TkA04G434750 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G434750

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 109647294-109651361 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2785 bp · TkA04G434750|TK1151|cDNA

AACGAATCATACGTTTTCAAACCTTTACCAAATCCAACATTCTTTAAAGTGAGTTTTATAATGTTATATTATGGAAAAAGGTTTCTAAAAGTATTTTGTTTTTCCAATTTAGTGACGATGACGAAGGTCTATCGGTCACGAGAAAATCAGTTGAAGGTTAATGACCGAAGTTGAAAAGTTACTTCTCCGGCCAGCTAACTCTTCGATTAATTTGGCGTGATCAATTTCAGTGGAACTACGAAGGATCATAAACCTCATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1899 bp · TkA04G434750|TK1151|CDS

ATGGCGTATCGAGAATCGATGATGGCTAAACTATTTCTAGGGTTATTGTTACTGAGCTGCATGCATCATCAATTAGCAATTGGTAGGTTTGTAGTCGAAAAAAACAGTTTAACAGTTACTTCTCCTGAATCCATCAAAGGAAATCACGATAGTGCCATTGGCAACTTCGGTATTCCTCAGTACGGTGGTAGTATGGCCGGTACCGTCGATTACCCCAAAGAAAACCGGAAAGGTTGTCGAAAATTCGACGAATTTGGGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

632 aa · TkA04G434750|TK1151|PROTEIN

MAYRESMMAKLFLGLLLLSCMHHQLAIGRFVVEKNSLTVTSPESIKGNHDSAIGNFGIPQYGGSMAGTVDYPKENRKGCRKFDEFGTSFKANPGALPKFVLLDRGDCFFALKVWNAQNAGASAVLVADDIDEPLITMDRPEEDGFSSKYIENITIPSALISKSFGETLKKSISNGDMVNLNLDWREAVPHPDDRVEYELWTNSNDECGIKCDMLMDFVKNFKGAAQILEKGGYSLFTPHYITWYCPQAFTISKQCKSQCI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G434750`
TK1151 ID	TkA04G434750
OH-1004 ID	LXL04_038496
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G434750

位置 Chr04:109647294-109651361 (-)

描述 Similar to VSR3: Vacuolar-sorting receptor 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g14740`	液泡分选受体 (VSR) 参与网格蛋白包被的囊泡从高尔基体分选到液泡。	暂无已核实直接文献
`At2g14720`	液泡分选受体 (VSR) 参与网格蛋白包被的囊泡从高尔基体分选到液泡。	暂无已核实直接文献
`At3g52850`	液泡分选受体参与网格蛋白包被的囊泡从高尔基体分选到液泡。	Vacuolar sorting receptor for seed storage proteins in Arabidopsis thaliana.2003 · DOI: 10.1073/pnas.2530568100
`At2g30290`	液泡分选受体 (VSR) 参与网格蛋白包被的囊泡从高尔基体分选到液泡。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038496 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006623 protein targeting to vacuole 生物过程

GO:0006896 Golgi to vacuole transport 生物过程

GO:0007034 vacuolar transport 生物过程

GO:0000137 Golgi cis cisterna 细胞组分

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005770 late endosome 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G14720

ath:AT2G14740

ath:AT2G30290

ath:AT3G52850

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.374

排名 1 · TkA04G434750 · TK1151

高尔基体0.324

排名 2 · TkA04G434750 · TK1151

细胞质0.200

排名 3 · TkA04G434750 · TK1151

内质网0.164

排名 4 · TkA04G434750 · TK1151

细胞膜0.157

排名 5 · TkA04G434750 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02225PA75-168 aa

PF25011VSR_TRX195-402 aa

PF07645EGF_CA253-262 aa

PF14670FXa_inhibition254-262 aa

PF07645EGF_CA421-453 aa

PF14670FXa_inhibition424-467 aa

PF12662cEGF451-470 aa

PF14670FXa_inhibition477-519 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G434750	`PF02225`	PA	75	168	1e-15	58.3
TkA04G434750	`PF25011`	VSR_TRX	195	402	1.5e-103	345.6
TkA04G434750	`PF07645`	EGF_CA	253	262	0.0012	19.8
TkA04G434750	`PF14670`	FXa_inhibition	254	262	2.0	9.4
TkA04G434750	`PF07645`	EGF_CA	421	453	0.0012	19.8
TkA04G434750	`PF14670`	FXa_inhibition	424	467	2.0	9.4
TkA04G434750	`PF12662`	cEGF	451	470	1.7e-07	31.7
TkA04G434750	`PF14670`	FXa_inhibition	477	519	2.0	9.4
TkA04G434750	`PF07645`	EGF_CA	503	519	0.0012	19.8
TkA04G434750	`PF12662`	cEGF	504	524	1.7e-07	31.7
TkA04G434750	`PF07645`	EGF_CA	521	549	0.0012	19.8
TkA04G434750	`PF25011`	VSR_TRX	525	574	1.5e-103	345.6
TkA04G434750	`PF12662`	cEGF	531	535	1.7e-07	31.7
TkA04G434750	`PF14670`	FXa_inhibition	532	562	2.0	9.4
TkA04G434750	`PF12662`	cEGF	535	539	1.7e-07	31.7
TkA04G434750	`PF12662`	cEGF	544	549	1.7e-07	31.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80977`	拟南芥	sp\|O80977\|VSR3_ARATH Vacuolar-sorting receptor 3	80.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q56ZQ3`	拟南芥	sp\|Q56ZQ3\|VSR4_ARATH Vacuolar-sorting receptor 4	80.300%	Swiss-Prot	高置信
`P93026`	拟南芥	sp\|P93026\|VSR1_ARATH Vacuolar-sorting receptor 1	69.000%	Swiss-Prot	高置信
`O22925`	拟南芥	sp\|O22925\|VSR2_ARATH Vacuolar-sorting receptor 2	68.400%	Swiss-Prot	高置信

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