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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G440430
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 111100309-111102851 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1566 bp · TkA04G440430|TK1151|cDNA

ATGGAGTTGAAGATATTACAACAATACATATTAGGAGGAATCATAGCTACTTGGTTAGGTTTCACTCTCATCTATTTATTGGGTGTAAAAAAGAGCAAACCTGATGATGGTTTGCATGTGCATAAACAGACCAATGAGTTAGTTAGGACTCAACCACAAAAAGATGGAGGCATTGACGTTATCATAGTTGGTGCAGGTGTTGCTGGTGCAGCCCTTGCCTATAGTCTTGGCAAGGATGGAAGACGAATTCTTGTCATCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1566 bp · TkA04G440430|TK1151|CDS

ATGGAGTTGAAGATATTACAACAATACATATTAGGAGGAATCATAGCTACTTGGTTAGGTTTCACTCTCATCTATTTATTGGGTGTAAAAAAGAGCAAACCTGATGATGGTTTGCATGTGCATAAACAGACCAATGAGTTAGTTAGGACTCAACCACAAAAAGATGGAGGCATTGACGTTATCATAGTTGGTGCAGGTGTTGCTGGTGCAGCCCTTGCCTATAGTCTTGGCAAGGATGGAAGACGAATTCTTGTCATCGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

521 aa · TkA04G440430|TK1151|PROTEIN

MELKILQQYILGGIIATWLGFTLIYLLGVKKSKPDDGLHVHKQTNELVRTQPQKDGGIDVIIVGAGVAGAALAYSLGKDGRRILVIERDLGLQDRIVGELLQPGGFMKLIDLGLEDCVEDIDAQKVFGYALFKDDKSTSLAYPLEKYTRDVAGRSFHNGRFVQRMREKAATVSSVRLEEGTVTSLVEEKGVVRGVRYKTKSGQDITANAPLTIVCDGCFSNLRRGLCKPEVDIPSSFAALLLKNCEAPYPNHGHVILADP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G440430
TK1151 IDTkA04G440430
OH-1004 IDLXL04_038537
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G440430
位置Chr04:111100309-111102851 (-)
描述Similar to SQE1: Squalene monooxygenase SE1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g22830 催化角鲨烯立体专一性氧化生成（S）-2,3-环氧角鲨烯，被认为是类固醇生物合成中的限速酶。
Arabidopsis thaliana squalene epoxidase 1 is essential for root and seed development.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m611831200
At4g37760 可能催化角鲨烯立体特异性氧化为 (S)-2,3-环氧角鲨烯，参与甾醇生物合成。
Arabidopsis thaliana squalene epoxidase 1 is essential for root and seed development.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m611831200
At1g58440 可能催化角鲨烯立体特异性氧化为 (S)-2,3-环氧角鲨烯，参与甾醇生物合成。
Arabidopsis thaliana squalene epoxidase 1 is essential for root and seed development.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m611831200
Identification of the Arabidopsis dry2/sqe1-5 mutant reveals a central role for sterols in drought tolerance and regulation of reactive oxygen species.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03849.x
Analysis of the arabidopsis dry2/sqe1-5 mutant suggests a role for sterols in signaling.2009 · DOI: 10.4161/psb.4.9.9425

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038537 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0002238 response to molecule of fungal origin 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009611 response to wounding 生物过程
GO:0009723 response to ethylene 生物过程
GO:0009725 response to hormone 生物过程
GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程
GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程
GO:0010038 response to metal ion 生物过程
GO:0016126 sterol biosynthetic process 生物过程
GO:0042542 response to hydrogen peroxide 生物过程
GO:0046246 terpene biosynthetic process 生物过程
GO:0071731 response to nitric oxide 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G58440
ath:AT2G22830
ath:AT4G37760
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.433
排名 1 · TkA04G440430 · TK1151
线粒体0.247
排名 2 · TkA04G440430 · TK1151
细胞质0.136
排名 3 · TkA04G440430 · TK1151
细胞膜0.093
排名 4 · TkA04G440430 · TK1151
细胞核0.085
排名 5 · TkA04G440430 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01946Thi458-91 aa
PF01494FAD_binding_359-365 aa
PF01266DAO59-89 aa
PF00890FAD_binding_259-88 aa
PF01134GIDA59-87 aa
PF12831FAD_oxidored59-214 aa
PF07992Pyr_redox_259-88 aa
PF05834Lycopene_cycl59-189 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G440430PF01946Thi458910.0004220.3
TkA04G440430PF01494FAD_binding_3593651.1e-1145.3
TkA04G440430PF01266DAO59892e-1144.7
TkA04G440430PF00890FAD_binding_259880.0001222.2
TkA04G440430PF01134GIDA59870.0002620.9
TkA04G440430PF12831FAD_oxidored592140.0007819.6
TkA04G440430PF07992Pyr_redox_259880.001718.6
TkA04G440430PF05834Lycopene_cycl591890.01914.7
TkA04G440430PF03486HI0933_like59890.02314.9
TkA04G440430PF00070Pyr_redox60890.3912.0
TkA04G440430PF02254TrkA_N60890.411.7
TkA04G440430PF13738Pyr_redox_361890.2511.3
TkA04G440430PF13450NAD_binding_862892.4e-0525.2
TkA04G440430PF17866AAA_lid_61511810.2412.4
TkA04G440430PF00070Pyr_redox1531790.3912.0
TkA04G440430PF01266DAO1552342e-1144.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O81000拟南芥sp|O81000|ERG15_ARATH Squalene epoxidase 2, mitochondrial66.900%Swiss-Prot高置信
Q8VYH2拟南芥sp|Q8VYH2|ERG16_ARATH Squalene epoxidase 367.500%Swiss-Prot高置信
Q9SM02拟南芥sp|Q9SM02|ERG14_ARATH Squalene epoxidase 168.800%Swiss-Prot高置信

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