TkA04G458570 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G458570

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 115684252-115687128 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2650 bp · TkA04G458570|TK1151|cDNA

CTCTTAGCGACCTCGCTAAGAGCCCATTCCGTGCAGCCTAATAAATGATATGAGCCACACAGCGGGTCATATATCCACCTACACCGGATTTCGACAAACCCAACCGCAGCCTGCAACGTGTCCAGATACATCCCCCGCCCCTCTGTGTCTGCTTCGTCAAACCCACGCCATTCTATCAATCCTCCCTCATCTTCTCTCTTCTCTCTCCTCTCTCTCAATCCTTCGCCGTGTGCCAGCAAATTTCAGCGCAACCTTTTAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1227 bp · TkA04G458570|TK1151|CDS

ATGGATTTGACCCGTGCTCACCAATCGAACCTCTCGTTAGGGTTTGTACCTCACTCTTCGCACAGTAGTCAAATAGCCAGCGACACTGTATCCTTTCAGATCGATTCGAGTTTTCGAAATCCTCCTCATCACCTCGTTTCCGGTGTTCCTCTTCAATTGATGGAGCAACAGACCACAGTCGAGAGCAAAAACGTCGATTTGAATGAGAAGCACCAGCAAGCGAACGCAGGGAGCATGGATTTGAATGAGGAGAGCAAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

408 aa · TkA04G458570|TK1151|PROTEIN

MDLTRAHQSNLSLGFVPHSSHSSQIASDTVSFQIDSSFRNPPHHLVSGVPLQLMEQQTTVESKNVDLNEKHQQANAGSMDLNEESKDGENDDGEEFRILGHSMCLKRRRDSTPSCTTTDSASSQTLSKRSHTSPESRRQAVRAWGNQSLQAADPDIFDLLEKEKHRQYKGIELIASENFVCKAVMEALGSHVTNKYSEGMPGARFYTGNQYIDEIEILCCQRALVAFGLDSESWGVNVQPYSCTSAHFAVYTGLLLPGDR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G458570`
TK1151 ID	TkA04G458570
OH-1004 ID	LXL04_038750
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 91.422 / OH-1004 50.134 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G458570

位置 Chr04:115684252-115687128 (-)

描述 Similar to SHM6: Serine hydroxymethyltransferase 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g36370`	催化丝氨酸与甘氨酸之间的互变。	暂无已核实直接文献
`At1g22020`	催化丝氨酸与甘氨酸之间的互变。	暂无已核实直接文献
`At4g13930`	催化丝氨酸和甘氨酸的互变，同时将四氢叶酸（THF）转化为5,10-亚甲基-THF。	暂无已核实直接文献
`At4g13890`	催化丝氨酸与甘氨酸之间的互变。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038750 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006730 one-carbon metabolic process 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0010197 polar nucleus fusion 生物过程

GO:0019264 glycine biosynthetic process from L-serine 生物过程

GO:0035999 tetrahydrofolate interconversion 生物过程

GO:0046500 S-adenosylmethionine metabolic process 生物过程

GO:0046653 tetrahydrofolate metabolic process 生物过程

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

GO:0055063 sulfate ion homeostasis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G22020

ath:AT1G36370

ath:AT4G13890

ath:AT4G13930

ddi:DDB_G0277947

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.520

排名 1 · TkA04G458570 · TK1151

细胞核0.500

排名 2 · TkA04G458570 · TK1151

线粒体0.065

排名 3 · TkA04G458570 · TK1151

细胞膜0.053

排名 4 · TkA04G458570 · TK1151

内质网0.049

排名 5 · TkA04G458570 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12722Hid157-143 aa

PF01863YgjP-like77-173 aa

PF00464SHMT149-398 aa

PF01212Beta_elim_lyase324-394 aa

PF00266Aminotran_5336-394 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G458570	`PF12722`	Hid1	57	143	2.7	6.8
TkA04G458570	`PF01863`	YgjP-like	77	173	0.019	15.7
TkA04G458570	`PF00464`	SHMT	149	398	3.2e-108	362.6
TkA04G458570	`PF01212`	Beta_elim_lyase	324	394	0.17	11.9
TkA04G458570	`PF00266`	Aminotran_5	336	394	0.3	10.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84WV0`	拟南芥	sp\|Q84WV0\|GLYC7_ARATH Serine hydroxymethyltransferase 7	61.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LM59`	拟南芥	sp\|Q9LM59\|GLYC6_ARATH Serine hydroxymethyltransferase 6	61.300%	Swiss-Prot	高置信
`O23254`	拟南芥	sp\|O23254\|GLYC4_ARATH Serine hydroxymethyltransferase 4	69.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SVM4`	拟南芥	sp\|Q9SVM4\|GLYC5_ARATH Serine hydroxymethyltransferase 5	65.900%	Swiss-Prot	中等置信

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