TkA04G413110 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G413110

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 104051927-104056149 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3176 bp · TkA04G413110|TK1151|cDNA

CAATTCTGAGCCGCGATATACAGAATACTACATCAAAATGCAATGTTGGTGTGTTAGATCTTCGAAGACGAGTGCGTTCACAAACAAGCCCTAAATATGGAAGAAAAACACAATTCCCCGGCGACCACCACCGAAACGGCACTATTATCGTCGGCTGAGCCACCATCTTCAAGGAGAAGAGGCGGAGGGCTGAAGAGGAAAGCGTCGAATATTAGCAACAGCAACGCATCGACTCCGCCTCCGTCTTCTTCGAAGCGTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2706 bp · TkA04G413110|TK1151|CDS

ATGGAAGAAAAACACAATTCCCCGGCGACCACCACCGAAACGGCACTATTATCGTCGGCTGAGCCACCATCTTCAAGGAGAAGAGGCGGAGGGCTGAAGAGGAAAGCGTCGAATATTAGCAACAGCAACGCATCGACTCCGCCTCCGTCTTCTTCGAAGCGTCAAACCCGAGAGAAACCCTCTCCAGTACTGTTTCCTCCGATCCACAATGGGCCGTGCACCAGAGCTCGCCTACAACCAAATTACGCCGATTCCACGTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

901 aa · TkA04G413110|TK1151|PROTEIN

MEEKHNSPATTTETALLSSAEPPSSRRRGGGLKRKASNISNSNASTPPPSSSKRQTREKPSPVLFPPIHNGPCTRARLQPNYADSTSFWDSVTVNGEGEGSVLSTPGAAKVEEELLARKEAWEALESKIEADYDDLKSRDANAHVAPVSSGWFSWTKPHPLEEKALASFFNGKLENRTPEIYMEIRNSIMKKFHSNPTTQLEEKDLSDLSPSVGDLDAKKEVMEFLDYWGLINYHPFPEPDVIPSVADPDDTEISEKAEK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G413110`
TK1151 ID	TkA04G413110
OH-1004 ID	LXL04_038275
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	94.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G413110

位置 Chr04:104051927-104056149 (+)

描述 Similar to SWI3C: SWI/SNF complex subunit SWI3C

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g34430`	相当于 SWI/SNF 复合体的多蛋白复合体的组成部分，SWI/SNF 复合体是一种 ATP 依赖性染色质重塑复合体，是大量基因的基因表达的正向和负向调节所必需的。	暂无已核实直接文献
`At1g21700`	相当于 SWI/SNF 复合体的多蛋白复合体的组成部分，SWI/SNF 复合体是一种 ATP 依赖性染色质重塑复合体，是大量基因的基因表达的正向和负向调节所必需的。	CHB2, a member of the SWI3 gene family, is a global regulator in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1023/b:plan.0000004305.60407.8b SWI3 subunits of putative SWI/SNF chromatin-remodeling complexes play distinct roles during Arabidopsis development.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.031203

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0183700`	相当于 SWI/SNF 复合体的多蛋白复合体的组成部分，SWI/SNF 复合体是一种 ATP 依赖性染色质重塑复合体，是大量基因的基因表达的正向和负向调节所必需的。	A lamin-like protein OsNMCP1 regulates drought resistance and root growth through chromatin accessibility modulation by interacting with a chromatin remodeller OsSWI3C in rice.2020 · DOI: 10.1111/nph.16518

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038275 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006303 double-strand break repair via nonhomologous end joining 生物过程

GO:0006337 nucleosome disassembly 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006368 transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0045815 transcription initiation-coupled chromatin remodeling 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G21700

ath:AT2G33610

sce:YFR037C

spo:2541851

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.963

排名 1 · TkA04G413110 · TK1151

细胞质0.121

排名 2 · TkA04G413110 · TK1151

细胞膜0.020

排名 3 · TkA04G413110 · TK1151

线粒体0.016

排名 4 · TkA04G413110 · TK1151

内质网0.008

排名 5 · TkA04G413110 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04433SWIRM154-234 aa

PF00569ZZ316-351 aa

PF25299ZZ_ADA2319-350 aa

PF00249Myb_DNA-binding375-417 aa

PF13921Myb_DNA-bind_6377-417 aa

PF16495SWIRM-assoc_1755-833 aa

PF04102SlyX784-842 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G413110	`PF04433`	SWIRM	154	234	2.3e-19	70.1
TkA04G413110	`PF00569`	ZZ	316	351	2.7e-09	37.4
TkA04G413110	`PF25299`	ZZ_ADA2	319	350	0.025	15.4
TkA04G413110	`PF00249`	Myb_DNA-binding	375	417	7.1e-11	42.8
TkA04G413110	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	377	417	1.5e-06	29.0
TkA04G413110	`PF16495`	SWIRM-assoc_1	755	833	2.1e-23	82.8
TkA04G413110	`PF04102`	SlyX	784	842	0.074	14.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VY05`	拟南芥	sp\|Q8VY05\|SWI3D_ARATH SWI/SNF complex subunit SWI3D	42.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9XI07`	拟南芥	sp\|Q9XI07\|SWI3C_ARATH SWI/SNF complex subunit SWI3C	36.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q53KK6`	水稻	sp\|Q53KK6\|SWI3C_ORYSJ SWI/SNF complex subunit SWI3C homolog	31.900%	Swiss-Prot	低置信

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