TkA04G510990 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G510990

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 129055073-129056620 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1378 bp · TkA04G510990|TK1151|cDNA

ATAAAGGGTCTTTTGGGGAATTAACAAAAACTCAAGTATTACAAAGACAAGTGTGTATCGATACATTGAGCAGATACATACAATGATATTATATATACACACTCGTCATTCTACACCATAAAACTTAAACATCAATATCAAAGTCTCATACCTCTAAACCTAAAACAAAAATTGGATCCGAAAAACATAATCTACCAAAGCAAATTATCCGTGGAAGGAAAGTATTTGCCGCTGCATCGCACGGGTAGAATGCTAGTTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

570 bp · TkA04G510990|TK1151|CDS

ATGGCAGTCAAAACCGTAGCATACTCCACCCTGGTCCTGAGGATCCTCACTCTTGCGCTTTTAGTTGCTTCAGCGACGTACTTGGTTCTCAACAAATACAAGCTAGCTGGTCAGAAGACTACCTGGAAAGATCTCAAGACTTACAGGTATGTTTTTGCAACGGCTGTCATCGGTGCTGTCTACACGTTAATTCAAATTCCTTTCTCTTTATACTATGCGTGTACGGAGAAGAGGTTGATTCGTCATTCATGTCTCCCAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

189 aa · TkA04G510990|TK1151|PROTEIN

MAVKTVAYSTLVLRILTLALLVASATYLVLNKYKLAGQKTTWKDLKTYRYVFATAVIGAVYTLIQIPFSLYYACTEKRLIRHSCLPEFDFYGDKLISYILATGVGAGFAASMELKEIVDDLVAFIAFILAAADENIDLGFDLDKFHSRTHKFLDRGIVATILLTIGFAFMAVTSILSSLNRNRSNGFFR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G510990`
TK1151 ID	TkA04G510990
OH-1004 ID	LXL04_039172
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G510990

位置 Chr04:129055073-129056620 (+)

描述 Similar to RCOM_1206790: CASP-like protein 4D1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g39518`	类CASP蛋白4D2。	暂无已核实直接文献
`At2g39530`	类 CASP 蛋白 4D1。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039172 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002229 defense response to oomycetes 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

aly:9317727

ath:AT2G39518

ath:AT2G39530

rcu:8267759

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.814

排名 1 · TkA04G510990 · TK1151

内质网0.089

排名 2 · TkA04G510990 · TK1151

细胞质0.082

排名 3 · TkA04G510990 · TK1151

溶酶体／液泡0.052

排名 4 · TkA04G510990 · TK1151

细胞外0.036

排名 5 · TkA04G510990 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14358DUF44056-48 aa

PF04535CASP_dom7-112 aa

PF16491Peptidase_M48_N12-75 aa

PF14358DUF4405120-131 aa

PF14358DUF4405159-178 aa

PF16491Peptidase_M48_N163-177 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G510990	`PF14358`	DUF4405	6	48	3.7	8.9
TkA04G510990	`PF04535`	CASP_dom	7	112	2.3e-16	60.6
TkA04G510990	`PF16491`	Peptidase_M48_N	12	75	1.0	9.9
TkA04G510990	`PF14358`	DUF4405	120	131	3.7	8.9
TkA04G510990	`PF14358`	DUF4405	159	178	3.7	8.9
TkA04G510990	`PF16491`	Peptidase_M48_N	163	177	1.0	9.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q56X75`	拟南芥	sp\|Q56X75\|CSPLB_ARATH CASP-like protein 4D2	33.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8GWD5`	拟南芥	sp\|Q8GWD5\|CSPLC_ARATH CASP-like protein 4D1	36.200%	Swiss-Prot	中等置信

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