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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G445210
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 112234739-112235605 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

813 bp · TkA04G445210|TK1151|cDNA

ATGCTCCAATGTGATCCGGAAGAAAATCCCTCCGGCGTCTGTTTTCCGTTTTGTGTTACAACCTGTCCTTCCTTTTGTCACATCACCGACAGGCCATTTCCGCCGTCTTCATCGCCGTCTCCAGCATTCAGCCCTTATGCACAACCACTGTCTCCGGGGCATAAAAAGCCGGAGCTCTCGTTCCATTTTAAAATATCTGTCACCTTCCTCATCGCAAGCTTCGTCTACACCCTCTACAAGTTCTACATTGTATGGTACAG...

CDS

下载 CDS FASTA

813 bp · TkA04G445210|TK1151|CDS

ATGCTCCAATGTGATCCGGAAGAAAATCCCTCCGGCGTCTGTTTTCCGTTTTGTGTTACAACCTGTCCTTCCTTTTGTCACATCACCGACAGGCCATTTCCGCCGTCTTCATCGCCGTCTCCAGCATTCAGCCCTTATGCACAACCACTGTCTCCGGGGCATAAAAAGCCGGAGCTCTCGTTCCATTTTAAAATATCTGTCACCTTCCTCATCGCAAGCTTCGTCTACACCCTCTACAAGTTCTACATTGTATGGTACAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

270 aa · TkA04G445210|TK1151|PROTEIN

MLQCDPEENPSGVCFPFCVTTCPSFCHITDRPFPPSSSPSPAFSPYAQPLSPGHKKPELSFHFKISVTFLIASFVYTLYKFYIVWYRSRRRRTVPPLEHREILDDDVLDHPIWYIRTAGLQPSVINAITAVKFRNDGGVIVGGCSVCLSEFEADETLRLLPNCKHAFHISCIDTWLQSHTTCPLCRDGIVDCTSDEPPPEENTDDVRFTGETDLRISVMEDDDREEATESSGLTNGEVSMEDFAASDHRGIQFQYVDGGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G445210
TK1151 IDTkA04G445210
OH-1004 IDLXL04_038593
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)92.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 80.672
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G445210
位置Chr04:112234739-112235605 (-)
描述Similar to ATL54: RING-H2 finger protein ATL54
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g72220 RING-H2 指蛋白 ATL54。 暂无已核实直接文献
At5g10380 E3泛素蛋白连接酶，可能通过促进程序性细胞死亡（PCD）负调控因子的降解，参与正向调控程序性细胞死亡。
RING1 E3 ligase localizes to plasma membrane lipid rafts to trigger FB1-induced programmed cell death in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03625.x
At3g03550 RING-H2 指蛋白 ATL51。 暂无已核实直接文献
At5g17600 RING-H2 指蛋白 ATL52。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0590900 在体外具有 E3 泛素蛋白连接酶。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038593 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0002238 response to molecule of fungal origin 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009617 response to bacterium 生物过程
GO:0012501 programmed cell death 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程
GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G72220
ath:AT3G03550
ath:AT4G17905
ath:AT5G10380
ath:AT5G17600
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.332
排名 1 · TkA04G445210 · TK1151
细胞质0.234
排名 2 · TkA04G445210 · TK1151
溶酶体／液泡0.225
排名 3 · TkA04G445210 · TK1151
内质网0.215
排名 4 · TkA04G445210 · TK1151
细胞核0.187
排名 5 · TkA04G445210 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14634zf-RING_516-22 aa
PF24921RING_XB3-XBAT3117-18 aa
PF00628PHD20-28 aa
PF28274INA17_C67-86 aa
PF12861zf-ANAPC11142-187 aa
PF13639zf-RING_2144-186 aa
PF17123zf-RING_11144-172 aa
PF13923zf-C3HC4_2144-185 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G445210PF14634zf-RING_516223.3e-0524.5
TkA04G445210PF24921RING_XB3-XBAT3117182.78.8
TkA04G445210PF00628PHD20283.88.3
TkA04G445210PF28274INA17_C67860.2411.8
TkA04G445210PF12861zf-ANAPC111421872.1e-0628.4
TkA04G445210PF13639zf-RING_21441862.6e-1453.9
TkA04G445210PF17123zf-RING_111441722.7e-1040.5
TkA04G445210PF13923zf-C3HC4_21441854.1e-0833.6
TkA04G445210PF00097zf-C3HC41441858.8e-0832.6
TkA04G445210PF13445zf-RING_UBOX1441831.4e-0525.7
TkA04G445210PF14634zf-RING_51441863.3e-0524.5
TkA04G445210PF13920zf-C3HC4_31441890.01316.0
TkA04G445210PF12906RINGv1441850.1113.4
TkA04G445210PF14446Prok-RING_11441721.49.8
TkA04G445210PF24921RING_XB3-XBAT311441902.78.8
TkA04G445210PF00628PHD1441783.88.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8LFY8拟南芥sp|Q8LFY8|ATL54_ARATH RING-H2 finger protein ATL5463.700%Swiss-Prot低置信
Q9LX93拟南芥sp|Q9LX93|ATL55_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RING134.800%Swiss-Prot中等置信
Q9SRQ8拟南芥sp|Q9SRQ8|ATL51_ARATH RING-H2 finger protein ATL5161.600%Swiss-Prot低置信
Q9LF64拟南芥sp|Q9LF64|ATL52_ARATH RING-H2 finger protein ATL5260.900%Swiss-Prot低置信
Q7XLY8水稻sp|Q7XLY8|ATL41_ORYSJ E3 ubiquitin-protein ligase Os04g059090054.200%Swiss-Prot低置信

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