TkA04G199410 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G199410

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 51323355-51329104 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4462 bp · TkA04G199410|TK1151|cDNA

GGAACGGGCGTGAAGACAACTGAGGGAGACGCAGTCCATCATTTCGTGCATTAAATGCAAGGCTTTAAAGAAAAAGCCCGAAATACCCTCACACGCGCAGCACATGCTTTCACTTAACGGCTCATGTCGCACGGAGTTAGGCGGAGAGACCATTCATCAAAAGTTTGTTAAAGCACAATGACAATTTATAAAATTAAAAAAAGGTAGAAACTGAACTTGATATTTTGAGATCCCACATAGACAATTTATGAAGTTCTTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

3597 bp · TkA04G199410|TK1151|CDS

ATGGAAGACGCAGGACCAAGCTCCAAGGAGAAGCCGTCAAATGGATCTGTACATGTCGACATAGATGAAGAAGATGATGATGATGATATGATGGACGCACCATCAGTTAGGGATTTCGATGAGTCCTTCTTAAAGAGCTTCTGTAGAAGGGCATCCTCGTCCTTTTTCAAACACTATGGTCTTATAAGTCATCAGATCAACTCATATGACGACTTCATCAAAGTAGGAATCCAGAATGTTTTCGACTCCATTGGTGAGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1198 aa · TkA04G199410|TK1151|PROTEIN

MEDAGPSSKEKPSNGSVHVDIDEEDDDDDMMDAPSVRDFDESFLKSFCRRASSSFFKHYGLISHQINSYDDFIKVGIQNVFDSIGEIIVEPGYDPSKKGENEWRYASIKFGKVTLERPRFYTGDKSESGNKFLDFLPRHARLQNMTYSSRMKVQFTKEVYIQELVRSDKFKTGKEKYIDKKILETEEREVYIGRIPVMVNSDTCWMSGPDRKDDCDYDQGGYFIIKGAEKTFIAQEQLGLNRLWLANSPNWRVMYRAAHK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G199410`
TK1151 ID	TkA04G199410
OH-1004 ID	LXL04_034820
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G199410

位置 Chr04:51323355-51329104 (-)

描述 Similar to NRPD2: DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g23780`	DNA 依赖性 RNA 聚合酶使用四种核糖核苷三磷酸作为底物催化 DNA 转录为 RNA。	Atypical RNA polymerase subunits required for RNA-directed DNA methylation.2005 · DOI: 10.1038/ng1580 Reinforcement of silencing at transposons and highly repeated sequences requires the concerted action of two distinct RNA polymerases IV in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1101/gad.348405 Transcriptional silencing induced by Arabidopsis T-DNA mutants is associated with 35S promoter siRNAs and requires genes involved in siRNA-mediated chromatin silencing.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04358.x
`At3g18090`	DNA 依赖性 RNA 聚合酶使用四种核糖核苷三磷酸作为底物催化 DNA 转录为 RNA。	暂无已核实直接文献
`At4g21710`	DNA 依赖性 RNA 聚合酶使用四种核糖核苷三磷酸作为底物催化 DNA 转录为 RNA。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034820 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006354 DNA-templated transcription elongation 生物过程

GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006367 transcription initiation at RNA polymerase II promoter 生物过程

GO:0030422 siRNA processing 生物过程

GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程

GO:0031507 heterochromatin formation 生物过程

GO:0035194 regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing 生物过程

GO:0035196 miRNA processing 生物过程

GO:0050776 regulation of immune response 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程

GO:0141007 transposable element silencing by siRNA-mediated heterochromatin formation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G18090

ath:AT3G23780

ath:AT4G21710

ddi:DDB_G0288257

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.958

排名 1 · TkA04G199410 · TK1151

细胞质0.062

排名 2 · TkA04G199410 · TK1151

细胞膜0.023

排名 3 · TkA04G199410 · TK1151

内质网0.013

排名 4 · TkA04G199410 · TK1151

质体0.012

排名 5 · TkA04G199410 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04563RNA_pol_Rpb2_160-457 aa

PF04561RNA_pol_Rpb2_2292-423 aa

PF04565RNA_pol_Rpb2_3499-560 aa

PF04566RNA_pol_Rpb2_4504-518 aa

PF04560RNA_pol_Rpb2_7573-600 aa

PF04566RNA_pol_Rpb2_4596-657 aa

PF04567RNA_pol_Rpb2_5672-715 aa

PF00562RNA_pol_Rpb2_6724-1095 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G199410	`PF04563`	RNA_pol_Rpb2_1	60	457	1.9e-34	119.7
TkA04G199410	`PF04561`	RNA_pol_Rpb2_2	292	423	3.3e-11	43.9
TkA04G199410	`PF04565`	RNA_pol_Rpb2_3	499	560	7.9e-15	55.5
TkA04G199410	`PF04566`	RNA_pol_Rpb2_4	504	518	8.1e-21	74.6
TkA04G199410	`PF04560`	RNA_pol_Rpb2_7	573	600	2.6e-27	95.8
TkA04G199410	`PF04566`	RNA_pol_Rpb2_4	596	657	8.1e-21	74.6
TkA04G199410	`PF04567`	RNA_pol_Rpb2_5	672	715	5.2e-07	31.1
TkA04G199410	`PF00562`	RNA_pol_Rpb2_6	724	1095	7.5e-108	361.7
TkA04G199410	`PF04563`	RNA_pol_Rpb2_1	839	867	1.9e-34	119.7
TkA04G199410	`PF04560`	RNA_pol_Rpb2_7	1097	1194	2.6e-27	95.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LK40`	拟南芥	sp\|Q9LK40\|NRPD2_ARATH DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 2	64.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LV32`	拟南芥	sp\|Q9LV32\|RPD2B_ARATH DNA-directed RNA polymerase D subunit 2b	60.800%	Swiss-Prot	高置信
`P38420`	拟南芥	sp\|P38420\|NRPB2_ARATH DNA-directed RNA polymerase II subunit 2	34.300%	Swiss-Prot	中等置信

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