TkA04G328590 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G328590

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 83004975-83008381 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1448 bp · TkA04G328590|TK1151|cDNA

AACCACACTAAAATAGTAAAATGTCGACGATGACCTCAATGCGCCATTGTGCTCTTCTGTTTTTAACGAACTCCGCAGCTCCATGGCCATGGCGATGCGTATTTCTTCCCAATCCTTATTTTCTTCTCTCAATAATACTACAACAAAAGTTCTTACATATTTTACAACAGTTTTCCATTTTTGCCCTTTTGAAGCAAAACAGATGTTGTTCATCATCCAGCTAGCAAATATTATAAATTTAATGGTATTTATAAAACCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1134 bp · TkA04G328590|TK1151|CDS

ATGGCCATGGCGATGCGTATTTCTTCCCAATCCTTATTTTCTGTAATCAATTCTGAATTCTTCCTCCTTCTCCTTTGCTATGATTCAGTTCTAGTTTCACCTTCTTTTGAATTTTACTGTGAAAACCCTCGTTTAATATATTTTGGGGATGAGCTGAACTTTCCTGGCCCCACTTTGGAAACTGTTGTGAATCCACCTTCAAGTTTATTAAAAGACAGAAAAGTGGTACCTGATTCAGATCCACCAACCACTAAAGATGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

377 aa · TkA04G328590|TK1151|PROTEIN

MAMAMRISSQSLFSVINSEFFLLLLCYDSVLVSPSFEFYCENPRLIYFGDELNFPGPTLETVVNPPSSLLKDRKVVPDSDPPTTKDVDLLYEFFAKSTKLVALTGAGISTECGIPDYRSPNGAYSTGFKPITHQQFTRSSRARRRYWARSYAGWRKFNEAKPSPAHTALSSLEKANRITFMITQNVDRLHHRAGSSPLELHGTVYNVGCVDCGFLFPRELFQEQLKSLNPKWAEAIESLDYDSNSDKSFGMKVRPDGDIE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G328590`
TK1151 ID	TkA04G328590
OH-1004 ID	LXL04_037603
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	89.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G328590

位置 Chr04:83004975-83008381 (+)

描述 Similar to SRT2: NAD-dependent protein deacylase SRT2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g09230`	NAD依赖性蛋白去酰化酶。	Arabidopsis putative deacetylase AtSRT2 regulates basal defense by suppressing PAD4, EDS5 and SID2 expression.2010 · DOI: 10.1093/pcp/pcq087 Histone Deacetylases SRT1 and SRT2 Interact with ENAP1 to Mediate Ethylene-Induced Transcriptional Repression.2018 · DOI: 10.1105/tpc.17.00671

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037603 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006541 glutamine metabolic process 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程

GO:0008340 determination of adult lifespan 生物过程

GO:0009267 cellular response to starvation 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0031348 negative regulation of defense response 生物过程

GO:0034983 peptidyl-lysine deacetylation 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0046322 negative regulation of fatty acid oxidation 生物过程

GO:0046889 positive regulation of lipid biosynthetic process 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G09230

bta:519328

dme:Dmel_CG3187

hsa:23409

mmu:75387

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.587

排名 1 · TkA04G328590 · TK1151

线粒体0.415

排名 2 · TkA04G328590 · TK1151

细胞质0.058

排名 3 · TkA04G328590 · TK1151

细胞核0.048

排名 4 · TkA04G328590 · TK1151

过氧化物酶体0.015

排名 5 · TkA04G328590 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02146SIR243-53 aa

PF02146SIR2105-319 aa

PF13242Hydrolase_like327-353 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G328590	`PF02146`	SIR2	43	53	1.4e-42	146.4
TkA04G328590	`PF02146`	SIR2	105	319	1.4e-42	146.4
TkA04G328590	`PF13242`	Hydrolase_like	327	353	0.23	12.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94AQ6`	拟南芥	sp\|Q94AQ6\|SIR4_ARATH NAD-dependent protein deacylase SRT2	74.300%	Swiss-Prot	高置信

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