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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G462950
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 116875618-116881128 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2664 bp · TkA04G462950|TK1151|cDNA

CTTTGGGGTTATAATCGTAATATCTCTGCTATTATCTTCACCAAATAAAAAGAAGGGAATTTTAGGGCTTTTCTCGTCTAAAACCCTGCTGCACTTTCTCTAACTCATAACAGCCGGCAACTTGGCCTCTCCCTATTGCTGTTCGGACCGCTTTCATCTTCTCCCTCGAGGTCCCGTTCATAACAGGCACCGCACACAGAGTATGAAGAAGGAAGGGAGGAAGAAGCTGAAGGACGAGGATTTGAAACCAGTAGAGAAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2196 bp · TkA04G462950|TK1151|CDS

ATGAAGAAGGAAGGGAGGAAGAAGCTGAAGGACGAGGATTTGAAACCAGTAGAGAAAGAACATGTTGTGAACGGAAAAGAAGCTCTTAGTGATTCTGAGGACGGTAGTGTGGAAAGTCCTGTCGTTTCTGATGATGATTATGAGGGCTTCTCTGAGAGTGACGATTCTGCAAGGAATTCTGATTCAATATCAGAATCAGGGTCTGAACAAAATGAATTCTCGGATGATGAGGATGATGAAAATGAAAGTAACAAAGGTGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

731 aa · TkA04G462950|TK1151|PROTEIN

MKKEGRKKLKDEDLKPVEKEHVVNGKEALSDSEDGSVESPVVSDDDYEGFSESDDSARNSDSISESGSEQNEFSDDEDDENESNKGDLSDGVDDFNHGDQSASEDSREVVDESDSSEDEVGPRNTIGDVPLEWYKEEEHIGYDVVGKKIKKKEIQDKLDSFLARTDDANSWRKITDEIEDEDVELTKEETKLIRRLLKGHAPHADFDPHAPYVDWFAWDGAKHPLSNAPEPKRRFIPSKWESKKVVKYIRAIRKGLITFD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G462950
TK1151 IDTkA04G462950
OH-1004 IDLXL04_038766
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)94.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 15.732 / OH-1004 20.354
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G462950
位置Chr04:116875618-116881128 (+)
描述Similar to BOP1: Ribosome biogenesis protein BOP1 homolog
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g40360 需要用于核糖体RNA的成熟和大核糖体亚基的形成（通过相似性）。
Analysis of Block of cell proliferation 1 (BOP1) activity in strawberry and Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1016/j.plantsci.2016.01.002

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os07g0435400 参与核糖体RNA成熟及大核糖体亚基的形成。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038766 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000027 ribosomal large subunit assembly 生物过程
GO:0000448 cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程
GO:0000460 maturation of 5.8S rRNA 生物过程
GO:0000463 maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程
GO:0000466 maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程
GO:0006364 rRNA processing 生物过程
GO:0007276 gamete generation 生物过程
GO:0008283 cell population proliferation 生物过程
GO:0042273 ribosomal large subunit biogenesis 生物过程
GO:0051302 regulation of cell division 生物过程
GO:0051726 regulation of cell cycle 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G40360
dosa:Os07g0435400
mbr:MONBRDRAFT_37129
mmu:12181
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.924
排名 1 · TkA04G462950 · TK1151
细胞质0.145
排名 2 · TkA04G462950 · TK1151
线粒体0.022
排名 3 · TkA04G462950 · TK1151
细胞膜0.021
排名 4 · TkA04G462950 · TK1151
内质网0.009
排名 5 · TkA04G462950 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15553TEX1952-126 aa
PF08145BOP1NT134-389 aa
PF24105Beta-prop_CAF1B_HIR1161-201 aa
PF27529AMPT332-349 aa
PF24807WD40_CDC20-Fz390-463 aa
PF00400WD40391-427 aa
PF24017Beta-prop_SCAP391-433 aa
PF25175Beta-prop_WDR5392-464 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G462950PF15553TEX19521266.67.4
TkA04G462950PF08145BOP1NT1343893.1e-101339.4
TkA04G462950PF24105Beta-prop_CAF1B_HIR11612011e-0835.3
TkA04G462950PF27529AMPT3323490.212.1
TkA04G462950PF24807WD40_CDC20-Fz3904635.7e-1866.0
TkA04G462950PF00400WD403914277.8e-34115.4
TkA04G462950PF24017Beta-prop_SCAP3914330.01614.8
TkA04G462950PF25175Beta-prop_WDR53924641.9e-2693.7
TkA04G462950PF25047Beta-prop_TEP1_2nd3924328.2e-0935.7
TkA04G462950PF25460Beta-prop_Aladin3924523.7e-0730.3
TkA04G462950PF23869Beta-prop_WDR75_1st3924454.2e-0523.7
TkA04G462950PF23754Beta-prop_IP5PC_F3924310.02314.3
TkA04G462950PF23760Beta-prop_DCAF123924330.02414.3
TkA04G462950PF24814WD40_Prp193934752e-28100.0
TkA04G462950PF25173Beta-prop_WDR3_1st3934373.6e-2279.7
TkA04G462950PF24817WD40_WDHD1_1st3934774.8e-1969.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4IH25拟南芥sp|F4IH25|BOP1_ARATH Ribosome biogenesis protein BOP1 homolog70.000%Swiss-Prot高置信
Q0D6V7水稻sp|Q0D6V7|BOP1_ORYSJ Ribosome biogenesis protein BOP1 homolog67.200%Swiss-Prot高置信

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