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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G462690
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 116801776-116804615 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2348 bp · TkA04G462690|TK1151|cDNA

TCTATTCTAGTTTCTGAGCATTTGTCAAAGTAAATCCAGTTTTATTACTGAAACAAAGAGAACACAGTTAAAAAGCAAATACACACACCCCTTCACGAATCACGACCCCGCGCGCAAGATTTCTTCAAATTAGGGTTTCACATCCACCAGTTATTGCAAAACCCCTAATCTCTGTGCATGAAAAGGGAACCTAGGGTGTTAATTTGTTCAGTTCAGGCTCTGTAGCAGCTTAAGTTACGAGAAATGGCTTCAACGGGGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

2121 bp · TkA04G462690|TK1151|CDS

ATGGCTTCAACGGGGCCACAACAATCATCAGCGTCTCTGAAGAGGCGTGACTCGACGGTGACTAGAGAATCAGATTTACTGACCATTACTCCATTAGGCGCTGGAAGTGAAGTTGGAAGATCATGTGTATTCATGACTTTCAAAGGGAAAACTGTTATGTTCGATTGCGGGATTCATCCTGCGTTTTCGGGCATGGCTGCTTTGCCTTACTTTGACGAAATCGACCCTTCCACCATCGACGTTCTTCTCATTACTCATTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

706 aa · TkA04G462690|TK1151|PROTEIN

MASTGPQQSSASLKRRDSTVTRESDLLTITPLGAGSEVGRSCVFMTFKGKTVMFDCGIHPAFSGMAALPYFDEIDPSTIDVLLITHFHLDHAASLPYFLEKTTFKGRVFMTHATKAIYKLLLSDYVKVSKVSVEDMLFDEQDILRSMDKIEVIDFHQTLEVNGIRFWCYTAGHVLGAAMFMVDIAGVRVLYTGDYSREEDRHLRAAELPQFSPDICIIESTYGVQLHQSRHIREKRFTDVIHTTVSQGGRMLIPAFALGR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G462690
TK1151 IDTkA04G462690
OH-1004 IDLXL04_038760
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G462690
位置Chr04:116801776-116804615 (+)
描述Similar to CPSF73-I: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3-I
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g61010 切割和多聚腺苷酸化特异因子（CPSF）复合体的组成部分，在前mRNA 3'端形成中起关键作用，识别AAUAAA信号序列，并与多聚腺苷酸聚合酶及其他因子相互作用，从而实现3'端切割和多聚腺苷酸添加。
Unique features of plant cleavage and polyadenylation specificity factor revealed by proteomic studies.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.142729

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038760 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006398 mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage 生物过程
GO:0016180 snRNA processing 生物过程
GO:0031124 mRNA 3'-end processing 生物过程
GO:0071045 nuclear histone mRNA catabolic process 生物过程
GO:0180010 co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway 生物过程
GO:0180012 co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway 生物过程
GO:1900087 positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005847 mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex 细胞组分
GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G61010
bta:281712
ddi:DDB_G0274799
hsa:51692
mmu:54451
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.800
排名 1 · TkA04G462690 · TK1151
细胞质0.296
排名 2 · TkA04G462690 · TK1151
线粒体0.043
排名 3 · TkA04G462690 · TK1151
细胞膜0.024
排名 4 · TkA04G462690 · TK1151
内质网0.019
排名 5 · TkA04G462690 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16661Lactamase_B_619-41 aa
PF13483Lactamase_B_338-199 aa
PF00753Lactamase_B39-201 aa
PF23023Anti-Pycsar_Apyc140-200 aa
PF16661Lactamase_B_645-209 aa
PF12706Lactamase_B_252-201 aa
PF10996Beta-Casp261-382 aa
PF16661Lactamase_B_6278-303 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G462690PF16661Lactamase_B_619416.1e-1865.6
TkA04G462690PF13483Lactamase_B_3381990.001719.1
TkA04G462690PF00753Lactamase_B392012.1e-1971.0
TkA04G462690PF23023Anti-Pycsar_Apyc1402001.1e-0835.8
TkA04G462690PF16661Lactamase_B_6452096.1e-1865.6
TkA04G462690PF12706Lactamase_B_2522012.9e-0627.7
TkA04G462690PF10996Beta-Casp2613823.1e-30105.9
TkA04G462690PF16661Lactamase_B_62783036.1e-1865.6
TkA04G462690PF07521RMMBL3974474.4e-1349.7
TkA04G462690PF12706Lactamase_B_24104542.9e-0627.7
TkA04G462690PF10996Beta-Casp4244603.1e-30105.9
TkA04G462690PF11718CPSF73-100_C4936981.6e-46159.3
TkA04G462690PF18947HAMP_25145490.07813.7
TkA04G462690PF25088GPKOW_C5345790.113.5
TkA04G462690PF25088GPKOW_C5976240.113.5
TkA04G462690PF00753Lactamase_B6046392.1e-1971.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9C952拟南芥sp|Q9C952|CPSF3_ARATH Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3-I78.100%Swiss-Prot高置信

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