TkA04G320310 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G320310

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 80919749-80922156 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1976 bp · TkA04G320310|TK1151|cDNA

CTAACATATCACCATCGATGTCATCATCCCATATAGAGGCTTTGGACGATCTCCAAACAACTCTCCTTCCTCCGGACGAAGCCCTAACCGAAGACGACTATGATCAACTGCCAGTCGAACGACTCTGTGTCGACGAAATGTTAACCAAATATTGCGGCGAGTTTGGGTTTTGGCAACTCAAACATTTCATCCTTACGTGCATGGCTTGGGCTCTCCAAGCCCTTCACACGATGGTTATGATTTTTGCTGACCGTGAACAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1614 bp · TkA04G320310|TK1151|CDS

ATGTCATCATCCCATATAGAGGCTTTGGACGATCTCCAAACAACTCTCCTTCCTCCGGACGAAGCCCTAACCGAAGACGACTATGATCAACTGCCAGTCGAACGACTCTGTGTCGACGAAATGTTAACCAAATATTGCGGCGAGTTTGGGTTTTGGCAACTCAAACATTTCATCCTTACGTGCATGGCTTGGGCTCTCCAAGCCCTTCACACGATGGTTATGATTTTTGCTGACCGTGAACAAAGTTGGACATGTGTACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

537 aa · TkA04G320310|TK1151|PROTEIN

MSSSHIEALDDLQTTLLPPDEALTEDDYDQLPVERLCVDEMLTKYCGEFGFWQLKHFILTCMAWALQALHTMVMIFADREQSWTCVPDSGCVSGVDKSVCGTDQPGSWRWDDGEGWSTVAEWGLVCGEKYKVGLVQALYFCGCMIGAGIFGHLSDSKLGRKGSLTIVCILSFVFGIMTSISPNYWTYVLLRLLTGFSTGGIGICAFVLTTEPVGPTKRGIIGTSTYYFYSVGIALLCGIAYIFRSWRSLYIASSIPSIIF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G320310`
TK1151 ID	TkA04G320310
OH-1004 ID	LXL04_016407
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	68.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.765 / OH-1004 97.925 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G320310

位置 Chr04:80919749-80922156 (+)

描述 Similar to OCT4: Organic cation/carnitine transporter 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g20660`	高亲和力肉碱转运蛋白，参与细胞主动吸收肉碱。	暂无已核实直接文献
`At1g73220`	高亲和力肉碱转运蛋白，参与细胞主动吸收肉碱。	暂无已核实直接文献
`At1g79360`	高亲和力肉碱转运蛋白，参与细胞主动吸收肉碱。	暂无已核实直接文献
`At1g79410`	高亲和力肉碱转运蛋白，参与细胞主动吸收肉碱。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016407 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006811 monoatomic ion transport 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0015839 cadaverine transport 生物过程

GO:0042631 cellular response to water deprivation 生物过程

GO:0070417 cellular response to cold 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009705 plant-type vacuole membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0015226 carnitine transmembrane transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G16390

ath:AT1G73220

ath:AT1G79360

ath:AT3G20660

xla:379308

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.437

排名 1 · TkA04G320310 · TK1151

溶酶体／液泡0.203

排名 2 · TkA04G320310 · TK1151

内质网0.138

排名 3 · TkA04G320310 · TK1151

细胞质0.110

排名 4 · TkA04G320310 · TK1151

高尔基体0.078

排名 5 · TkA04G320310 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10112Halogen_Hydrol7-34 aa

PF06993DUF1304122-160 aa

PF00083Sugar_tr129-521 aa

PF07690MFS_1132-320 aa

PF06692MNSV_P7B161-188 aa

PF06993DUF1304229-260 aa

PF07690MFS_1363-513 aa

PF06993DUF1304431-480 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G320310	`PF10112`	Halogen_Hydrol	7	34	0.2	12.4
TkA04G320310	`PF06993`	DUF1304	122	160	0.014	16.1
TkA04G320310	`PF00083`	Sugar_tr	129	521	2.7e-36	126.2
TkA04G320310	`PF07690`	MFS_1	132	320	3.2e-17	63.2
TkA04G320310	`PF06692`	MNSV_P7B	161	188	0.048	14.4
TkA04G320310	`PF06993`	DUF1304	229	260	0.014	16.1
TkA04G320310	`PF07690`	MFS_1	363	513	3.2e-17	63.2
TkA04G320310	`PF06993`	DUF1304	431	480	0.014	16.1
TkA04G320310	`PF10112`	Halogen_Hydrol	438	463	0.2	12.4
TkA04G320310	`PF10112`	Halogen_Hydrol	478	531	0.2	12.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LHQ6`	拟南芥	sp\|Q9LHQ6\|OCT4_ARATH Organic cation/carnitine transporter 4	61.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9CAT6`	拟南芥	sp\|Q9CAT6\|OCT1_ARATH Organic cation/carnitine transporter 1	34.200%	Swiss-Prot	中等置信
`O64515`	拟南芥	sp\|O64515\|OCT2_ARATH Organic cation/carnitine transporter 2	30.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SAK7`	拟南芥	sp\|Q9SAK7\|OCT5_ARATH Organic cation/carnitine transporter 5	30.200%	Swiss-Prot	中等置信

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