TkA04G505090 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G505090

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 127583152-127586021 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2344 bp · TkA04G505090|TK1151|cDNA

ATACTTTTTGATACAAAATTGTTGTGAAATTGTTGTTTTTGAAGAGTGATGGATGTGGACAAGTTAGAGCTTATAAAAGCTCAATTGCAACCGTTTTTACGGCAAGGGGAGGAGTATTTTCGACGTGTCGAAGGGTTTGCTCGTGAGATCCCTCCAATTCAGATCTATATTGCTGTTGCAGCTGTGCTCTTGACCACCTTGTTAATCTACATAATACGTGTGTTAAAGCACACAGTATCCAACACCATTGTACTGAGTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

807 bp · TkA04G505090|TK1151|CDS

ATGGATGTGGACAAGTTAGAGCTTATAAAAGCTCAATTGCAACCGTTTTTACGGCAAGGGGAGGAGTATTTTCGACGTGTCGAAGGGTTTGCTCGTGAGATCCCTCCAATTCAGATCTATATTGCTGTTGCAGCTGTGCTCTTGACCACCTTGTTAATCTACATAATACGTGTGTTAAAGCACACAGTATCCAACACCATTGTACTGAGTGGCCTTAGTGGAGGTGGAAAAACCGTTCTTTTTTACCAGCTTCGTGATGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

268 aa · TkA04G505090|TK1151|PROTEIN

MDVDKLELIKAQLQPFLRQGEEYFRRVEGFAREIPPIQIYIAVAAVLLTTLLIYIIRVLKHTVSNTIVLSGLSGGGKTVLFYQLRDGTSHQGTVTSMEPNEGHFVLNSETSKKGKIKAVRIVDVPGHSRLRPKLDEYIPVAAGIVFVVDAVEFLPNCRAVSEYLYDILTKASVVKRKIPLLILCNKVDKVTAHTKEFIRKQLEKEIDKLRTSRKAVSDADICNEFTLGVTGEAFSFSHCVNKVNVAEASALTGEIQPLEH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G505090`
TK1151 ID	TkA04G505090
OH-1004 ID	LXL04_039117
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G505090`
位置	Chr04:127583152-127586021 (-)
描述	Similar to srprb: Signal recognition particle receptor subunit beta
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_039117` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006617 SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, signal sequence recognition 生物过程 GO:0007059 chromosome segregation 生物过程 GO:0015031 protein transport 生物过程 GO:0045047 protein targeting to ER 生物过程 GO:0051301 cell division 生物过程 GO:0051607 defense response to virus 生物过程 GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005765 lysosomal membrane 细胞组分 GO:0005785 signal recognition particle receptor complex 细胞组分 GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分 GO:0005819 spindle 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT5G67560 ddi:DDB_G0278543 hsa:58477 mmu:20818 rno:300965 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.667

排名 1 · TkA04G505090 · TK1151

细胞质0.143

排名 2 · TkA04G505090 · TK1151

细胞核0.120

排名 3 · TkA04G505090 · TK1151

高尔基体0.106

排名 4 · TkA04G505090 · TK1151

线粒体0.078

排名 5 · TkA04G505090 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00025Arf58-211 aa

PF03193RsgA_GTPase61-128 aa

PF09439SRPRB64-242 aa

PF02421FeoB_N66-207 aa

PF02492cobW66-85 aa

PF13401AAA_2266-168 aa

PF08477Roc67-188 aa

PF00071Ras67-195 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G505090	`PF00025`	Arf	58	211	1.8e-15	57.5
TkA04G505090	`PF03193`	RsgA_GTPase	61	128	0.011	16.3
TkA04G505090	`PF09439`	SRPRB	64	242	1.3e-34	119.8
TkA04G505090	`PF02421`	FeoB_N	66	207	0.0026	18.0
TkA04G505090	`PF02492`	cobW	66	85	0.059	13.7
TkA04G505090	`PF13401`	AAA_22	66	168	0.13	13.3
TkA04G505090	`PF08477`	Roc	67	188	3.6e-05	24.7
TkA04G505090	`PF00071`	Ras	67	195	0.0046	17.3
TkA04G505090	`PF03029`	ATP_bind_1	90	201	0.00019	22.1
TkA04G505090	`PF00009`	GTP_EFTU	103	254	7.1e-08	33.0
TkA04G505090	`PF04670`	Gtr1_RagA	107	211	0.00015	22.0
TkA04G505090	`PF02492`	cobW	142	214	0.059	13.7
TkA04G505090	`PF18558`	HTH_51	148	176	0.22	12.0
TkA04G505090	`PF03193`	RsgA_GTPase	172	203	0.011	16.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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