TkA04G325090 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G325090

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 82186078-82190719 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2164 bp · TkA04G325090|TK1151|cDNA

CATCTACATTTTTATATGTTGTTTTTTCTTTATCCTCTATCCATAAAACGTAAAATAGAGTGTTACTTCCTTTATAAATTATAAATAGAAGAATGTAAAAATATAGTACGATTATGGTAAAAAAGTTTGTGATGAAAAGTGTCGCTAAAAAGCTTTTAGTTACCATGTGAAGTCCAAACCTCACAACTGAATCTTCCCGGCAAAATCGAATTCGATTCGATGTTCACCAAGTTCATGCTCCGACCACCTTGCTCCGTTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1773 bp · TkA04G325090|TK1151|CDS

ATGTTCACCAAGTTCATGCTCCGACCACCTTGCTCCGTTTCAATTCCTCTCTCTCCGTCTCTTACACCCTTCTTCTCTAACCCCTGCACCGCCATCTCTATCCGTCGTAGTGCCGTCGTCTCCGCTGCAGCTTCCCTTTCTGTGACCCTCGACGAAACTCTCCCTTACGGACCTTCTTTATCCAAAGGCTACCAACCACCCTCTATAGAAACCAAATCGCCACAGCAAGATACCGAAATCTTTTTCGATGAAACTCGGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

590 aa · TkA04G325090|TK1151|PROTEIN

MFTKFMLRPPCSVSIPLSPSLTPFFSNPCTAISIRRSAVVSAAASLSVTLDETLPYGPSLSKGYQPPSIETKSPQQDTEIFFDETRFIRVFDISAIRVSADRCYALESQLRGHLLNWPRIRNIARVPGDEIDAELQKYFNSNDGEHEPLQFLNRRIYGKAEGDGEPLSPVLYRDKLAKTFNSRGFEKFRNLAKLSRPKRTTKKEPSRIRENKSNEYYLLEEVVNIHHDPENAHDLSGLLGDDEYRLGKWKGSTRLLLLDE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G325090`
TK1151 ID	TkA04G325090
OH-1004 ID	LXL04_037572
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G325090

位置 Chr04:82186078-82190719 (-)

描述 Similar to VIT_19s0014g03930: tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g27340`	特异性催化多种胞质及线粒体tRNA第37位鸟苷的N1位甲基化。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037572 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002939 tRNA N1-guanine methylation 生物过程

GO:0070901 mitochondrial tRNA methylation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0008175 tRNA methyltransferase activity 分子功能

GO:0052906 tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G27340

dre:564078

pif:PITG_12867

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.374

排名 1 · TkA04G325090 · TK1151

线粒体0.336

排名 2 · TkA04G325090 · TK1151

细胞核0.173

排名 3 · TkA04G325090 · TK1151

细胞质0.139

排名 4 · TkA04G325090 · TK1151

过氧化物酶体0.046

排名 5 · TkA04G325090 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25133TYW2_N_2299-377 aa

PF13847Methyltransf_31299-337 aa

PF02475TRM5-TYW2_MTfase314-342 aa

PF02475TRM5-TYW2_MTfase381-515 aa

PF05175MTS397-474 aa

PF02086MethyltransfD12408-451 aa

PF03602Cons_hypoth95415-479 aa

PF06325PrmA417-474 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G325090	`PF25133`	TYW2_N_2	299	377	3.6e-21	75.8
TkA04G325090	`PF13847`	Methyltransf_31	299	337	0.24	11.9
TkA04G325090	`PF02475`	TRM5-TYW2_MTfase	314	342	3.8e-30	105.7
TkA04G325090	`PF02475`	TRM5-TYW2_MTfase	381	515	3.8e-30	105.7
TkA04G325090	`PF05175`	MTS	397	474	0.00068	20.0
TkA04G325090	`PF02086`	MethyltransfD12	408	451	0.0087	16.5
TkA04G325090	`PF03602`	Cons_hypoth95	415	479	0.01	16.2
TkA04G325090	`PF06325`	PrmA	417	474	6.1e-05	23.4
TkA04G325090	`PF13847`	Methyltransf_31	417	465	0.24	11.9
TkA04G325090	`PF09445`	Methyltransf_15	419	505	0.01	16.2
TkA04G325090	`PF02005`	TRM	420	479	6e-05	23.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6NQ64`	拟南芥	sp\|Q6NQ64\|TRM52_ARATH tRNA (guanine(37)-N(1))-methyltransferase 2	61.600%	Swiss-Prot	高置信

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