基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
TkA04G271800
当前版本: TK1151
染色体: Chr04
坐标: 68665339-68674067
链方向: +
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA4890 bp · TkA04G271800|TK1151|cDNA
ATGCCTTTGCTACCCGTGGCTAAAACCATATACCAATTCAAAACTTCAACCCCGTTCTCAACCATGCATCTTTTTGGGTTACTCATCCTCCAAGTCTGCATACAAGTGTTTGATTCCAAAACCCGTCGCCTTTATCACTCCAGACATGTGCAATTTGTGGAAAATCAATTTCCACTAAAAGATTCTCCATCCATACCAACACAATTACCACAGTGGACCCATTTCTTTTTCCAACTTGCTCACGTGAGTCCTCTTTCAAC...
CDS
下载 CDS FASTA4890 bp · TkA04G271800|TK1151|CDS
ATGCCTTTGCTACCCGTGGCTAAAACCATATACCAATTCAAAACTTCAACCCCGTTCTCAACCATGCATCTTTTTGGGTTACTCATCCTCCAAGTCTGCATACAAGTGTTTGATTCCAAAACCCGTCGCCTTTATCACTCCAGACATGTGCAATTTGTGGAAAATCAATTTCCACTAAAAGATTCTCCATCCATACCAACACAATTACCACAGTGGACCCATTTCTTTTTCCAACTTGCTCACGTGAGTCCTCTTTCAAC...
1629 aa · TkA04G271800|TK1151|PROTEIN
MPLLPVAKTIYQFKTSTPFSTMHLFGLLILQVCIQVFDSKTRRLYHSRHVQFVENQFPLKDSPSIPTQLPQWTHFFFQLAHVSPLSTQPIVHPHSFTTHTLTSFILHHIPPSPTHASNTSPTPTTPSSDALPISPSPMQTSPSPTPPMQTSPSPTPSPPPPDPLPKRSRKQNPKYYNSSFVNHTTYIPFHRHSTPLRTHKLPKIPQWRKAMDDEYNALIHNHTWELFLVTPVKQSVVNGCFVSNVTRMAQLQNIKRGGHN...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | TkA04G271800 |
|---|---|
| TK1151 ID | TkA04G271800 |
| OH-1004 ID | LXL04_022811 |
| 关系 / 置信度 | 跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系 |
| 蛋白一致性 (%) | 55.500 |
| 蛋白覆盖度 (%) | TK1151 71.823 / OH-1004 93.857覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。 |
| 版本 | TK1151 / GWHBCHF00000000 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | TkA04G271800 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr04:68665339-68674067 (+) | |||||||||
| 描述 | Similar to Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 | |||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | |||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0015074 DNA integration 生物过程 GO:0071897 DNA biosynthetic process 生物过程 GO:0042575 DNA polymerase complex 细胞组分 GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能 GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能 GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能 GO:0004519 endonuclease activity 分子功能 GO:0005524 ATP binding 分子功能 GO:0008270 zinc ion binding 分子功能 | |||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | 暂无功能描述 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞核0.473
细胞质0.460
线粒体0.102
过氧化物酶体0.038
细胞膜0.035
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF25597SH3_retrovirus35-62 aaPF14223Retrotran_gag_2506-598 aaPF00098zf-CCHC662-678 aaPF13696zf-CCHC_2662-678 aaPF13976gag_pre-integrs744-797 aaPF00665rve815-911 aaPF29688TnsB_C874-930 aaPF13683rve_3901-936 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| TkA04G271800 | PF25597 | SH3_retrovirus | 35 | 62 | 7.1e-20 | 71.3 |
| TkA04G271800 | PF14223 | Retrotran_gag_2 | 506 | 598 | 1.3e-07 | 32.2 |
| TkA04G271800 | PF00098 | zf-CCHC | 662 | 678 | 5.9e-05 | 23.7 |
| TkA04G271800 | PF13696 | zf-CCHC_2 | 662 | 678 | 0.02 | 15.4 |
| TkA04G271800 | PF13976 | gag_pre-integrs | 744 | 797 | 1.8e-13 | 50.8 |
| TkA04G271800 | PF00665 | rve | 815 | 911 | 2.6e-11 | 44.4 |
| TkA04G271800 | PF29688 | TnsB_C | 874 | 930 | 0.0011 | 19.5 |
| TkA04G271800 | PF13683 | rve_3 | 901 | 936 | 0.029 | 14.9 |
| TkA04G271800 | PF25597 | SH3_retrovirus | 984 | 1042 | 7.1e-20 | 71.3 |
| TkA04G271800 | PF07727 | RVT_2 | 1134 | 1378 | 2.7e-76 | 257.1 |
| TkA04G271800 | PF00665 | rve | 1211 | 1218 | 2.6e-11 | 44.4 |
| TkA04G271800 | PF00665 | rve | 1521 | 1547 | 2.6e-11 | 44.4 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。