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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G505750
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 127760519-127761319 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

801 bp · TkA04G505750|TK1151|cDNA

ATGGAGTTACCGCGTGAGAAACCTTCCACCAAGGTCAACCCAACAATGGCGATTATACTGGTGTGCATTTTAAGTGCCTTCTTCATGATATGTGTCGTCTCCACTTACTTCCGCCATTTTACTGAACGACAACTCAGACTTGCTGGGAGTACACAGACCCGAAGTGAAACAGGGTCAACCAGATCGGTGGTTCATGGGCTTGATCCATCAGTGATTGCCACCTTCCCACGCTTCTTGTATTCTAGTGTGAAGGGGATAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

801 bp · TkA04G505750|TK1151|CDS

ATGGAGTTACCGCGTGAGAAACCTTCCACCAAGGTCAACCCAACAATGGCGATTATACTGGTGTGCATTTTAAGTGCCTTCTTCATGATATGTGTCGTCTCCACTTACTTCCGCCATTTTACTGAACGACAACTCAGACTTGCTGGGAGTACACAGACCCGAAGTGAAACAGGGTCAACCAGATCGGTGGTTCATGGGCTTGATCCATCAGTGATTGCCACCTTCCCACGCTTCTTGTATTCTAGTGTGAAGGGGATAAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

266 aa · TkA04G505750|TK1151|PROTEIN

MELPREKPSTKVNPTMAIILVCILSAFFMICVVSTYFRHFTERQLRLAGSTQTRSETGSTRSVVHGLDPSVIATFPRFLYSSVKGIKIGQTVLECAVCLNEFQDHETLRLLPKCSHVFHQDCIDTWLVSHVTCPVCRANLVVRPGELDHVTESSLHLPVDPEIDFASTEFLLPIESKHKIPPTTEMPRSHSTGHSVVVRPVENTERYTLRLPSEARSLFGNNIAFPMESSQKMSLRSVSVGSVGRLDYSNYELCNHERHG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G505750
TK1151 IDTkA04G505750
OH-1004 IDLXL04_039123
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 87.500
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G505750
位置Chr04:127760519-127761319 (+)
描述Similar to ATL6: E3 ubiquitin-protein ligase ATL6
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g05200 E3 泛素蛋白连接酶，能够与泛素结合酶 E2 UBC8 在体外催化多泛素化反应。 暂无已核实直接文献
At5g27420 E3 泛素蛋白连接酶，是幼苗生长转变期间植物 C/N 响应所需的。
CNI1/ATL31, a RING-type ubiquitin ligase that functions in the carbon/nitrogen response for growth phase transition in Arabidopsis seedlings.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.04006.x
At2g34990 RING-H2 指蛋白 ATL38。 暂无已核实直接文献
At1g22500 E3泛素蛋白连接酶，能够在体外催化泛素结合酶E2 UBC8、UBC10、UBC11、UBC28和UBC29的多泛素化。 暂无已核实直接文献
At1g35330 RING-H2 指蛋白 ATL34。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039123 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009416 response to light stimulus 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0033591 response to L-ascorbic acid 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0043562 cellular response to nitrogen levels 生物过程
GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程
GO:0098542 defense response to other organism 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G22500
ath:AT1G72200
ath:AT3G05200
ath:AT5G27420
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.279
排名 1 · TkA04G505750 · TK1151
细胞膜0.265
排名 2 · TkA04G505750 · TK1151
内质网0.218
排名 3 · TkA04G505750 · TK1151
细胞核0.204
排名 4 · TkA04G505750 · TK1151
溶酶体／液泡0.203
排名 5 · TkA04G505750 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17034zinc_ribbon_1688-100 aa
PF11789zf-Nse89-136 aa
PF23413zf_RING_Vps8_fungal92-100 aa
PF11793FANCL_C93-131 aa
PF13639zf-RING_294-137 aa
PF17123zf-RING_1194-123 aa
PF13923zf-C3HC4_294-136 aa
PF14634zf-RING_594-137 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G505750PF17034zinc_ribbon_16881001.59.7
TkA04G505750PF11789zf-Nse891360.002918.1
TkA04G505750PF23413zf_RING_Vps8_fungal921001.78.7
TkA04G505750PF11793FANCL_C931310.4311.6
TkA04G505750PF13639zf-RING_2941371.5e-1454.7
TkA04G505750PF17123zf-RING_11941232.8e-1143.6
TkA04G505750PF13923zf-C3HC4_2941364.8e-0936.6
TkA04G505750PF14634zf-RING_5941376.7e-0626.7
TkA04G505750PF13920zf-C3HC4_3941390.002818.1
TkA04G505750PF17120zf-RING_16941350.003217.8
TkA04G505750PF14446Prok-RING_1941230.01815.9
TkA04G505750PF21202SLX1_C941361.69.8
TkA04G505750PF00097zf-C3HC4951363.1e-0730.8
TkA04G505750PF13445zf-RING_UBOX951342.8e-0627.9
TkA04G505750PF12906RINGv951360.06614.1
TkA04G505750PF06906DUF1272951440.1912.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8RXX9拟南芥sp|Q8RXX9|ATL6_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase ATL645.800%Swiss-Prot中等置信
Q8LGA5拟南芥sp|Q8LGA5|ATL31_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase ATL3143.600%Swiss-Prot中等置信
O64762拟南芥sp|O64762|ATL38_ARATH RING-H2 finger protein ATL3837.300%Swiss-Prot中等置信
Q9SK92拟南芥sp|Q9SK92|ATL15_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase ATL1537.300%Swiss-Prot中等置信
Q9C7I1拟南芥sp|Q9C7I1|ATL34_ARATH RING-H2 finger protein ATL3443.800%Swiss-Prot中等置信

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