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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G328600
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 83008531-83012425 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2834 bp · TkA04G328600|TK1151|cDNA

GTTTTCCCGTAAAAAAGCCCTAATTTTCCCCCCTCAACCTTTCAAAAAGATGATACCAAGTTACCAACAATTCAACTTCCGGGCACAAATGGTCGGCGTTCCTTACAATTGGACTCATGTTGCTCGATGTTACGTCCGAGAGCAGTCAATTCATGCATTCCGTAAGTGAGATATTCATCATAAATTCAACGAAGCTTTAGCAATTGATGTCAAAAGCTAGTTTCTAGAGGATTTTCCTCCATGCGTCTTTGATTTTTTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1440 bp · TkA04G328600|TK1151|CDS

ATGGAAACTCCAGCTTCCAAGCGTCCGCTAAGAAAAAAACCCCTCTCTAGAAGCTACGATGAAAACCTAATGGACGATTACCTCGACAAGCAACTCGGTAACACCCCAAGGAAACGGATGAGAACAAAGAAAGAACTCGAAAAAGAAACAGAAAAAGAAGCCATGATCGCCCTTTCTCTAGGGTTCCCCATTGACGCCCTTCTAGAAGAAGAAATCAAAGCCAACGTTGTCTCAGAACTCCACGGAAAACAACAAAACGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

479 aa · TkA04G328600|TK1151|PROTEIN

METPASKRPLRKKPLSRSYDENLMDDYLDKQLGNTPRKRMRTKKELEKETEKEAMIALSLGFPIDALLEEEIKANVVSELHGKQQNDYIVVRNHILSRWRSNVHAWLSKGEIKETVSNEFNHLLHSAYDFLHFNGYINFGVSPSFKPQIPEETTEKSVIIIGAGLAGLAAARQLLSFGFKVIVLEGRNRPGGRVYTQKMGLNLGHNQGQNGNYAMVDLGGSVITGIHANPLGVLARQLSIPLHKIKDECPLYNPEGKPVA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G328600
TK1151 IDTkA04G328600
OH-1004 IDLXL04_037604
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)98.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 97.077 / OH-1004 59.189
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G328600
位置Chr04:83008531-83012425 (-)
描述Similar to LDL2: Lysine-specific histone demethylase 1 homolog 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g13682 可能的组蛋白去甲基化酶，可降低花抑制因子 FLOWERING LOCUS C 和孢子体沉默的花抑制因子 FWA 染色质中组蛋白 H3 'Lys-4' 甲基化水平。
Arabidopsis relatives of the human lysine-specific Demethylase1 repress the expression of FWA and FLOWERING LOCUS C and thus promote the floral transition.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.052373
Arabidopsis histone demethylases LDL1 and LDL2 control primary seed dormancy by regulating DELAY OF GERMINATION 1 and ABA signaling-related genes.2015 · DOI: 10.3389/fpls.2015.00159
At3g10390 可能的组蛋白去甲基化酶，通过抑制花控基因 C (FLC)，一种阻止植物由营养生长转向生殖生长的花抑制因子，促进开花，独立于光周期和春化途径。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os08g0143400 可能的组蛋白去甲基化酶。 暂无已核实直接文献
Os04g0560300 可能的组蛋白去甲基化酶。 暂无已核实直接文献
UniProt: Q01H90 可能的组蛋白去甲基化酶。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037604 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006325 chromatin organization 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程
GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程
GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0046208 spermine catabolic process 生物过程
GO:0048364 root development 生物过程
GO:0048510 regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase 生物过程
GO:1903602 thermospermine catabolic process 生物过程
GO:1904629 response to diterpene 生物过程
GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G62830
ath:AT3G10390
ath:AT3G13682
dosa:Os04g0560300
dosa:Os08g0143400
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.487
排名 1 · TkA04G328600 · TK1151
细胞核0.470
排名 2 · TkA04G328600 · TK1151
线粒体0.110
排名 3 · TkA04G328600 · TK1151
过氧化物酶体0.041
排名 4 · TkA04G328600 · TK1151
细胞膜0.040
排名 5 · TkA04G328600 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13478XdhC_C37-80 aa
PF01593Amino_oxidase64-105 aa
PF04433SWIRM68-139 aa
PF01488Shikimate_DH151-189 aa
PF028262-Hacid_dh_C151-189 aa
PF01946Thi4153-195 aa
PF01262AlaDh_PNT_C155-188 aa
PF21799MurD-like_N156-192 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G328600PF13478XdhC_C37800.3212.3
TkA04G328600PF01593Amino_oxidase641057.5e-43148.1
TkA04G328600PF04433SWIRM681391.2e-1351.8
TkA04G328600PF01488Shikimate_DH1511890.004617.8
TkA04G328600PF028262-Hacid_dh_C1511890.0115.9
TkA04G328600PF01946Thi41531952.4e-0524.4
TkA04G328600PF01262AlaDh_PNT_C1551880.001219.1
TkA04G328600PF21799MurD-like_N1561920.01716.1
TkA04G328600PF07992Pyr_redox_21572074.7e-0730.2
TkA04G328600PF03486HI0933_like1572050.0001122.5
TkA04G328600PF01494FAD_binding_31571880.0006319.8
TkA04G328600PF00070Pyr_redox1572000.01116.9
TkA04G328600PF01266DAO1581923.1e-0627.7
TkA04G328600PF12831FAD_oxidored1582205.4e-0523.4
TkA04G328600PF00890FAD_binding_21581907.4e-0522.8
TkA04G328600PF01134GIDA1581840.00218.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LID0拟南芥sp|Q9LID0|LDL2_ARATH Lysine-specific histone demethylase 1 homolog 265.700%Swiss-Prot高置信
Q9CAE3拟南芥sp|Q9CAE3|FLD_ARATH Protein FLOWERING LOCUS D52.500%Swiss-Prot高置信
Q6YYZ1水稻sp|Q6YYZ1|LDL2_ORYSJ Lysine-specific histone demethylase 1 homolog 251.500%Swiss-Prot高置信
Q7XUR2水稻sp|Q7XUR2|LDL3_ORYSJ Lysine-specific histone demethylase 1 homolog 353.200%Swiss-Prot高置信
Q01H90水稻sp|Q01H90|LDL3_ORYSI Lysine-specific histone demethylase 1 homolog 352.900%Swiss-Prot高置信

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