RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G016560
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 4658132-4667340 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3532 bp · TkA05G016560|TK1151|cDNA

GAACGTGCCCTAAGCAAAGGCAAAGAAAATAGAAACGCTCACGTGACATTAATTTTTTCTTTTCATCAAGAAACAACTTCGTTTAGAAATTCAGATGTCAGAAACATAAGCAAGAAACACAGTCTCCTTCGACATCAAAATTCAAAACCCTTGAAAACCCCCTTCGTATTTTCTGAGGTGAGAAAGTGCTACAGAGAGAAGGTATGGTGGACGTTTCAGCCACGGCCGGTAGTTCGAGAGAACTTTCGCCGGAGGAAGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2820 bp · TkA05G016560|TK1151|CDS

ATGGTGGACGTTTCAGCCACGGCCGGTAGTTCGAGAGAACTTTCGCCGGAGGAAGAGATGCAGATCATACATTCCACTTCAATGGCAGCCGAACCTCTAACCAAAGCAGGCGATACGTTTTGTTTAATTAGTCGGAGATGGTGGGAGAAATGGATTAGTTATGTAACTCACAGCAAGACAGGTGGCACAAATGAAGGATCATCTTCAGATCATCATGACCATTCAAATACTCCAAAAAGGCCATCAAGCATTGACAATTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

939 aa · TkA05G016560|TK1151|PROTEIN

MVDVSATAGSSRELSPEEEMQIIHSTSMAAEPLTKAGDTFCLISRRWWEKWISYVTHSKTGGTNEGSSSDHHDHSNTPKRPSSIDNSDLIYEAASINSTMGIELHDTLVEHTDYILVPEETWNQLCSWYGGGPKLERKVISGGQSQTELSVEVYPLRLRLHLMPKGDQCAIRISKKETIGTLHKKACEIFHLNSEQVSIWDYYSHRKHALMNDLDKTLDDANIQMDQDILVEAIDDGGGCTNDVQENGFAKNEPTALPEP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G016560
TK1151 IDTkA05G016560
OH-1004 IDLXL04_019075
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 95.314 / OH-1004 72.883
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G016560
位置Chr05:4658132-4667340 (+)
描述Similar to UBP5: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 5
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g40930 识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。
Ubiquitin-specific proteases from Arabidopsis thaliana: cloning of AtUBP5 and analysis of substrate specificity of AtUBP3, AtUBP4, and AtUBP5 using Escherichia coli in vivo and in vitro assays.2000 · DOI: 10.1006/abbi.2000.1874
At4g10590 识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。 暂无已核实直接文献
At4g10570 识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。 暂无已核实直接文献
At1g32850 识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。 暂无已核实直接文献
At5g22030 识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019075 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006508 proteolysis 生物过程
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0007032 endosome organization 生物过程
GO:0007265 Ras protein signal transduction 生物过程
GO:0016579 protein deubiquitination 生物过程
GO:0141137 positive regulation of gene expression, epigenetic 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0004843 cysteine-type deubiquitinase activity 分子功能
GO:0140950 histone H2A deubiquitinase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G32850
ath:AT2G40930
ath:AT4G10570
ath:AT4G10590
ath:AT5G22030
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.544
排名 1 · TkA05G016560 · TK1151
细胞核0.457
排名 2 · TkA05G016560 · TK1151
线粒体0.080
排名 3 · TkA05G016560 · TK1151
细胞膜0.069
排名 4 · TkA05G016560 · TK1151
内质网0.060
排名 5 · TkA05G016560 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06337DUSP37-140 aa
PF25242Ubiquitin_UBP8158-202 aa
PF21989RA_2163-212 aa
PF14533USP7_C2167-232 aa
PF00788RA168-196 aa
PF14836Ubiquitin_3172-238 aa
PF00443UCH318-885 aa
PF13423UCH_1319-499 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G016560PF06337DUSP371401.1e-2281.0
TkA05G016560PF25242Ubiquitin_UBP81582021.1e-0938.5
TkA05G016560PF21989RA_21632120.00417.9
TkA05G016560PF14533USP7_C21672325e-0627.1
TkA05G016560PF00788RA1681960.0514.8
TkA05G016560PF14836Ubiquitin_31722385.1e-0523.8
TkA05G016560PF00443UCH3188858.4e-78262.2
TkA05G016560PF13423UCH_13194991.3e-1352.0
TkA05G016560PF14533USP7_C24926025e-0627.1
TkA05G016560PF21989RA_25035650.00417.9
TkA05G016560PF00788RA5045500.0514.8
TkA05G016560PF13423UCH_17378671.3e-1352.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O22207拟南芥sp|O22207|UBP5_ARATH Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 564.100%Swiss-Prot高置信
Q93Y01拟南芥sp|Q93Y01|UBP9_ARATH Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 948.100%Swiss-Prot中等置信
Q9ZSB5拟南芥sp|Q9ZSB5|UBP10_ARATH Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1047.700%Swiss-Prot中等置信
Q9MAQ3拟南芥sp|Q9MAQ3|UBP11_ARATH Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1146.100%Swiss-Prot中等置信
Q9C585拟南芥sp|Q9C585|UBP8_ARATH Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 844.200%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看