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1301 bp · TkA05G023440|TK1151|cDNA

AGATTACACTCACTCCCTCTCTCTCTTCCCCAACCCCAATATATCAGTAGCATTCAAAACGCAAAACTCGCCACTCCTCTCCCTCTGACATCCTCAATCTCTTCTCCCACCCTGTTACAGAATCACTGTTTCCCACCCATAATCACACAGATCGAAGAGCAAAGGGACAGGAGAACGATGGACGGCACCGGAGTAGTAGCAGTCTACGGCAACGGCGCGCTAACAGAGAGCAAGAAGTCTACGTTCTCCGTCAAAGTCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1104 bp · TkA05G023440|TK1151|CDS

AGATTACACTCACTCCCTCTCTCTCTTCCCCAACCCCAATATATCAGTAGCATTCAAAACGCAAAACTCGCCACTCCTCTCCCTCTGACATCCTCAATCTCTTCTCCCACCCTGTTACAGAATCACTGTTTCCCACCCATAATCACACAGATCGAAGAGCAAAGGGACAGGAGAACGATGGACGGCACCGGAGTAGTAGCAGTCTACGGCAACGGCGCGCTAACAGAGAGCAAGAAGTCTACGTTCTCCGTCAAAGTCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

367 aa · TkA05G023440|TK1151|PROTEIN

RLHSLPLSLPQPQYISSIQNAKLATPLPLTSSISSPTLLQNHCFPPIITQIEEQRDRRTMDGTGVVAVYGNGALTESKKSTFSVKVGLAQMLRGGVIMDVVNADQARIAEEAGACAVMALERVPADIRAQGGVARMSDPQLIKEIKQAVTIPVMAKARIGHFVEAQILEAIGVDYIDESEVLTLADDMNHINKHNFRIPYVCGCRNLGEALRRIREGAAMIRTKGEAGTGNIIEAVRHVRSVMGDIRVLANMDEDEVFTF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G023440`
TK1151 ID	TkA05G023440
OH-1004 ID	LXL04_019153
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.371 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G023440

位置 Chr05:6367497-6368917 (-)

描述 Similar to PDX1: Probable pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g01410`	催化由核糖-5-磷酸（RBP）、甘油醛-3-磷酸（G3P）和氨生成吡哆醛-5'-磷酸。	暂无已核实直接文献
`At2g38230`	催化由核糖-5-磷酸（RBP）、甘油醛-3-磷酸（G3P）和氨生成吡哆醛-5'-磷酸。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0100200`	催化由核糖-5-磷酸（RBP）、甘油醛-3-磷酸（G3P）和氨生成吡哆醛-5'-磷酸。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019153 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006520 amino acid metabolic process 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0006982 response to lipid hydroperoxide 生物过程

GO:0008615 pyridoxine biosynthetic process 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0010335 response to non-ionic osmotic stress 生物过程

GO:0015994 chlorophyll metabolic process 生物过程

GO:0042538 hyperosmotic salinity response 生物过程

GO:0042823 pyridoxal phosphate biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G38230

ath:AT5G01410

dosa:Os07g0100200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.644

排名 1 · TkA05G023440 · TK1151

细胞质0.193

排名 2 · TkA05G023440 · TK1151

细胞核0.122

排名 3 · TkA05G023440 · TK1151

细胞膜0.064

排名 4 · TkA05G023440 · TK1151

线粒体0.059

排名 5 · TkA05G023440 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01680SOR_SNZ82-287 aa

PF00218IGPS94-171 aa

PF03060NMO98-155 aa

PF05690ThiG102-176 aa

PF01207Dus106-165 aa

PF05690ThiG191-215 aa

PF01207Dus264-339 aa

PF05690ThiG267-331 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G023440	`PF01680`	SOR_SNZ	82	287	9.8e-112	372.5
TkA05G023440	`PF00218`	IGPS	94	171	0.075	12.9
TkA05G023440	`PF03060`	NMO	98	155	0.19	11.8
TkA05G023440	`PF05690`	ThiG	102	176	2.7e-10	40.7
TkA05G023440	`PF01207`	Dus	106	165	1.2e-05	25.3
TkA05G023440	`PF05690`	ThiG	191	215	2.7e-10	40.7
TkA05G023440	`PF01207`	Dus	264	339	1.2e-05	25.3
TkA05G023440	`PF05690`	ThiG	267	331	2.7e-10	40.7
TkA05G023440	`PF03060`	NMO	270	312	0.19	11.8
TkA05G023440	`PF00218`	IGPS	282	324	0.075	12.9
TkA05G023440	`PF17935`	TetR_C_27	310	343	3.5e-05	24.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L940`	拟南芥	sp\|Q8L940\|PDX13_ARATH Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3	92.200%	Swiss-Prot	高置信
`O80448`	拟南芥	sp\|O80448\|PDX11_ARATH Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.1	88.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q69LA6`	水稻	sp\|Q69LA6\|PDX11_ORYSJ Probable pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.1	85.700%	Swiss-Prot	高置信

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