TkA04G428970 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G428970

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 108263319-108265871 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

942 bp · TkA04G428970|TK1151|cDNA

CCAAAATCTCTCATTCATATTCTCTCCCTCCAGTGTCTCGATCTCTCTCTGGTATCCATCCGTTTCTTCGTCAGAACCCTACTCGTCATGGGCGATTTTGGTCGGATTTCTGTCCATAATGCTCTCGGAGGCGGCCCAGTTGCTGATATATTGCTATGGAGGAATTATTACGGAGGAGGAGTGGTCTTAATCACTTCCACCATCCTGTGGTTCCTATTCGAAAAAGGAGGATATAACATCGTGGCATTTATCGCCAATAA...

CDS

下载 CDS FASTA

612 bp · TkA04G428970|TK1151|CDS

ATGGGCGATTTTGGTCGGATTTCTGTCCATAATGCTCTCGGAGGCGGCCCAGTTGCTGATATATTGCTATGGAGGAATTATTACGGAGGAGGAGTGGTCTTAATCACTTCCACCATCCTGTGGTTCCTATTCGAAAAAGGAGGATATAACATCGTGGCATTTATCGCCAATAATCTACTGCTTTTGGTTGTTATACTCTTTCTGTGGGCTAAATCTGCATCCCTTCTCAATAGACCTCTCCCTCCAATTCCTGAATTGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

203 aa · TkA04G428970|TK1151|PROTEIN

MGDFGRISVHNALGGGPVADILLWRNYYGGGVVLITSTILWFLFEKGGYNIVAFIANNLLLLVVILFLWAKSASLLNRPLPPIPELDISEESVLIAADEMQVWVNHVFSITHAIAVDGNMKALILVVSILWLISYIGSFFNFLTMIYIGVLLSLSVPYLYNMFQSQVDGKLNVVHKVLHPVLRKADIVLQMLPLAQNKQKKNQ

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G428970`
TK1151 ID	TkA04G428970
OH-1004 ID	LXL04_038441
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 80.237 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G428970

位置 Chr04:108263319-108265871 (-)

描述 Similar to RTNLB11: Reticulon-like protein B11

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g19460`	类网状蛋白 B11。	暂无已核实直接文献
`At2g15280`	类网状蛋白 B10。	暂无已核实直接文献
`At3g10915`	类网状蛋白 B16。	暂无已核实直接文献
`At2g46170`	类网状蛋白B5。	暂无已核实直接文献
`At3g54120`	类网状蛋白 B12。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038441 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0071786 endoplasmic reticulum tubular network organization 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0071782 endoplasmic reticulum tubular network 细胞组分

GO:0098554 cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G15280

ath:AT2G46170

ath:AT3G10915

ath:AT3G19460

ath:AT4G23630

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.701

排名 1 · TkA04G428970 · TK1151

高尔基体0.124

排名 2 · TkA04G428970 · TK1151

细胞核0.100

排名 3 · TkA04G428970 · TK1151

细胞质0.098

排名 4 · TkA04G428970 · TK1151

细胞膜0.079

排名 5 · TkA04G428970 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02453Reticulon18-172 aa

PF17343DUF537332-79 aa

PF28117XrtH_assoc33-44 aa

PF28117XrtH_assoc51-80 aa

PF17343DUF5373107-144 aa

PF28117XrtH_assoc113-146 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G428970	`PF02453`	Reticulon	18	172	1.7e-42	145.7
TkA04G428970	`PF17343`	DUF5373	32	79	4.3	7.5
TkA04G428970	`PF28117`	XrtH_assoc	33	44	0.46	11.1
TkA04G428970	`PF28117`	XrtH_assoc	51	80	0.46	11.1
TkA04G428970	`PF17343`	DUF5373	107	144	4.3	7.5
TkA04G428970	`PF28117`	XrtH_assoc	113	146	0.46	11.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LT71`	拟南芥	sp\|Q9LT71\|RTNLK_ARATH Reticulon-like protein B11	46.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6NPD8`	拟南芥	sp\|Q6NPD8\|RTNLJ_ARATH Reticulon-like protein B10	42.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8GYH6`	拟南芥	sp\|Q8GYH6\|RTNLP_ARATH Reticulon-like protein B16	34.100%	Swiss-Prot	中等置信
`O82352`	拟南芥	sp\|O82352\|RTNLE_ARATH Reticulon-like protein B5	35.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9M392`	拟南芥	sp\|Q9M392\|RTNLL_ARATH Reticulon-like protein B12	34.700%	Swiss-Prot	中等置信

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