TkA04G199400 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G199400

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 51320466-51321651 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1155 bp · TkA04G199400|TK1151|cDNA

ATGGTGGTGCACAACCGCAGGGACGAAACACGTAGTTTGTCCCAAACCTCAGGGTCTATTTCCTACAATGAGCCAAACATTAATGGGACAACGCTCTTCTCGCCATCATCCTACCCACTTTCTATAAATCAAGATTCAACACCACTCCATCTGTCTCCGTCGTCATCAACCACCGTGAAAATGGTACATCCGATTGCAGAGGCCAACGAAACAAGCCCCTTCGGAAAACTTACACCGGATGAATTCTACGCCCGTCACTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1155 bp · TkA04G199400|TK1151|CDS

ATGGTGGTGCACAACCGCAGGGACGAAACACGTAGTTTGTCCCAAACCTCAGGGTCTATTTCCTACAATGAGCCAAACATTAATGGGACAACGCTCTTCTCGCCATCATCCTACCCACTTTCTATAAATCAAGATTCAACACCACTCCATCTGTCTCCGTCGTCATCAACCACCGTGAAAATGGTACATCCGATTGCAGAGGCCAACGAAACAAGCCCCTTCGGAAAACTTACACCGGATGAATTCTACGCCCGTCACTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

384 aa · TkA04G199400|TK1151|PROTEIN

MVVHNRRDETRSLSQTSGSISYNEPNINGTTLFSPSSYPLSINQDSTPLHLSPSSSTTVKMVHPIAEANETSPFGKLTPDEFYARHSITHSTDYITNPRGLKLFTQSWTPLPPTKIIGVICVVHGYTGESSWFVQLTSVHLAKAGFLVCAIDHQGHGFSDGLKLHIPDINPVVDDCISFFNSFREKHAPSLPSFLYSESLGGAIALLITLRGAGAGKPFNGLVLNGAMCGISDKYKPPWPLEHFLSIAAALIPTWCVVPT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G199400`
TK1151 ID	TkA04G199400
OH-1004 ID	LXL04_039668
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	96.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G199400

位置 Chr04:51320466-51321651 (+)

描述 Similar to CSE: Caffeoylshikimate esterase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g52760`	酯酶参与木质素的生物合成。	Acyl-CoA-binding protein 2 binds lysophospholipase 2 and lysoPC to promote tolerance to cadmium-induced oxidative stress in transgenic Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04209.x A bifunctional enzyme that has both monoacylglycerol acyltransferase and acyl hydrolase activities.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.202135

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039668 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006629 lipid metabolic process 生物过程

GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009809 lignin biosynthetic process 生物过程

GO:0009966 regulation of signal transduction 生物过程

GO:0010043 response to zinc ion 生物过程

GO:0016042 lipid catabolic process 生物过程

GO:0019369 arachidonate metabolic process 生物过程

GO:0019433 triglyceride catabolic process 生物过程

GO:0042542 response to hydrogen peroxide 生物过程

GO:0045471 response to ethanol 生物过程

GO:0045907 positive regulation of vasoconstriction 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G52760

hsa:11343

mmu:23945

msg:MSMEI_0213

msm:MSMEG_0220

rno:29254

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.356

排名 1 · TkA04G199400 · TK1151

过氧化物酶体0.172

排名 2 · TkA04G199400 · TK1151

内质网0.170

排名 3 · TkA04G199400 · TK1151

细胞核0.153

排名 4 · TkA04G199400 · TK1151

线粒体0.126

排名 5 · TkA04G199400 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02129Peptidase_S15100-161 aa

PF12740PETase113-153 aa

PF12146Hydrolase_4117-360 aa

PF01738DLH118-150 aa

PF00561Abhydrolase_1119-235 aa

PF12697Abhydrolase_6123-358 aa

PF00326Peptidase_S9139-157 aa

PF00326Peptidase_S9298-376 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G199400	`PF02129`	Peptidase_S15	100	161	0.098	13.1
TkA04G199400	`PF12740`	PETase	113	153	0.043	14.0
TkA04G199400	`PF12146`	Hydrolase_4	117	360	1e-56	192.7
TkA04G199400	`PF01738`	DLH	118	150	0.077	13.3
TkA04G199400	`PF00561`	Abhydrolase_1	119	235	2.2e-07	31.5
TkA04G199400	`PF12697`	Abhydrolase_6	123	358	9.1e-08	33.7
TkA04G199400	`PF00326`	Peptidase_S9	139	157	0.095	12.9
TkA04G199400	`PF00326`	Peptidase_S9	298	376	0.095	12.9
TkA04G199400	`PF00561`	Abhydrolase_1	302	330	2.2e-07	31.5
TkA04G199400	`PF02129`	Peptidase_S15	302	342	0.098	13.1
TkA04G199400	`PF12740`	PETase	303	340	0.043	14.0
TkA04G199400	`PF01738`	DLH	306	375	0.077	13.3
TkA04G199400	`PF02129`	Peptidase_S15	368	377	0.098	13.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C942`	拟南芥	sp\|Q9C942\|CSE_ARATH Caffeoylshikimate esterase	34.400%	Swiss-Prot	中等置信

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