TkA04G508260 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G508260

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 128448041-128456049 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3238 bp · TkA04G508260|TK1151|cDNA

ATTTGTTTAACTATAAGGCTTCAACATGAATAAATGCAAATATGATGTTATGATTAATAACTCAATAAACGTATAACTAGATTGCTATGTCATGCATTTAACACTATTGTGTAATAAGAAACTTATCGGTTATGCTGACCACTATTACTTCATATTAGTGATCATGCATGCATGCATGTTTAAGTATATATTATACACATGTTATCCAGGGATTGGCTGGACTTCTTGGAAGAAAAGGTGGTTTATATTAACCGAAACCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2292 bp · TkA04G508260|TK1151|CDS

ATGAACAGACTTGATTCGAAGAAAAATCATGCTGATTTGAAAAATCACCCTGATTCCAAAATCAATGCCGATCCCCATCCCCAGGGAGATGGTGGTGGTGATAATTTGCCACCGCTTCCTCCATCAGCTGAACAGCCGGAGAGACAACAACGATCTCATAATGGCAACAAGGTATACAAGAGTGGCCCATTATTTTTGTCGTCAAAAGGGATTGGCTGGACTTCTTGGAAGAAAAGGTGGTTTATATTAACCGAAACCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

763 aa · TkA04G508260|TK1151|PROTEIN

MNRLDSKKNHADLKNHPDSKINADPHPQGDGGGDNLPPLPPSAEQPERQQRSHNGNKVYKSGPLFLSSKGIGWTSWKKRWFILTETSLVFFRSDPNVPPQKAGDSNLTLGGIDLNSSGSVVVKADKKLLTVLFPDGRDGRAFTLKAETCEDLNEWKDALEAALSNAPSAGLEQGQNSVLPKNEKGETAEDQSKDQTTTKSIVLGRPILLALEDTDGTPSFLEKALCYVEDHGINVEGILRQAADVDDVERRIREYEQGKR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G508260`
TK1151 ID	TkA04G508260
OH-1004 ID	LXL04_039142
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G508260

位置 Chr04:128448041-128456049 (-)

描述 Similar to REN1: Rho GTPase-activating protein REN1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g24580`	通过将Rac型GTP酶转换为不活跃的GDP结合状态，作为其GTP酶激活剂。	A tip-localized RhoGAP controls cell polarity by globally inhibiting Rho GTPase at the cell apex.2008 · DOI: 10.1016/j.cub.2008.11.057
`At5g19390`	通过将Rac型GTP酶转换为不活跃的GDP结合状态，作为其GTP酶激活剂。	暂无已核实直接文献
`At5g12150`	通过将Rac型GTP酶转换为不活跃的GDP结合状态，作为其GTP酶激活剂。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039142 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0009865 pollen tube adhesion 生物过程

GO:0009920 cell plate formation involved in plant-type cell wall biogenesis 生物过程

GO:0035024 negative regulation of Rho protein signal transduction 生物过程

GO:0043547 positive regulation of GTPase activity 生物过程

GO:0048868 pollen tube development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0005938 cell cortex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G24580

ath:AT5G12150

ath:AT5G19390

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.509

排名 1 · TkA04G508260 · TK1151

细胞质0.384

排名 2 · TkA04G508260 · TK1151

细胞核0.241

排名 3 · TkA04G508260 · TK1151

高尔基体0.059

排名 4 · TkA04G508260 · TK1151

内质网0.048

排名 5 · TkA04G508260 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00169PH59-163 aa

PF07538ChW70-78 aa

PF15409PH_875-162 aa

PF00620RhoGAP218-361 aa

PF00169PH450-495 aa

PF07538ChW523-533 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G508260	`PF00169`	PH	59	163	3.8e-14	53.8
TkA04G508260	`PF07538`	ChW	70	78	3.1	8.4
TkA04G508260	`PF15409`	PH_8	75	162	0.071	14.1
TkA04G508260	`PF00620`	RhoGAP	218	361	7.9e-28	97.9
TkA04G508260	`PF00169`	PH	450	495	3.8e-14	53.8
TkA04G508260	`PF07538`	ChW	523	533	3.1	8.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JQZ3`	拟南芥	sp\|F4JQZ3\|REN1_ARATH Rho GTPase-activating protein REN1	70.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8RWQ4`	拟南芥	sp\|Q8RWQ4\|RGAP7_ARATH Rho GTPase-activating protein 7	65.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FMP8`	拟南芥	sp\|Q9FMP8\|RGAP6_ARATH Rho GTPase-activating protein 6	66.100%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情