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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G345510
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 87342643-87347336 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2168 bp · TkA04G345510|TK1151|cDNA

CCTATGAACCCTCTTTTTATTTTAAAAAAGAAAAAAAAAACCTCTGATCTCGAACGAGAACCGGGTTACATCAAACCGACCAAATACGCCGGCGGAAAGGCAAGAGAGAGGATGATGATTTTCCGATGCCGGAGCCGGATATCAATCGCTAAAACGTCGACGCTGCTCAGAATGTTTTGTACGGTGGTGGAAGCACCAAATGCTGCCGCCGAGGCTGTGTTGCCGCCACTTAAAGAATCCGCAAATGAAAAGCGGCTATA...

CDS

下载 CDS FASTA

1641 bp · TkA04G345510|TK1151|CDS

ATGAACCCTCTTTTTATTTTAAAAAAGAAAAAAAAAACCTCTGATCTCGAACGAGAACCGGGTTACATCAAACCGACCAAATACGCCGGCGGAAAGGCAAGAGAGAGGATGATGATTTTCCGATGCCGGAGCCGGATATCAATCGCTAAAACGTCGACGCTGCTCAGAATGTTTTGTACGGTGGTGGAAGCACCAAATGCTGCCGCCGAGGCTGTGTTGCCGCCACTTAAAGAATCCGCAAATGAAAAGCGGCTATACAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

546 aa · TkA04G345510|TK1151|PROTEIN

MNPLFILKKKKKTSDLEREPGYIKPTKYAGGKARERMMIFRCRSRISIAKTSTLLRMFCTVVEAPNAAAEAVLPPLKESANEKRLYRRLSALGATGGTVPQTLNQYIREGNFIKKVELERCIRELRRYGKYQHALEVMEWMDKRDINFSNTDMAVRLDLISKVHGVGAAERYFHDLSPHLHNRNTYGALLNCYCKLKMTDKALALFKEIEAKNFTTSLAFNNLMTLYMGLEQPEKVAPLVEEMKKRKIQLSNFTYNIWMH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G345510
TK1151 IDTkA04G345510
OH-1004 IDLXL04_037107
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)96.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G345510
位置Chr04:87342643-87347336 (+)
描述Similar to At1g02370: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g02370, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g02560 在需要 ATP 水解的过程中切割各种蛋白中的肽。 暂无已核实直接文献
At1g02370 含有五重复螺旋蛋白的 At1g02370，位于线粒体。 暂无已核实直接文献
At4g01990 含五十二肽重复序列蛋白At4g01990，线粒体。 暂无已核实直接文献
At5g27460 含五肽重复序列的蛋白 At5g27460。 暂无已核实直接文献
At2g20710 含五重复肽序列蛋白 At2g20710，线粒体型。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037107 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:1902775 mitochondrial large ribosomal subunit assembly 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005840 ribosome 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0140978 mitochondrial large ribosomal subunit binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G02150
ath:AT1G02370
ath:AT1G60770
ath:AT4G01990
ath:AT4G21705
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.838
排名 1 · TkA04G345510 · TK1151
质体0.100
排名 2 · TkA04G345510 · TK1151
细胞核0.063
排名 3 · TkA04G345510 · TK1151
细胞质0.043
排名 4 · TkA04G345510 · TK1151
细胞膜0.013
排名 5 · TkA04G345510 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20431E_motif7-21 aa
PF31234TPR_Psidin_N105-164 aa
PF25064ARM_TT21_5th118-143 aa
PF13041PPR_2125-147 aa
PF17177PPR_long125-162 aa
PF23276TPR_24125-209 aa
PF07719TPR_2125-138 aa
PF01535PPR126-141 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G345510PF20431E_motif7210.003118.4
TkA04G345510PF31234TPR_Psidin_N1051640.004717.1
TkA04G345510PF25064ARM_TT21_5th1181430.1113.5
TkA04G345510PF13041PPR_21251474.1e-2794.7
TkA04G345510PF17177PPR_long1251621.7e-0731.6
TkA04G345510PF23276TPR_241252092.1e-0731.6
TkA04G345510PF07719TPR_21251381.69.8
TkA04G345510PF01535PPR1261411.4e-2588.4
TkA04G345510PF00515TPR_11261360.02814.9
TkA04G345510PF13812PPR_31271465.2e-1040.0
TkA04G345510PF13424TPR_121281370.2912.1
TkA04G345510PF13176TPR_71291380.1313.1
TkA04G345510PF10366Vps39_11742130.2612.3
TkA04G345510PF14559TPR_191752156.4e-0523.9
TkA04G345510PF17177PPR_long1762131.7e-0731.6
TkA04G345510PF13424TPR_121792080.2912.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9S834拟南芥sp|Q9S834|CLPP5_ARATH ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 5, chloroplastic79.200%Swiss-Prot高置信
Q9FZ24拟南芥sp|Q9FZ24|PPR4_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g02370, mitochondrial44.500%Swiss-Prot中等置信
Q93WC5拟南芥sp|Q93WC5|PP300_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g01990, mitochondrial43.300%Swiss-Prot中等置信
Q3E911拟南芥sp|Q3E911|PP400_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g2746030.900%Swiss-Prot中等置信
Q9SKU6拟南芥sp|Q9SKU6|PP166_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g20710, mitochondrial30.600%Swiss-Prot中等置信

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