TkA04G390030 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G390030

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 98103775-98105342 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

486 bp · TkA04G390030|TK1151|cDNA

ATGGGCGTGAGATTTGATCCAATGTTGGTCCAGCAAGAGCACGACTCCAAACCCCAAAACCCCAAATCATCATCACTGCCAACATCCCTACGCCCAAATCGGTTCTCTCCATCCAAATCCCTTGATTTCTCCACATGGTTCTCCGAAAATCTCTACAAAATCGTCACAATTGGCCTCCTAATCTCAACAGTCGTCGCTCTCTTTTTCCTCCCTAGCTCAAATTTAAATCTCGTTGATGCATTCTACGGAGCATCATCGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

486 bp · TkA04G390030|TK1151|CDS

ATGGGCGTGAGATTTGATCCAATGTTGGTCCAGCAAGAGCACGACTCCAAACCCCAAAACCCCAAATCATCATCACTGCCAACATCCCTACGCCCAAATCGGTTCTCTCCATCCAAATCCCTTGATTTCTCCACATGGTTCTCCGAAAATCTCTACAAAATCGTCACAATTGGCCTCCTAATCTCAACAGTCGTCGCTCTCTTTTTCCTCCCTAGCTCAAATTTAAATCTCGTTGATGCATTCTACGGAGCATCATCGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

161 aa · TkA04G390030|TK1151|PROTEIN

MGVRFDPMLVQQEHDSKPQNPKSSSLPTSLRPNRFSPSKSLDFSTWFSENLYKIVTIGLLISTVVALFFLPSSNLNLVDAFYGASSPVVQLTPSNFKSKVVNSNSVVLVEFFAPWCGHCQALTPTWEKAASVLKGVATVAAIDADANPSIAQVNLLKNHQI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G390030`
TK1151 ID	TkA04G390030
OH-1004 ID	LXL04_038986
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	98.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G390030

位置 Chr04:98103775-98105342 (+)

描述 Similar to PDIL2-2: Protein disulfide-isomerase like 2-2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g04980`	作为蛋白质折叠催化剂，与新生多肽相互作用，催化二硫键的形成、异构化以及还原或氧化。	暂无已核实直接文献
`At2g32920`	作为蛋白质折叠催化剂，与新生多肽相互作用，催化二硫键的形成、异构化以及还原或氧化。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0451500`	作为蛋白质折叠催化剂，与新生多肽相互作用，催化二硫键的形成、异构化以及还原或氧化。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038986 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0034976 response to endoplasmic reticulum stress 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005788 endoplasmic reticulum lumen 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003756 protein disulfide isomerase activity 分子功能

GO:0015035 protein-disulfide reductase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04980

ath:AT2G32920

dosa:Os09g0451500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.557

排名 1 · TkA04G390030 · TK1151

内质网0.215

排名 2 · TkA04G390030 · TK1151

细胞核0.078

排名 3 · TkA04G390030 · TK1151

线粒体0.071

排名 4 · TkA04G390030 · TK1151

细胞质0.056

排名 5 · TkA04G390030 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00085Thioredoxin88-152 aa

PF08534Redoxin90-153 aa

PF20207PedC-like91-130 aa

PF14595Thioredoxin_9101-149 aa

PF13899Thioredoxin_7105-133 aa

PF13905Thioredoxin_8105-136 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G390030	`PF00085`	Thioredoxin	88	152	8.5e-20	71.4
TkA04G390030	`PF08534`	Redoxin	90	153	0.05	14.1
TkA04G390030	`PF20207`	PedC-like	91	130	0.15	12.8
TkA04G390030	`PF14595`	Thioredoxin_9	101	149	0.26	11.9
TkA04G390030	`PF13899`	Thioredoxin_7	105	133	0.052	14.4
TkA04G390030	`PF13905`	Thioredoxin_8	105	136	0.13	13.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9MAU6`	拟南芥	sp\|Q9MAU6\|PDI22_ARATH Protein disulfide-isomerase like 2-2	81.100%	Swiss-Prot	低置信
`O48773`	拟南芥	sp\|O48773\|PDI23_ARATH Protein disulfide-isomerase 2-3	71.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q67UF5`	水稻	sp\|Q67UF5\|PDI23_ORYSJ Protein disulfide isomerase-like 2-3	76.000%	Swiss-Prot	低置信

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