TkA04G456620 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G456620

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 115117225-115122393 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2737 bp · TkA04G456620|TK1151|cDNA

TTGCAATATAATTAAGTGGATGCGGCGTTAAACCCTGGTGGCGTCTAAAACCCTGTGTTTTCCGAGAGCGTAGGGCGATGGCCATAGACAGGAATGTAATCGAAGAAGAAGGATGCCTCCATCGTTTCTACAAAATTGTTCTCGGTTGGGACTATCTCCGCCTCCTCAAAGAATCCTCCAAAAAAAACAAAAACGCCCCGAATGCAAAGGATTTAGGTTTGAAGCAAGTAAAGGACACGTATAAAGATGTAGATGATTAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2451 bp · TkA04G456620|TK1151|CDS

ATGGCCATAGACAGGAATGTAATCGAAGAAGAAGGATGCCTCCATCGTTTCTACAAAATTGTTCTCGGTTGGGACTATCTCCGCCTCCTCAAAGAATCCTCCAAAAAAAACAAAAACGCCCCGAATGCAAAGGATTTAGGTTTGAAGCAAGTAAAGGACACGTATAAAGATGTAGATGATTACCTTGCCACATTTGAGCCTCTCTTATTTGAAGAAGTTAAAGCTCAAATCGTACAAGGCAAAGATGAGGAAGAAGAAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

816 aa · TkA04G456620|TK1151|PROTEIN

MAIDRNVIEEEGCLHRFYKIVLGWDYLRLLKESSKKNKNAPNAKDLGLKQVKDTYKDVDDYLATFEPLLFEEVKAQIVQGKDEEEETEWKMGIAIECHETDGFHLPEVFGEDWGSVSQNDLLLLTKKKFGDDKELPTTYAFALVEHRLPDKIRLRMQLDGEIKRVDKDDFKTSKRLMTMRSLIGEQNKPWSIMKICSLSTIAREYVALRSISFLPYKDVILSASDDSVHNSEDQAWKISKPLMEFIQSNHNATQLEAIRA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G456620`
TK1151 ID	TkA04G456620
OH-1004 ID	LXL04_008577
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	32.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 93.873 / OH-1004 38.441 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G456620

位置 Chr04:115117225-115122393 (+)

描述 Similar to SEN1: Helicase SEN1 (Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g15570`	可能的解旋酶可以调节参与核仁组织和花粉管引导的 RNA 分子。	Attractive and repulsive interactions between female and male gametophytes in Arabidopsis pollen tube guidance.2000 · DOI: 10.1242/dev.127.20.4511 MAA3 (MAGATAMA3) helicase gene is required for female gametophyte development and pollen tube guidance in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1093/pcp/pcn130

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008577 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006283 transcription-coupled nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006353 DNA-templated transcription termination 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0006369 termination of RNA polymerase II transcription 生物过程

GO:0006386 termination of RNA polymerase III transcription 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006399 tRNA metabolic process 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0008033 tRNA processing 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009875 pollen-pistil interaction 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G15570

sce:YLR430W

spo:2540523

spo:2541556

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.622

排名 1 · TkA04G456620 · TK1151

细胞质0.317

排名 2 · TkA04G456620 · TK1151

线粒体0.069

排名 3 · TkA04G456620 · TK1151

细胞膜0.046

排名 4 · TkA04G456620 · TK1151

过氧化物酶体0.036

排名 5 · TkA04G456620 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00580UvrD-helicase46-67 aa

PF00437T2SSE143-161 aa

PF13989YejG144-195 aa

PF04851ResIII151-202 aa

PF20720nSTAND3162-190 aa

PF00437T2SSE244-299 aa

PF13481AAA_25249-296 aa

PF13086AAA_11250-436 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G456620	`PF00580`	UvrD-helicase	46	67	0.0063	16.9
TkA04G456620	`PF00437`	T2SSE	143	161	0.056	12.8
TkA04G456620	`PF13989`	YejG	144	195	0.18	13.0
TkA04G456620	`PF04851`	ResIII	151	202	0.0023	18.6
TkA04G456620	`PF20720`	nSTAND3	162	190	0.00055	20.4
TkA04G456620	`PF00437`	T2SSE	244	299	0.056	12.8
TkA04G456620	`PF13481`	AAA_25	249	296	0.059	13.7
TkA04G456620	`PF13086`	AAA_11	250	436	4.3e-58	197.8
TkA04G456620	`PF13604`	AAA_30	251	287	9.6e-09	36.0
TkA04G456620	`PF00580`	UvrD-helicase	251	292	0.0063	16.9
TkA04G456620	`PF04851`	ResIII	252	291	0.0023	18.6
TkA04G456620	`PF00270`	DEAD	252	289	0.016	15.6
TkA04G456620	`PF13245`	AAA_19	254	290	7e-08	33.4
TkA04G456620	`PF13191`	AAA_16	255	292	0.02	16.1
TkA04G456620	`PF20720`	nSTAND3	256	306	0.00055	20.4
TkA04G456620	`PF12775`	AAA_7	257	289	0.067	13.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`B6SFA4`	拟南芥	sp\|B6SFA4\|MAA3_ARATH Probable helicase MAGATAMA 3	61.300%	Swiss-Prot	高置信

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