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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G505170
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 127609320-127612533 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2373 bp · TkA04G505170|TK1151|cDNA

AATAATTGCTCTAAATTTAGGAACAAACTTGAAAAAGCGTCCATGGTCGCCCACCTTTACAGTACAGATTCTTTCTTTAACAATGGTGGCCAGAGCCAACAACCCTATGGAGAAGAAAAAAACCCTAGCGTTTTTCCTCTTCTTCTTTTTCAAATCTACAATCGGCGACGATGACTGTCGTCCGGCTTCCTGCGGCCCCACCGAACCTCAGGTCCGGTTCCCTTTCCGTCTCCAGGATCGGCAACCATCAAAGTGTGGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1164 bp · TkA04G505170|TK1151|CDS

ATGGTGGCCAGAGCCAACAACCCTATGGAGAAGAAAAAAACCCTAGCGTTTTTCCTCTTCTTCTTTTTCAAATCTACAATCGGCGACGATGACTGTCGTCCGGCTTCCTGCGGCCCCACCGAACCTCAGGTCCGGTTCCCTTTCCGTCTCCAGGATCGGCAACCATCAAAGTGTGGATTTCCCGGTTTTGATCTATCATGTAACAAGAAAAATCGAACACTACTCAAGCTTCCATCGTCTCAATCATTCATCATCAAACG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

387 aa · TkA04G505170|TK1151|PROTEIN

MVARANNPMEKKKTLAFFLFFFFKSTIGDDDCRPASCGPTEPQVRFPFRLQDRQPSKCGFPGFDLSCNKKNRTLLKLPSSQSFIIKRITYSSQVISIDPDFCRPKRIADIQLTDTPFDFSIVESYTFFNCSSQNLGFTFQTVPMLPFPCLGSVNHSVFAVRTGWIPLGDIPASCKHMSTISVPIRRYGDIRNELTLMWFRPYCKSCELDGRTCGLQSDDGETACFGSSSHGIPRGIKYGLSIGIGVPALICIFGLACYTF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G505170
TK1151 IDTkA04G505170
OH-1004 IDLXL04_026346
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)60.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 91.990 / OH-1004 94.370
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G505170
位置Chr04:127609320-127612533 (-)
描述Similar to ATL22: RING-H2 finger protein ATL22
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g46495 推测RING-H2指蛋白 ATL21A。 暂无已核实直接文献
At2g25410 RING-H2 指蛋白 ATL22。 暂无已核实直接文献
At2g46494 推测RING-H2指蛋白 ATL21B。 暂无已核实直接文献
At2g46493 推测RING-H2指蛋白 ATL21C。 暂无已核实直接文献
At1g28040 RING-H2 指蛋白 ATL20。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026346 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0030247 polysaccharide binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G28040
ath:AT2G25410
ath:AT2G46493
ath:AT2G46494
ath:AT2G46495
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.775
排名 1 · TkA04G505170 · TK1151
内质网0.101
排名 2 · TkA04G505170 · TK1151
细胞质0.094
排名 3 · TkA04G505170 · TK1151
细胞核0.085
排名 4 · TkA04G505170 · TK1151
细胞外0.046
排名 5 · TkA04G505170 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13947GUB_WAK_bind32-97 aa
PF13947GUB_WAK_bind129-142 aa
PF17123zf-RING_11172-177 aa
PF17122zf-C3H2C3173-177 aa
PF12861zf-ANAPC11199-215 aa
PF16685zf-RING_10200-207 aa
PF00097zf-C3HC4202-206 aa
PF13920zf-C3HC4_3202-208 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G505170PF13947GUB_WAK_bind32977.3e-1865.4
TkA04G505170PF13947GUB_WAK_bind1291427.3e-1865.4
TkA04G505170PF17123zf-RING_111721776.5e-1039.3
TkA04G505170PF17122zf-C3H2C31731774.08.3
TkA04G505170PF12861zf-ANAPC111992150.001819.0
TkA04G505170PF16685zf-RING_102002070.9810.3
TkA04G505170PF00097zf-C3HC42022061.3e-0628.8
TkA04G505170PF13920zf-C3HC4_32022080.000819.9
TkA04G505170PF00628PHD2022062.29.1
TkA04G505170PF23413zf_RING_Vps8_fungal3093202.78.1
TkA04G505170PF13920zf-C3HC4_33143610.000819.9
TkA04G505170PF17120zf-RING_163143570.03314.5
TkA04G505170PF13639zf-RING_23163592.2e-1454.1
TkA04G505170PF12678zf-rbx13163596.1e-0936.7
TkA04G505170PF22908PHD_NSD3163510.1313.3
TkA04G505170PF21202SLX1_C3163590.3911.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P0CH01拟南芥sp|P0CH01|AT21A_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL21A35.100%Swiss-Prot中等置信
Q9SKK8拟南芥sp|Q9SKK8|ATL22_ARATH RING-H2 finger protein ATL2233.900%Swiss-Prot中等置信
P0CH02拟南芥sp|P0CH02|AT21B_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL21B33.900%Swiss-Prot中等置信
P0CH03拟南芥sp|P0CH03|AT21C_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL21C32.000%Swiss-Prot中等置信
Q9C7E9拟南芥sp|Q9C7E9|ATL20_ARATH RING-H2 finger protein ATL2033.800%Swiss-Prot中等置信

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