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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G394230
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 99128347-99129528 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

783 bp · TkA04G394230|TK1151|cDNA

ATGAACGAGTCTTTTATCATCGACTCAGACACACCATCGTGGCCGAGTTTGAAGGAGGTGGAGAAGATCATAGAGTATGAATTCAAAAACAAAGACTTGTTGAAAGAAGCTTTTACTCATAATTCTTACAAAGATGACACTACTTGTCCATCTTATGATCGACTTGAGTACCTTGGTGACTCGTTTTTGAACCTTATGATTGCTAAAGAACACTATTTCATGTACCCAAAGCTGACTTCTGGTGAGTTGACTCGGCTGCG...

CDS

下载 CDS FASTA

783 bp · TkA04G394230|TK1151|CDS

ATGAACGAGTCTTTTATCATCGACTCAGACACACCATCGTGGCCGAGTTTGAAGGAGGTGGAGAAGATCATAGAGTATGAATTCAAAAACAAAGACTTGTTGAAAGAAGCTTTTACTCATAATTCTTACAAAGATGACACTACTTGTCCATCTTATGATCGACTTGAGTACCTTGGTGACTCGTTTTTGAACCTTATGATTGCTAAAGAACACTATTTCATGTACCCAAAGCTGACTTCTGGTGAGTTGACTCGGCTGCG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

260 aa · TkA04G394230|TK1151|PROTEIN

MNESFIIDSDTPSWPSLKEVEKIIEYEFKNKDLLKEAFTHNSYKDDTTCPSYDRLEYLGDSFLNLMIAKEHYFMYPKLTSGELTRLRAANIDTEALGRATFKHGLHRFLRHHDHLFDERIQELMEGIKEYPLHSTGLIHSPKIFADILESLVGAIYVDTNLSVDTTWEVVKNLLQPLVIPENLNLNPVTRLNEMCQKVGIKTEYKDLWVESGEIEIYVSDKLIGRGKNKNKKTIAKNKAAAQAYENLFKQPGLNDESTCF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G394230
TK1151 IDTkA04G394230
OH-1004 IDLXL04_038131
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 96.538 / OH-1004 98.431
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G394230
位置Chr04:99128347-99129528 (-)
描述Similar to Os06g0358800: Ribonuclease 3-like protein 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g20420 裂解双链 RNA 的核糖核酸酶。
Characterization of a ribonuclease III-like protein required for cleavage of the pre-rRNA in the 3'ETS in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1093/nar/gkm1130
An Arabidopsis RNase III-like protein, AtRTL2, cleaves double-stranded RNA in vitro.2011 · DOI: 10.1007/s10265-010-0382-x
At1g01040 核糖核酸酶 III 参与 RNA 介导的转录后基因沉默。
Specific interactions between Dicer-like proteins and HYL1/DRB-family dsRNA-binding proteins in Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1007/s11103-004-6853-5
Partially redundant functions of Arabidopsis DICER-like enzymes and a role for DCL4 in producing trans-acting siRNAs.2005 · DOI: 10.1016/j.cub.2005.07.024
The interaction between DCL1 and HYL1 is important for efficient and precise processing of pri-miRNA in plant microRNA biogenesis.2006 · DOI: 10.1261/rna.2146906
A novel class of bacteria-induced small RNAs in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1101/gad.1595107
The RNA-binding proteins HYL1 and SE promote accurate in vitro processing of pri-miRNA by DCL1.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0803356105
Arabidopsis DRB4, AGO1, AGO7, and RDR6 participate in a DCL4-initiated antiviral RNA silencing pathway negatively regulated by DCL1.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0805760105

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os06g0358800 裂解双链 RNA (dsRNA)。 暂无已核实直接文献
Os03g0121800 参与 RNA 沉默途径。
Loss of function of OsDCL1 affects microRNA accumulation and causes developmental defects in rice.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.063420
Genome-wide analysis for discovery of rice microRNAs reveals natural antisense microRNAs (nat-miRNAs).2008 · DOI: 10.1073/pnas.0708743105
Os10g0485600 可能参与RNA沉默途径。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038131 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000911 cytokinesis by cell plate formation 生物过程
GO:0006364 rRNA processing 生物过程
GO:0006396 RNA processing 生物过程
GO:0009616 RNAi-mediated antiviral immune response 生物过程
GO:0009880 embryonic pattern specification 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程
GO:0010267 ta-siRNA processing 生物过程
GO:0010599 lsiRNA processing 生物过程
GO:0030422 siRNA processing 生物过程
GO:0031053 primary miRNA processing 生物过程
GO:0035196 miRNA processing 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G01040
ath:AT3G20420
dosa:Os03g0121800
dosa:Os05g0271300
dosa:Os06g0358800
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.622
排名 1 · TkA04G394230 · TK1151
细胞核0.522
排名 2 · TkA04G394230 · TK1151
线粒体0.054
排名 3 · TkA04G394230 · TK1151
细胞膜0.037
排名 4 · TkA04G394230 · TK1151
内质网0.028
排名 5 · TkA04G394230 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14622Ribonucleas_3_330-163 aa
PF00636Ribonuclease_353-159 aa
PF11344DUF314695-115 aa
PF11212DUF2999114-163 aa
PF11212DUF2999181-201 aa
PF24799Paxt-1_C184-249 aa
PF00035dsrm187-247 aa
PF00636Ribonuclease_3215-241 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G394230PF14622Ribonucleas_3_3301632.8e-1867.0
TkA04G394230PF00636Ribonuclease_3531598.9e-2278.5
TkA04G394230PF11344DUF3146951150.3111.5
TkA04G394230PF11212DUF29991141630.1113.4
TkA04G394230PF11212DUF29991812010.1113.4
TkA04G394230PF24799Paxt-1_C1842490.09413.0
TkA04G394230PF00035dsrm1872471.4e-0732.7
TkA04G394230PF00636Ribonuclease_32152418.9e-2278.5
TkA04G394230PF03368Dicer_dimer2262550.2112.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LTQ0拟南芥sp|Q9LTQ0|RTL2_ARATH Ribonuclease 3-like protein 240.800%Swiss-Prot中等置信
Q9SP32拟南芥sp|Q9SP32|DCL1_ARATH Endoribonuclease Dicer homolog 135.700%Swiss-Prot中等置信
Q69KJ0水稻sp|Q69KJ0|RTL3_ORYSJ Ribonuclease 3-like protein 342.300%Swiss-Prot中等置信
Q8LMR2水稻sp|Q8LMR2|DCL1_ORYSJ Endoribonuclease Dicer homolog 136.700%Swiss-Prot中等置信
Q7XD96水稻sp|Q7XD96|DCL3B_ORYSJ Endoribonuclease Dicer homolog 3b34.400%Swiss-Prot中等置信

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