TkA04G462720 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G462720

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 116812059-116814326 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2035 bp · TkA04G462720|TK1151|cDNA

CCTAAATATGATTATCGCAGCAACCCTAATTTGGTATGTGATCCTAACCCCATAAATTTCTGGGATAAGCGTTCCGAACATTCTCATCAGTGGAATCGAACATTCTCTTTCTGTATTTTATGGAAGAGGAAGGGGAAGAACAAGGTGGAGACGACGATTCTTCTCCCCCTCTTTCTCCTTCATCAAAATCAATTACGCTAGCTCCATCGATTTGATCGAGACATATTATTGAATTGTCATAAAAGACAAATTGCAGGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1392 bp · TkA04G462720|TK1151|CDS

ATGGGGAAGTCGAACCCATTCTCGTTTCGCCGGAACAGCAGTAGCAGCAGCACAACCAGGCGTCGCCGGACGACATCGAAGAAGGTAGGCGAGTCACCGTTACTTTTGTCGCAGGCCAACACGCCATCTCCTTCGTCACCCGCTAACCCCGGTGATGTTGTGGCGGCGACCGGAAGCGGGAAACCAATTGGGTCTTCGGTGGCGAAACCGAAGAAAAAAGCCGGTGGAGCGAGGTTGTGGATGCGGTTCGATAGGTCTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

463 aa · TkA04G462720|TK1151|PROTEIN

MGKSNPFSFRRNSSSSSTTRRRRTTSKKVGESPLLLSQANTPSPSSPANPGDVVAATGSGKPIGSSVAKPKKKAGGARLWMRFDRSGESELFECDKNTIIKRAGIPARDLRILGPIFSNSSNILARERAMVVNLEYIKAIVTAEEVLLLDPLRQEVLPFVDQLRHQLSHKNHFNTSGPQGGRQLALRDTESNLSASGRWQPVPETSEGLQAELPFEFQVLEIALEVVCTYLDSSVADLERDAYPVLDELAKNVSTKNLER...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G462720`
TK1151 ID	TkA04G462720
OH-1004 ID	LXL04_038761
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G462720

位置 Chr04:116812059-116814326 (+)

描述 Similar to MRS2-4: Magnesium transporter MRS2-4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g58970`	镁转运蛋白，可能介导镁离子的流入。	暂无已核实直接文献
`At4g28580`	镁转运蛋白，以浓度依赖性方式介导镁的流入/流出。	A mitochondrial magnesium transporter functions in Arabidopsis pollen development.2008 · DOI: 10.1093/mp/ssn031

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0545000`	假定的镁转运蛋白。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2Z9W7`	假定的镁转运蛋白。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2XCA0`	假定的镁转运蛋白。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038761 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0015693 magnesium ion transport 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0031966 mitochondrial membrane 细胞组分

GO:0015095 magnesium ion transmembrane transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G58970

ath:AT4G28580

dosa:Os10g0545000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.535

排名 1 · TkA04G462720 · TK1151

溶酶体／液泡0.132

排名 2 · TkA04G462720 · TK1151

细胞质0.125

排名 3 · TkA04G462720 · TK1151

内质网0.115

排名 4 · TkA04G462720 · TK1151

高尔基体0.090

排名 5 · TkA04G462720 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22099MRS2-like92-305 aa

PF08663HalX216-242 aa

PF01544CorA231-289 aa

PF26012HH_RND_rel237-304 aa

PF29562DUF8567257-288 aa

PF19111DUF5798258-287 aa

PF08663HalX268-295 aa

PF22099MRS2-like338-391 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G462720	`PF22099`	MRS2-like	92	305	1.5e-32	113.5
TkA04G462720	`PF08663`	HalX	216	242	1.3	10.1
TkA04G462720	`PF01544`	CorA	231	289	1.1e-05	25.6
TkA04G462720	`PF26012`	HH_RND_rel	237	304	0.075	14.0
TkA04G462720	`PF29562`	DUF8567	257	288	0.25	11.9
TkA04G462720	`PF19111`	DUF5798	258	287	6.5	7.7
TkA04G462720	`PF08663`	HalX	268	295	1.3	10.1
TkA04G462720	`PF22099`	MRS2-like	338	391	1.5e-32	113.5
TkA04G462720	`PF29562`	DUF8567	346	396	0.25	11.9
TkA04G462720	`PF01544`	CorA	354	449	1.1e-05	25.6
TkA04G462720	`PF19111`	DUF5798	356	393	6.5	7.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93ZD7`	拟南芥	sp\|Q93ZD7\|MRS24_ARATH Magnesium transporter MRS2-4	65.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q1PE39`	拟南芥	sp\|Q1PE39\|MRS26_ARATH Magnesium transporter MRS2-6, mitochondrial	50.400%	Swiss-Prot	高置信
`A3BV82`	水稻	sp\|A3BV82\|MRS2G_ORYSJ Putative magnesium transporter MRS2-G	61.900%	Swiss-Prot	高置信
`A2Z9W7`	水稻	sp\|A2Z9W7\|MRS2G_ORYSI Putative magnesium transporter MRS2-G	61.900%	Swiss-Prot	高置信
`A2XCA0`	水稻	sp\|A2XCA0\|MRS2H_ORYSI Putative magnesium transporter MRS2-H	49.700%	Swiss-Prot	中等置信

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