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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G495510
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 125130099-125135350 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3915 bp · TkA04G495510|TK1151|cDNA

CTCCCACTTACCAAAATATACATATATATATCTATATATTATATATACATGTCAGTATAATTGATTGGAGTGTAGTGGGGTATGGCCTCTTCAGCTGAGATTGTAGGTGTGGACCTGTGCTGTATACCCTCAATCGATTTAAGTCGATGATCGAGGTTTTTGCAGAACCGGGGCTGCGATTTTCAAGTATAGTGATGGGTTTTAGTGTCCTTTTCACTTGATCCGAAAAAACCTTCCAATCTTTCAACTACTTGAAGCTG...

CDS

下载 CDS FASTA

3381 bp · TkA04G495510|TK1151|CDS

ATGTCTACATCAAGGCCAAATGATCAATCATCCACCAATTCCGCAAGATCAAAACACAGTGCAAGAATCATCCACCAAACAACCGTAGACGCGAAGCTCCATGCTGACTTCGAAGAATCCGGCGACTCATTCGACTACTCAAGCTCCGTTCATGTCACCAGCACGGTGGTTGGCGGCGAACAGCCTCGCTCCGATAAGGTCACCACCGCGTACCTCCACCACATCCAAAAGGGGAAACTAATCCAACCTTTCGGATGCTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1126 aa · TkA04G495510|TK1151|PROTEIN

MSTSRPNDQSSTNSARSKHSARIIHQTTVDAKLHADFEESGDSFDYSSSVHVTSTVVGGEQPRSDKVTTAYLHHIQKGKLIQPFGCLLALDEKTFKIIAYSENAPEMLTMVSHAVPSVGENPLLGIGTDVRTIFAGPSANALYKALGFGEVSLLNPILVHCKTSGKPFYAIIHRVTGSLIIDFEPVMPNEVPMTAAGALQSYKHAAKAIARLQSLPSGSIERLCDTMVQEVFELTGYDRVMAYKFHDDDHGEVVAEITKP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G495510
TK1151 IDTkA04G495510
OH-1004 IDLXL04_037978
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)52.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.401 / OH-1004 97.056
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G495510
位置Chr04:125130099-125135350 (+)
描述Similar to PHYC: Phytochrome C
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g09570 调节光感受器以两种形式存在，可通过光可逆地相互转换：在光谱的红色区域吸收最大的 Pr 形式和在远红色区域吸收最大的 Pfr 形式。
Arabidopsis fhl/fhy1 double mutant reveals a distinct cytoplasmic action of phytochrome A.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0703855104
Phytochrome A mediates rapid red light-induced phosphorylation of Arabidopsis FAR-RED ELONGATED HYPOCOTYL1 in a low fluence response.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.061259
FAR-RED ELONGATED HYPOCOTYL1 and FHY1-LIKE associate with the Arabidopsis transcription factors LAF1 and HFR1 to transmit phytochrome A signals for inhibition of hypocotyl elongation.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.067215
Missense mutation in the amino terminus of phytochrome A disrupts the nuclear import of the photoreceptor.2012 · DOI: 10.1104/pp.111.186288
PHYTOCHROME INTERACTING FACTOR8 Inhibits Phytochrome A-Mediated Far-Red Light Responses in Arabidopsis.2020 · DOI: 10.1105/tpc.19.00515

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037978 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009584 detection of visible light 生物过程
GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程
GO:0009637 response to blue light 生物过程
GO:0017006 protein-tetrapyrrole linkage 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0000155 phosphorelay sensor kinase activity 分子功能
GO:0009881 photoreceptor activity 分子功能
GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G35840
dosa:Os03g0752100
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.458
排名 1 · TkA04G495510 · TK1151
细胞核0.276
排名 2 · TkA04G495510 · TK1151
细胞膜0.197
排名 3 · TkA04G495510 · TK1151
高尔基体0.089
排名 4 · TkA04G495510 · TK1151
内质网0.088
排名 5 · TkA04G495510 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08446PAS_270-186 aa
PF01590GAF220-402 aa
PF00360PHY416-591 aa
PF00989PAS622-736 aa
PF13188PAS_8625-671 aa
PF08448PAS_4629-740 aa
PF13426PAS_9634-738 aa
PF08446PAS_2651-683 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G495510PF08446PAS_2701865.4e-38130.7
TkA04G495510PF01590GAF2204029.9e-1556.0
TkA04G495510PF00360PHY4165911.5e-52178.4
TkA04G495510PF00989PAS6227361.9e-42144.6
TkA04G495510PF13188PAS_86256710.0002321.7
TkA04G495510PF08448PAS_46297401.6e-0732.2
TkA04G495510PF13426PAS_96347389.2e-0936.2
TkA04G495510PF08446PAS_26516835.4e-38130.7
TkA04G495510PF00989PAS7528741.9e-42144.6
TkA04G495510PF13426PAS_97678739.2e-0936.2
TkA04G495510PF08448PAS_47778071.6e-0732.2
TkA04G495510PF13188PAS_87788190.0002321.7
TkA04G495510PF00512HisKA8989561.1e-0938.9
TkA04G495510PF12763EH9239700.08313.5
TkA04G495510PF08446PAS_296510015.4e-38130.7
TkA04G495510PF02518HATPase_c100811186.7e-1040.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P14712拟南芥sp|P14712|PHYA_ARATH Phytochrome A74.800%Swiss-Prot高置信

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