TkA04G501270 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G501270

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 126558732-126563584 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4173 bp · TkA04G501270|TK1151|cDNA

CTTAAACCCGTCGTATGTAAAAGTAAAACAAATAGAATCCCCAATAACCATTACACTCATTTTCGACTTTCGTATCCACAACTCGACGTATCAGAGATCACAGCAAACAAATTCGAGTTCCAAATTTCCAATTAGTCTCCAGTCGTCCACGGTCCACCTCTTTCCCTCCCAAAGTTCCGAAACCCTAATCCTTTTGTGAAGACGCCGACGAGTATTTTTGTCCTGAAACCTCAAATAAAGATTGAGGAGGATGGATCCAG...

CDS

下载 CDS FASTA

3576 bp · TkA04G501270|TK1151|CDS

ATGGATCCAGTGGATGCAGAGATAGCGAAGACACAGGAAGAGAGGAAGATTATGGAGGCAGCCCTAGCCCCCAACTCGATCACATTTGACACGGAACTTTATGATGGCAGCAACCGATTTGAGGATTACAACAGGGAGATCCCGGCTAACGATGAGGAGGAAAACGCGGATGCGATGGACAATGAAGTTGCACGGAAGTTGGCTTCTTACACTGCCCCGAGGTCTCTGTTGAACGAGATGCCGAGGGGGGGAGACGATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1191 aa · TkA04G501270|TK1151|PROTEIN

MDPVDAEIAKTQEERKIMEAALAPNSITFDTELYDGSNRFEDYNREIPANDEEENADAMDNEVARKLASYTAPRSLLNEMPRGGDDDESTGFPKSQKIIDREDEYRRRRLNQVISPERHDAFANGDKTPKPETRSYADIMREAALKREKEETLKVIARRKKEEEENKAAGKEKEREREQQPQAQPSQKRRNRWDQNQEKSDGKKAKTGLDWDMPEDGMSTPGRWDATPTLGRMGDALSRKNRWDETPTPGRTGADSDSTP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G501270`
TK1151 ID	TkA04G501270
OH-1004 ID	LXL04_039072
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.489 / OH-1004 93.541 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G501270`
位置	Chr04:126558732-126563584 (+)
描述	Similar to sf3b1: Splicing factor 3B subunit 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_039072` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000245 spliceosomal complex assembly 生物过程 GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions 生物过程 GO:0000387 spliceosomal snRNP assembly 生物过程 GO:0000388 spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) 生物过程 GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程 GO:0008380 RNA splicing 生物过程 GO:0009952 anterior/posterior pattern specification 生物过程 GO:0045292 mRNA cis splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0045943 positive regulation of transcription by RNA polymerase I 生物过程 GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0045945 positive regulation of transcription by RNA polymerase III 生物过程
KEGG 基因交叉引用	hsa:23451 spo:2541619 xla:399336 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.531

排名 1 · TkA04G501270 · TK1151

细胞核0.488

排名 2 · TkA04G501270 · TK1151

细胞膜0.132

排名 3 · TkA04G501270 · TK1151

内质网0.045

排名 4 · TkA04G501270 · TK1151

溶酶体／液泡0.033

排名 5 · TkA04G501270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08920SF3b1187-229 aa

PF08920SF3b1238-287 aa

PF08920SF3b1284-414 aa

PF12717Cnd1453-471 aa

PF23227HEAT_MROH2B_C464-551 aa

PF13513HEAT_EZ486-510 aa

PF22956PIK3R4-like_middle497-582 aa

PF25757TPR_DNAAF5512-567 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G501270	`PF08920`	SF3b1	187	229	3.2e-50	170.7
TkA04G501270	`PF08920`	SF3b1	238	287	3.2e-50	170.7
TkA04G501270	`PF08920`	SF3b1	284	414	3.2e-50	170.7
TkA04G501270	`PF12717`	Cnd1	453	471	8.7e-08	33.1
TkA04G501270	`PF23227`	HEAT_MROH2B_C	464	551	6.5e-14	52.6
TkA04G501270	`PF13513`	HEAT_EZ	486	510	1.1e-13	52.0
TkA04G501270	`PF22956`	PIK3R4-like_middle	497	582	0.00011	21.8
TkA04G501270	`PF25757`	TPR_DNAAF5	512	567	3.1e-10	40.4
TkA04G501270	`PF13513`	HEAT_EZ	517	550	1.1e-13	52.0
TkA04G501270	`PF12755`	Vac14_Fab1_bd	527	570	0.00047	21.4
TkA04G501270	`PF24714`	TOR1L1_N	528	567	3.1e-17	63.6
TkA04G501270	`PF21041`	XMAP215_CLASP_TOG	533	572	5.3e-06	27.1
TkA04G501270	`PF13646`	HEAT_2	548	627	4.9e-08	33.9
TkA04G501270	`PF12717`	Cnd1	574	594	8.7e-08	33.1
TkA04G501270	`PF01602`	Adaptin_N	575	669	0.00037	19.9
TkA04G501270	`PF02985`	HEAT	586	601	5e-12	45.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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