TkA04G487190 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G487190

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 123110328-123117864 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2815 bp · TkA04G487190|TK1151|cDNA

TTTTATCAGTGAAACCCCTTGTTGTGGATCCTACATTGTTCATGAGGGAAGATCATCAAAGTGACTGATATGAATGCAGAGAAGAAGATGAAGACCACTATATATCTTTCCTACAAGTGCGCTTCAGATAACATGGTGTATATATTAAGTAAAAGTAGATTTCAATAAGCAAAATACATACTAAAAAGTTTCATCATCTTTCATAAATTTAAAGGTTTAAGGTGGAAATGGAAAGGATTGTAAGAGAATACATTTGTTAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1278 bp · TkA04G487190|TK1151|CDS

ATGAGACATTTCTTGAGAAAAGTTTCGTTGTCTAAAGATAATGCATTCATCCGATTAGTTGCTCTCGCTGCTGCGGGATCGGGACTCGCCTATAAACTCGATAGAGACGATTCTGATATGTCAATACGAGTATCCATTCCAGCACTATCCCATTACACATTATCTTCATCATTGGGCATGCCAGACACTTGTTCCAACTCTTCTTTTCCTTCAAGACATGGACACCCCCCTTTATCTCTTTTTAGTATTAACTCAGGGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

425 aa · TkA04G487190|TK1151|PROTEIN

MRHFLRKVSLSKDNAFIRLVALAAAGSGLAYKLDRDDSDMSIRVSIPALSHYTLSSSLGMPDTCSNSSFPSRHGHPPLSLFSINSGESAPDVSKETPKPCCGCLGRDTIANAAARVGPAVVNLSVPKGFQGLTVGKSVGSGTIIDGDGTILTCAHVVVDFQGFTSSSKGKVDVTLQDGRTFEGTVVNADLHSDIAIVKITSKTPLPTAKLGSSSSLRPGDWVVAMGCPLSLQNTITAGIVSCVDRKSSDLGLGGMRREYL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G487190`
TK1151 ID	TkA04G487190
OH-1004 ID	LXL04_038935
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	85.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.824 / OH-1004 31.882 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G487190

位置 Chr04:123110328-123117864 (-)

描述 Similar to DEGP14: Putative protease Do-like 14

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g27660`	推测丝氨酸蛋白酶。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038935 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000422 autophagy of mitochondrion 生物过程

GO:0000425 pexophagy 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0006914 autophagy 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0010508 positive regulation of autophagy 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0034497 protein localization to phagophore assembly site 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G40810

ath:AT3G62770

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.480

排名 1 · TkA04G487190 · TK1151

线粒体0.285

排名 2 · TkA04G487190 · TK1151

细胞质0.138

排名 3 · TkA04G487190 · TK1151

过氧化物酶体0.078

排名 4 · TkA04G487190 · TK1151

内质网0.068

排名 5 · TkA04G487190 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13180PDZ_214-45 aa

PF00089Trypsin115-308 aa

PF05579Peptidase_S32133-161 aa

PF10459Peptidase_S46137-160 aa

PF13365Trypsin_2139-285 aa

PF19457DUF5994152-195 aa

PF01423LSM168-192 aa

PF13180PDZ_2190-211 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G487190	`PF13180`	PDZ_2	14	45	1.1e-11	45.6
TkA04G487190	`PF00089`	Trypsin	115	308	2.7e-18	67.3
TkA04G487190	`PF05579`	Peptidase_S32	133	161	0.033	14.1
TkA04G487190	`PF10459`	Peptidase_S46	137	160	0.16	11.3
TkA04G487190	`PF13365`	Trypsin_2	139	285	6.3e-34	118.5
TkA04G487190	`PF19457`	DUF5994	152	195	0.087	13.6
TkA04G487190	`PF01423`	LSM	168	192	0.096	13.1
TkA04G487190	`PF13180`	PDZ_2	190	211	1.1e-11	45.6
TkA04G487190	`PF17820`	PDZ_6	216	224	5.5e-13	49.1
TkA04G487190	`PF05579`	Peptidase_S32	264	286	0.033	14.1
TkA04G487190	`PF10459`	Peptidase_S46	264	287	0.16	11.3
TkA04G487190	`PF14685`	PDZ_Tricorn	272	287	0.019	15.8
TkA04G487190	`PF13180`	PDZ_2	345	410	1.1e-11	45.6
TkA04G487190	`PF00595`	PDZ	349	388	0.00017	22.6
TkA04G487190	`PF04495`	GRASP55_65	354	417	0.22	12.6
TkA04G487190	`PF17820`	PDZ_6	357	406	5.5e-13	49.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q3E6S8`	拟南芥	sp\|Q3E6S8\|DGP14_ARATH Putative protease Do-like 14	66.200%	Swiss-Prot	高置信

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