RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G436480
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 110080193-110082201 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1501 bp · TkA04G436480|TK1151|cDNA

GGCAATTTAGTCCAACACAACCTTCATAGGTGTTGGTGAGAATTCCCTTGCCTTATTTTAGAAGCCAATAATACTTTGTAACATTTGGGATCCCAAAACCATTTCCTTCATCGTGTCTCCATTCACTGCCACCGTCACCGGAAAAATGCCTTCCGGTGAGGATGGCTCCCCCATCACCTTTCTCAAGAGAGAACTCGAAGCTTCTTTCGTCAAGATCGATTCCTTGGAGAAAGAAAACCATGAATTAAAGCAAGAATTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1212 bp · TkA04G436480|TK1151|CDS

ATGCCTTCCGGTGAGGATGGCTCCCCCATCACCTTTCTCAAGAGAGAACTCGAAGCTTCTTTCGTCAAGATCGATTCCTTGGAGAAAGAAAACCATGAATTAAAGCAAGAATTGGGTCGTCTCAAGGCACAAATCAATACTTTAAAAGCACATGATCTCGAGAGGAAATCCATCTTATGGAAGAAATTACAGAGTTCGATGGATTGCGGTAAGGTTATAGACGAACCACCACAAAAACCCAAGCTTCAAGTTGAACTACC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

403 aa · TkA04G436480|TK1151|PROTEIN

MPSGEDGSPITFLKRELEASFVKIDSLEKENHELKQELGRLKAQINTLKAHDLERKSILWKKLQSSMDCGKVIDEPPQKPKLQVELPDTPLKKSTPNHPEPNVILPKPPPSPPQWLQKRVTAPPPPPPPLPSSPVGSRAVRRVPAVMEFYRSLMKKDTQKENKNGATGFLPVTSRDMIGEIENRSTYLTSIKSDVKKYGQLLNFLIREVQSAAFIEISDVEAFVKWLDGELSCLVDERAVLKHFPHWPERKADALREAAF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G436480
TK1151 IDTkA04G436480
OH-1004 IDLXL04_038505
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 95.272
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G436480
位置Chr04:110080193-110082201 (+)
描述Similar to CHUP1: Protein CHUP1, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g07120 微管相关蛋白，可能参与微管组织的调控。 暂无已核实直接文献
At4g18570 微管相关蛋白通过影响皮质微管组织参与各向异性花瓣和子叶生长和形状的调节。
Arabidopsis IPGA1 is a microtubule-associated protein essential for cell expansion during petal morphogenesis.2019 · DOI: 10.1093/jxb/erz284
The IPGA1-ANGUSTIFOLIA module regulates microtubule organisation and pavement cell shape in Arabidopsis.2022 · DOI: 10.1111/nph.18433
At3g25690 叶绿体的定位和运动所需。
Chloroplast unusual positioning1 is essential for proper chloroplast positioning.2003 · DOI: 10.1105/tpc.016428
Chloroplast outer envelope protein CHUP1 is essential for chloroplast anchorage to the plasma membrane and chloroplast movement.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.123075
At1g48280 微管相关蛋白，可能参与微管组织的调控。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038505 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009902 chloroplast relocation 生物过程
GO:0030041 actin filament polymerization 生物过程
GO:0043622 cortical microtubule organization 生物过程
GO:0048446 petal morphogenesis 生物过程
GO:0048826 cotyledon morphogenesis 生物过程
GO:0051211 anisotropic cell growth 生物过程
GO:0071260 cellular response to mechanical stimulus 生物过程
GO:0072699 protein localization to cortical microtubule cytoskeleton 生物过程
GO:0090436 leaf pavement cell development 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G48280
ath:AT3G25690
ath:AT4G04980
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.523
排名 1 · TkA04G436480 · TK1151
细胞膜0.354
排名 2 · TkA04G436480 · TK1151
细胞核0.267
排名 3 · TkA04G436480 · TK1151
内质网0.045
排名 4 · TkA04G436480 · TK1151
高尔基体0.043
排名 5 · TkA04G436480 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29056MYCBP_helical8-50 aa
PF07989Cnn_1N10-50 aa
PF26012HH_RND_rel10-49 aa
PF28533DUF842911-50 aa
PF30842LEKR111-63 aa
PF17675APG6_N12-53 aa
PF12709Fungal_TACC12-49 aa
PF10046BLOC1_212-50 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G436480PF29056MYCBP_helical8500.004417.7
TkA04G436480PF07989Cnn_1N10500.05714.3
TkA04G436480PF26012HH_RND_rel10491.010.4
TkA04G436480PF28533DUF842911500.005417.3
TkA04G436480PF30842LEKR111631.69.8
TkA04G436480PF17675APG6_N12530.01416.5
TkA04G436480PF12709Fungal_TACC12490.2812.4
TkA04G436480PF10046BLOC1_212500.4911.5
TkA04G436480PF16559GIT_CC13520.005617.1
TkA04G436480PF30907IPGA1_CC13520.02815.5
TkA04G436480PF10473CENP-F_leu_zip13610.04714.5
TkA04G436480PF05377FlaC_arch13480.1713.1
TkA04G436480PF05859Mis1213540.1812.2
TkA04G436480PF13870CCDC113_CCDC96_CC13500.3811.2
TkA04G436480PF30677CCDC18_1st13571.29.0
TkA04G436480PF23649FKBP1514520.2411.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LMK4拟南芥sp|Q9LMK4|IPGL1_ARATH INCREASED PETAL GROWTH ANISOTROPY 1-like protein 151.500%Swiss-Prot高置信
Q8L7S5拟南芥sp|Q8L7S5|IPGA1_ARATH Protein INCREASED PETAL GROWTH ANISOTROPY 152.600%Swiss-Prot中等置信
Q9LI74拟南芥sp|Q9LI74|CHUP1_ARATH Protein CHUP1, chloroplastic51.700%Swiss-Prot中等置信
Q9SX62拟南芥sp|Q9SX62|IPGL2_ARATH INCREASED PETAL GROWTH ANISOTROPY 1-like protein 232.100%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看