TkA05G020480 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G020480

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 5603989-5608450 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3139 bp · TkA05G020480|TK1151|cDNA

CTTCATTCACTCATAAAACACCTACTGAAAACCCTCTTACGTTCATTTCTTCAACCCAAACATGAAGCCAAATCGCAAGCTCAAGAAACCCCCAACTTCTTGTTCTAAGTTCGATTTGGAAGAGATTATCGGGTTGACGGTGAGGAACGACAACGGATTGGCTTCTAGCACTTCCGATTCCAAGTTTGTATATATAGCAGGATGTGTTGTAGTGCTTTACGACGTCGATTCAGGAACTCAATCGCACCTTATGGAATCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

3063 bp · TkA05G020480|TK1151|CDS

ATGAAGCCAAATCGCAAGCTCAAGAAACCCCCAACTTCTTGTTCTAAGTTCGATTTGGAAGAGATTATCGGGTTGACGGTGAGGAACGACAACGGATTGGCTTCTAGCACTTCCGATTCCAAGTTTGTATATATAGCAGGATGTGTTGTAGTGCTTTACGACGTCGATTCAGGAACTCAATCGCACCTTATGGAATCTAATCGTTCGCCCAAGCCTTTCAGCTGTGTTGCCGTCTCTCAAGATGGAAGCTATATTGCAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1020 aa · TkA05G020480|TK1151|PROTEIN

MKPNRKLKKPPTSCSKFDLEEIIGLTVRNDNGLASSTSDSKFVYIAGCVVVLYDVDSGTQSHLMESNRSPKPFSCVAVSQDGSYIAAGESGQQPSIIVWSSATMASIPELKGHRYGVACMAFSPDGKHLVSVGTPQDGYLCFWDWRSGTLVKKMKACSSFCAVSSVTFSADANFILTAGKRHLKIWTVGLPTKSQAKTKTKTKTVSLTMHGKAVNLGQLKGCTFIAVTSPFKTYGNVADGKGSEPVIVYALTDTGVLCLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G020480`
TK1151 ID	TkA05G020480
OH-1004 ID	LXL04_019125
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	95.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA05G020480`
位置	Chr05:5603989-5608450 (+)
描述	Similar to Mapkbp1: Mitogen-activated protein kinase-binding protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_019125` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0007052 mitotic spindle organization 生物过程 GO:0007099 centriole replication 生物过程 GO:0032717 negative regulation of interleukin-8 production 生物过程 GO:0043124 negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction 生物过程 GO:0046330 positive regulation of JNK cascade 生物过程 GO:0046605 regulation of centrosome cycle 生物过程 GO:0097150 neuronal stem cell population maintenance 生物过程 GO:1900425 negative regulation of defense response to bacterium 生物过程 GO:0000922 spindle pole 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005730 nucleolus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:23005 hsa:284403 mmu:26390 ssc:100144885 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.622

排名 1 · TkA05G020480 · TK1151

细胞质0.321

排名 2 · TkA05G020480 · TK1151

细胞膜0.070

排名 3 · TkA05G020480 · TK1151

溶酶体／液泡0.037

排名 4 · TkA05G020480 · TK1151

内质网0.035

排名 5 · TkA05G020480 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24780WD40_MABP1-WDR62_1st32-364 aa

PF23414Beta-prop_EML_232-206 aa

PF24506KNTC1_N35-90 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st36-132 aa

PF30552CFAP251_N37-145 aa

PF23393Beta-prop_WDR90_POC16_2nd42-134 aa

PF24814WD40_Prp1947-205 aa

PF25175Beta-prop_WDR548-188 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G020480	`PF24780`	WD40_MABP1-WDR62_1st	32	364	4.2e-63	214.3
TkA05G020480	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	32	206	1.2e-36	127.2
TkA05G020480	`PF24506`	KNTC1_N	35	90	0.052	13.5
TkA05G020480	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	36	132	8.4e-42	144.1
TkA05G020480	`PF30552`	CFAP251_N	37	145	3.9e-25	89.5
TkA05G020480	`PF23393`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	42	134	1.5e-25	90.8
TkA05G020480	`PF24814`	WD40_Prp19	47	205	8e-44	150.5
TkA05G020480	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	48	188	8e-42	144.2
TkA05G020480	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	48	162	1.2e-36	127.2
TkA05G020480	`PF23410`	Beta-prop_VPS8	48	114	3.9e-13	49.9
TkA05G020480	`PF24782`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	49	143	5.9e-76	256.3
TkA05G020480	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	49	210	6.4e-52	176.6
TkA05G020480	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	49	210	3.5e-43	148.3
TkA05G020480	`PF23389`	Beta-prop_WDR19_1st	49	126	2e-06	27.8
TkA05G020480	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	50	189	3.7e-28	99.4
TkA05G020480	`PF24796`	WDR55	50	224	2.5e-23	83.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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