TkA04G403380 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G403380

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 101446193-101448452 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

981 bp · TkA04G403380|TK1151|cDNA

AAATAATTCAACATCGGGCCCCTTTTTTGGTTTGTTAGCATGTCGGCATAACCAAAAATCAACCCTTTTTAAAACACCCTACACTTTCTCTTCATCATCGTCGTCGCCGATCGGTTCATCCATCTGGGGTTTCCGTACATTCTTAATCCGTAACCATGATTTACCTGTTCTTCGCGATTTTATTCGTCGAAATGTTGACGATTCTGTTACTTTTGTTCAAAACCCCACTCCGAAAGCTATTGATTATCGGGTTAGATCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

660 bp · TkA04G403380|TK1151|CDS

ATGATTTACCTGTTCTTCGCGATTTTATTCGTCGAAATGTTGACGATTCTGTTACTTTTGTTCAAAACCCCACTCCGAAAGCTATTGATTATCGGGTTAGATCGTGCGAAACGAGGAACAGCTCCACTGGTTGTAAAATCCGTCGCCGCTACCTTCTTCGTTATCATGATGTACAACGTTTACAGCGTAATGGAAATCAAGAGGCGCCCCGCCGACGTCAATAATCCCACCGATCAAATCATTCTCGCTTACCACATGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

219 aa · TkA04G403380|TK1151|PROTEIN

MIYLFFAILFVEMLTILLLLFKTPLRKLLIIGLDRAKRGTAPLVVKSVAATFFVIMMYNVYSVMEIKRRPADVNNPTDQIILAYHMLEAALMGFSLFLTLMIDRLHHYIRELRMLRKTMETTKKQSRAAEEFKNKGADEVRHLNEEMIKMRNEMKKLETKYSAMEKEVKSAEANSLALKHQSEGFILEYDRLLAENENLKEQLRAIDESLSHSNGKKDT

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G403380`
TK1151 ID	TkA04G403380
OH-1004 ID	LXL04_038179
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G403380`
位置	Chr04:101446193-101448452 (-)
描述	Protein of unknown function
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_038179` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	暂无功能描述
KEGG 基因交叉引用	暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.617

排名 1 · TkA04G403380 · TK1151

细胞核0.183

排名 2 · TkA04G403380 · TK1151

高尔基体0.132

排名 3 · TkA04G403380 · TK1151

细胞质0.114

排名 4 · TkA04G403380 · TK1151

细胞膜0.071

排名 5 · TkA04G403380 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09843DUF20703-153 aa

PF05529Bap314-120 aa

PF21081Methyltrans_Mon_3rd50-119 aa

PF27044HAUS3_CC79-121 aa

PF08602Mgr181-202 aa

PF25966Myo5a89-128 aa

PF17675APG6_N96-213 aa

PF05103DivIVA97-133 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G403380	`PF09843`	DUF2070	3	153	0.0016	17.5
TkA04G403380	`PF05529`	Bap31	4	120	0.54	10.8
TkA04G403380	`PF21081`	Methyltrans_Mon_3rd	50	119	0.068	13.8
TkA04G403380	`PF27044`	HAUS3_CC	79	121	0.97	10.4
TkA04G403380	`PF08602`	Mgr1	81	202	0.015	14.9
TkA04G403380	`PF25966`	Myo5a	89	128	0.44	11.3
TkA04G403380	`PF17675`	APG6_N	96	213	1.5e-06	29.4
TkA04G403380	`PF05103`	DivIVA	97	133	0.059	14.0
TkA04G403380	`PF25450`	Rab11-FIP3	98	165	0.018	16.0
TkA04G403380	`PF27241`	CLIP1	98	215	0.1	13.4
TkA04G403380	`PF04102`	SlyX	101	130	0.00018	22.8
TkA04G403380	`PF01496`	V_ATPase_I	101	199	0.0022	16.7
TkA04G403380	`PF20667`	Sec10_N	101	168	0.0058	17.4
TkA04G403380	`PF06419`	COG6_N	101	160	0.62	10.9
TkA04G403380	`PF04136`	COG3_N	102	167	0.039	14.6
TkA04G403380	`PF09969`	DUF2203	102	174	6.2	8.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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