RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G461560
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 116419891-116422268 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1974 bp · TkA04G461560|TK1151|cDNA

ATGAATTTCTTTCTAGCTCCGGCCGTTCTCGCGATTCTCTGTTTGTTAACTTTAATTCAATGTCAAACTACCACCAATTCGACCTCTTGTCCTATAGATTTCGACTACGTGCGCCAAATCCAATGGCCGACCGCCGACTGCCGCCACTCCCGCGACCCAAGCAGGACAGTCACCAATTCCACCACTTGTTGCCAAACCTTGCTTAGCGTCTTCGGCATCGGATTAGCTCAACACCTCAAAGAATCCTCTCTTTTCAACCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1974 bp · TkA04G461560|TK1151|CDS

ATGAATTTCTTTCTAGCTCCGGCCGTTCTCGCGATTCTCTGTTTGTTAACTTTAATTCAATGTCAAACTACCACCAATTCGACCTCTTGTCCTATAGATTTCGACTACGTGCGCCAAATCCAATGGCCGACCGCCGACTGCCGCCACTCCCGCGACCCAAGCAGGACAGTCACCAATTCCACCACTTGTTGCCAAACCTTGCTTAGCGTCTTCGGCATCGGATTAGCTCAACACCTCAAAGAATCCTCTCTTTTCAACCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

657 aa · TkA04G461560|TK1151|PROTEIN

MNFFLAPAVLAILCLLTLIQCQTTTNSTSCPIDFDYVRQIQWPTADCRHSRDPSRTVTNSTTCCQTLLSVFGIGLAQHLKESSLFNLPDLATSSSCLSDFQSKLNALSLPDNLASFCFDPMQFVISSNTCAAIQTLQDWRRKLGNTTKLDSSCQNDLSDLTECDDCVNAGLTVHKQLSSIDGNSSHSNDCFYFVVLYAAGIVNELGPQSPGAVACTFGINFLSESRKSNRSSLIYGLVGALVAVVVMSCFVGLYFWWDRK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G461560
TK1151 IDTkA04G461560
OH-1004 IDLXL04_030286
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)49.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 95.282 / OH-1004 53.832
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G461560
位置Chr04:116419891-116422268 (+)
描述Similar to At1g77360: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g77360, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g11050 可能的受体样蛋白激酶At1g11050。 暂无已核实直接文献
At2g48010 可能的 LRR 受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 RKF3。 暂无已核实直接文献
At1g56140 可能的 LRR 受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g56140。 暂无已核实直接文献
At1g07650 可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶At1g07650。 暂无已核实直接文献
At1g29720 可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶At1g29720。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030286 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0007165 signal transduction 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0004672 protein kinase activity 分子功能
GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能
GO:0005524 ATP binding 分子功能
GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G11050
ath:AT1G52640
ath:AT1G71060
ath:AT1G77360
ath:AT2G48010
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.841
排名 1 · TkA04G461560 · TK1151
内质网0.095
排名 2 · TkA04G461560 · TK1151
细胞质0.075
排名 3 · TkA04G461560 · TK1151
细胞核0.052
排名 4 · TkA04G461560 · TK1151
溶酶体／液泡0.036
排名 5 · TkA04G461560 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21314TM_ErbB19-19 aa
PF19160SPARK25-191 aa
PF21314TM_ErbB1234-254 aa
PF01704UDPGP265-301 aa
PF00069Pkinase303-513 aa
PF07714PK_Tyr_Ser-Thr304-510 aa
PF03109ABC1308-330 aa
PF03109ABC1379-465 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G461560PF21314TM_ErbB19190.6710.4
TkA04G461560PF19160SPARK251913e-46158.5
TkA04G461560PF21314TM_ErbB12342540.6710.4
TkA04G461560PF01704UDPGP2653010.3210.4
TkA04G461560PF00069Pkinase3035132.6e-43149.0
TkA04G461560PF07714PK_Tyr_Ser-Thr3045106.5e-41141.0
TkA04G461560PF03109ABC13083300.002517.7
TkA04G461560PF03109ABC13794650.002517.7
TkA04G461560PF14531Kinase-like4115350.3510.8
TkA04G461560PF17667Pkinase_fungal4205030.05512.9
TkA04G461560PF21314TM_ErbB15725810.6710.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O04086拟南芥sp|O04086|Y1105_ARATH Probable receptor-like protein kinase At1g1105063.500%Swiss-Prot高置信
P93050拟南芥sp|P93050|RKF3_ARATH Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase RKF337.800%Swiss-Prot中等置信
C0LGH3拟南芥sp|C0LGH3|Y5614_ARATH Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g5614040.300%Swiss-Prot中等置信
C0LGE0拟南芥sp|C0LGE0|Y1765_ARATH Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g0765037.900%Swiss-Prot中等置信
Q9ASQ6拟南芥sp|Q9ASQ6|Y1972_ARATH Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g2972038.900%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看