TkA04G425420 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G425420

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 107334872-107343967 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2615 bp · TkA04G425420|TK1151|cDNA

GTCTTCCCTGAGCATAAAAAGTCGGGGCGAAATCAGTCAAAGCATCCCTCGCTGCTCACACACGCATCTGTCACGTAAGCGGATTTCACTAACGTACGCAGCAGCGATTCCCTTCTTCCTGCATCTCATTTTCAACAACAATGGTGAAACACAGATGGATGTTACTCGTATTGTCTCTGCTATTGCTTGTAATAATGGAGTTTTCTCCTGCAATGGCAGCTACAGGTTGCCCCTTGGACGTAACTGGTTCAAATCTCACG...

CDS

下载 CDS FASTA

1998 bp · TkA04G425420|TK1151|CDS

ATGGTGAAACACAGATGGATGTTACTCGTATTGTCTCTGCTATTGCTTGTAATAATGGAGTTTTCTCCTGCAATGGCAGCTACAGGTTGCCCCTTGGACGTAACTGGTTCAAATCTCACGCAAGCTGCAATCCTCTGTTCCAACACAGAATCTAGAGCAAGTTGTTGTCGTTACATCAACGCTCTTGTTGCAGTTTCCATTGTTCATTATGCAAACGAAACCAACACTCTTGGAGTCCCTCCAGAATTATCCAAAATTTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

665 aa · TkA04G425420|TK1151|PROTEIN

MVKHRWMLLVLSLLLLVIMEFSPAMAATGCPLDVTGSNLTQAAILCSNTESRASCCRYINALVAVSIVHYANETNTLGVPPELSKICLKTITDTLELHGMTRNATLLCGLGTKIPVNYECLGRTMVNQMLESPKFSNVTLNCKVPFGENGCKKCLNSGILFIRNLIGSVNSNTTLSTCRDATFVSLATQVDDVSAFEIADCFFGVHGLTDTPFLGSFPPTLSPESSPTPSSQLSLTAPNLPKRHSYHLTLIPGIGIGVIV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G425420`
TK1151 ID	TkA04G425420
OH-1004 ID	LXL04_038406
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G425420

位置 Chr04:107334872-107343967 (-)

描述 Similar to At1g49730: Probable receptor-like protein kinase At1g49730

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g49730`	可能的受体样蛋白激酶At1g49730。	暂无已核实直接文献
`At5g54590`	通过激活 MAP 激酶活性来耐受寒冷。	Phosphorylation of Arabidopsis thaliana MEKK1 via Ca(2+) signaling as a part of the cold stress response.2013 · DOI: 10.1007/s10265-013-0576-0
`At5g38560`	可能参与根生长的负调控。	PERK-KIPK-KCBP signalling negatively regulates root growth in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.1093/jxb/eru390
`At3g24790`	可能参与植物防御信号传导。	暂无已核实直接文献
`At5g02800`	参与正向调控油菜素甾醇（BR）信号转导和植物生长的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038406 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009631 cold acclimation 生物过程

GO:0010483 pollen tube reception 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0010008 endosome membrane 细胞组分

GO:0090406 pollen tube 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G49730

ath:AT3G07070

ath:AT5G38560

ath:AT5G54590

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.851

排名 1 · TkA04G425420 · TK1151

内质网0.089

排名 2 · TkA04G425420 · TK1151

细胞质0.081

排名 3 · TkA04G425420 · TK1151

细胞核0.056

排名 4 · TkA04G425420 · TK1151

溶酶体／液泡0.032

排名 5 · TkA04G425420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08525OapA_N3-19 aa

PF19160SPARK27-178 aa

PF08525OapA_N239-244 aa

PF08525OapA_N254-268 aa

PF27946C1orf162260-301 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr321-585 aa

PF00069Pkinase322-584 aa

PF01636APH363-465 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G425420	`PF08525`	OapA_N	3	19	0.014	16.0
TkA04G425420	`PF19160`	SPARK	27	178	1.1e-18	68.8
TkA04G425420	`PF08525`	OapA_N	239	244	0.014	16.0
TkA04G425420	`PF08525`	OapA_N	254	268	0.014	16.0
TkA04G425420	`PF27946`	C1orf162	260	301	0.17	12.5
TkA04G425420	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	321	585	2.8e-44	152.1
TkA04G425420	`PF00069`	Pkinase	322	584	5.3e-47	161.1
TkA04G425420	`PF01636`	APH	363	465	0.031	14.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FX99`	拟南芥	sp\|Q9FX99\|Y1497_ARATH Probable receptor-like protein kinase At1g49730	54.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FIU5`	拟南芥	sp\|Q9FIU5\|CRLK1_ARATH Calcium/calmodulin-regulated receptor-like kinase 1	43.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FFW5`	拟南芥	sp\|Q9FFW5\|PERK8_ARATH Proline-rich receptor-like protein kinase PERK8	41.700%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LRY1`	拟南芥	sp\|Q9LRY1\|PBL25_ARATH Probable serine/threonine-protein kinase PBL25	39.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q0WRY5`	拟南芥	sp\|Q0WRY5\|PBL7_ARATH Probable serine/threonine-protein kinase PBL7	41.300%	Swiss-Prot	低置信

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