TkA04G262860 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G262860

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 66469993-66474801 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1530 bp · TkA04G262860|TK1151|cDNA

TGGTTTGTCCTTGATTATTTGGACTTGAAATCATGACATGTTTTGTTTTTTTAATTCGTGTGGTAGATCATGTCACATGACCTGGATGATGATGCTGATTACATGGCTGATGAACATGAAGTAGAAGATGTAGAAAATCATATTAGTGATGATTTACATGGTGCAGATGATGCAGGTGGTTCAGACTCAGAAATTGATGAACAATATCATATGAATTATAAGTCAGGAGATACATATGCTGCTCAGGCAAGAAGGAAAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1173 bp · TkA04G262860|TK1151|CDS

ATGTCACATGACCTGGATGATGATGCTGATTACATGGCTGATGAACATGAAGTAGAAGATGTAGAAAATCATATTAGTGATGATTTACATGGTGCAGATGATGCAGGTGGTTCAGACTCAGAAATTGATGAACAATATCATATGAATTATAAGTCAGGAGATACATATGCTGCTCAGGCAAGAAGGAAAGGAAAGGACATTCAAGGTATTCCATGGGAGAGGCTGAGTATTACCAGGGAACAGTATAGACAAACTAGGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

390 aa · TkA04G262860|TK1151|PROTEIN

MSHDLDDDADYMADEHEVEDVENHISDDLHGADDAGGSDSEIDEQYHMNYKSGDTYAAQARRKGKDIQGIPWERLSITREQYRQTRLEQYKNYENVPLSGETSQKQCKDTNKGGSFYEFRSNSRSVKSTILHFQLRNLVWATSKHDVYYMSHFSVLHWSSLTCKNSSVLNVAGHVAPHEKHPGSLLEGFNQTQVSTLAVKDNLLVAGGFQGELICKYLDRPGVCYCSRASYDDNAITNAVDIYTTTSGAVHFTASNNDCG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G262860`
TK1151 ID	TkA04G262860
OH-1004 ID	LXL04_033212
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	66.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.462 / OH-1004 85.294 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G262860`
位置	Chr04:66469993-66474801 (-)
描述	Similar to SPBC2A9.03: Uncharacterized WD repeat-containing protein C2A9.03 (Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_033212` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0043531 ADP binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ana:alr2800 spo:2540276 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.713

排名 1 · TkA04G262860 · TK1151

细胞质0.425

排名 2 · TkA04G262860 · TK1151

线粒体0.033

排名 3 · TkA04G262860 · TK1151

细胞膜0.030

排名 4 · TkA04G262860 · TK1151

溶酶体／液泡0.028

排名 5 · TkA04G262860 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21029RMC1_N51-72 aa

PF25175Beta-prop_WDR5108-139 aa

PF21514FimA-like_C115-163 aa

PF23414Beta-prop_EML_2119-163 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz123-194 aa

PF29037DSE1_N184-215 aa

PF24805EIF3I190-342 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz190-229 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G262860	`PF21029`	RMC1_N	51	72	0.046	14.5
TkA04G262860	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	108	139	7.9e-13	49.0
TkA04G262860	`PF21514`	FimA-like_C	115	163	0.26	11.6
TkA04G262860	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	119	163	5.9e-11	43.0
TkA04G262860	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	123	194	5.2e-09	36.5
TkA04G262860	`PF29037`	DSE1_N	184	215	0.00031	20.7
TkA04G262860	`PF24805`	EIF3I	190	342	1.6e-09	38.1
TkA04G262860	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	190	229	5.2e-09	36.5
TkA04G262860	`PF01344`	Kelch_1	194	218	0.19	12.0
TkA04G262860	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	199	213	0.00078	19.4
TkA04G262860	`PF24814`	WD40_Prp19	200	389	1.5e-16	61.0
TkA04G262860	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	228	382	6.9e-09	36.1
TkA04G262860	`PF21514`	FimA-like_C	228	257	0.26	11.6
TkA04G262860	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	244	352	4.3e-07	30.1
TkA04G262860	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	251	381	5.9e-11	43.0
TkA04G262860	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	251	381	1.1e-05	25.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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