TkA04G407800 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G407800

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 102512388-102516534 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2377 bp · TkA04G407800|TK1151|cDNA

CGAGAGTCTACAAAAGAAAAACAATTGCTAGGGGTCGAGGTATATGTATGTGTGTAACATTTAAGTTATGTATATATATTTTAAAGGATGATGTCGTAATTTTAATATTTTGTTCTATCATATTCTAGTTTTAGTGTTTTACCAAACATTATATAATTCGTGTGGTCGAATCCAATTTTGTTGAATCCAGTTATGTCATGTCACCAAACGCTATCTAAGTTAAATAAACTCGAGAAAAGGGTGTTATATGTAGCAAGTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1317 bp · TkA04G407800|TK1151|CDS

ATGGGATCTGCATGTTGTGTGGCTGCTAGAGATAGAACCATAACAGATCGATCTGGAAGTAGTGATGTTGTTGTTAGAAATGATAGGTATTCGCCTTCATGGAGCTTTAGATGGGATAACAGAGGGCGTGTAGCAGGTGAAGAATCCTCCATGAATGGTTTCTCTCATGGAGTTGTTACAAATGATAGATTATTGGACAATAAATCTCATGCCACAGAAGAAGGCAGTCCATTGGACAGTTCAAGAAGTCTCACATGGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

438 aa · TkA04G407800|TK1151|PROTEIN

MGSACCVAARDRTITDRSGSSDVVVRNDRYSPSWSFRWDNRGRVAGEESSMNGFSHGVVTNDRLLDNKSHATEEGSPLDSSRSLTWQKSSPSEEIRFHQSDPLNSKNLPAGKESMETPVTLDLSPTKTSTSSLSASPLSSSQGHLPPLSTLTPSRWPRHHHHHNHLRQVSDSRIRGIMSPNFSISEEASPSPSSFIHPGWAPHHHHNKSTRGGSSDLSSDPTTYSDLMAIYNHNNNSNNSNNSKRWSFDSESLSFSRERG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G407800`
TK1151 ID	TkA04G407800
OH-1004 ID	LXL04_001737
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	47.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.630 / OH-1004 55.689 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G407800`
位置	Chr04:102512388-102516534 (-)
描述	Similar to UBP21: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 21
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_001737` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0007283 spermatogenesis 生物过程 GO:0016579 protein deubiquitination 生物过程 GO:0030154 cell differentiation 生物过程 GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0004843 cysteine-type deubiquitinase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT4G17895 ath:AT5G46740 hsa:84132 mmu:76800 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.454

排名 1 · TkA04G407800 · TK1151

细胞核0.370

排名 2 · TkA04G407800 · TK1151

细胞质0.336

排名 3 · TkA04G407800 · TK1151

内质网0.062

排名 4 · TkA04G407800 · TK1151

质体0.035

排名 5 · TkA04G407800 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17120zf-RING_16286-291 aa

PF12678zf-rbx1287-352 aa

PF13639zf-RING_2287-293 aa

PF14634zf-RING_5287-298 aa

PF13923zf-C3HC4_2287-296 aa

PF15227zf-C3HC4_4287-295 aa

PF13445zf-RING_UBOX318-350 aa

PF23555zf-RING_Vps41321-337 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G407800	`PF17120`	zf-RING_16	286	291	0.18	12.1
TkA04G407800	`PF12678`	zf-rbx1	287	352	0.00059	20.7
TkA04G407800	`PF13639`	zf-RING_2	287	293	0.00075	20.4
TkA04G407800	`PF14634`	zf-RING_5	287	298	0.0011	19.6
TkA04G407800	`PF13923`	zf-C3HC4_2	287	296	0.13	12.8
TkA04G407800	`PF15227`	zf-C3HC4_4	287	295	0.25	12.2
TkA04G407800	`PF13445`	zf-RING_UBOX	318	350	0.0019	18.9
TkA04G407800	`PF23555`	zf-RING_Vps41	321	337	0.00039	20.7
TkA04G407800	`PF23412`	zf_RING_Vps8	321	337	0.00049	20.6
TkA04G407800	`PF17123`	zf-RING_11	321	335	0.029	14.8
TkA04G407800	`PF13639`	zf-RING_2	322	352	0.00075	20.4
TkA04G407800	`PF17120`	zf-RING_16	322	338	0.18	12.1
TkA04G407800	`PF23413`	zf_RING_Vps8_fungal	323	352	9.1e-06	25.6
TkA04G407800	`PF14634`	zf-RING_5	323	352	0.0011	19.6
TkA04G407800	`PF00097`	zf-C3HC4	323	352	0.011	16.2
TkA04G407800	`PF13923`	zf-C3HC4_2	323	352	0.13	12.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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