RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G193710
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 49963678-49966550 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1692 bp · TkA04G193710|TK1151|cDNA

AAAAACCTTCCGTATTAGTAAAGATGGGGATCTTGGTTGGTACTTGGCACTTGGTTTGGTCATCTCTTTCGTAGTCACTCGTTAGGGTTTACAATCTAAAATACGAGTCTGCTGAATTCTCGGAGTATTCATTACTCACGAAGCATCAGGAAAGAAAACATATCACATACCATATCAAAACCTTATGAATTTTGATTGAAATGGAAAACACGGAACAATCGATCTCATCAACCGCCACCCGTACATGGCACGACTTTCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1143 bp · TkA04G193710|TK1151|CDS

ATGGAAAACACGGAACAATCGATCTCATCAACCGCCACCCGTACATGGCACGACTTTCTAGAACGTATGCGACAACCATCCGCTTCAGAATTCGTCAAAACCATCAAACACTTCATACTCTCATTCTCAAAAACCGACAATCCAAACCCCGAAAAAGAAAGTGAATCTGTACAAGCCTTATTTGCAAACATGGACTCCGCTTTCCGGGCCCACCCTCTATGGGCGGGCCGTACAGAAGAAGAACTAGAAAACACAAGTGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

380 aa · TkA04G193710|TK1151|PROTEIN

MENTEQSISSTATRTWHDFLERMRQPSASEFVKTIKHFILSFSKTDNPNPEKESESVQALFANMDSAFRAHPLWAGRTEEELENTSEGLEKYIMTKLHPRVFASHPDDITTDNKLYNKSLLIQKFIEPKHLDIKPKYLNETSWELAQKELKKINGYKAPRDKLACILNCCKVISTSLGSERPPGADEFLPVLIYVTIKANPVQLHSNLVYIERFRNRLRLVGEAEYLFTNMLSAESFILNIDGKALSMDESEFEKKMEYA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G193710
TK1151 IDTkA04G193710
OH-1004 IDLXL04_012505
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)61.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 86.053 / OH-1004 99.713
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G193710
位置Chr04:49963678-49966550 (+)
描述Similar to VPS9A: Vacuolar protein sorting-associated protein 9A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g19770 充当 Rab 小 GTP 酶的鸟嘌呤核苷酸交换因子。
VPS9a, the common activator for two distinct types of Rab5 GTPases, is essential for the development of Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.053876
GDP-bound and nucleotide-free intermediates of the guanine nucleotide exchange in the Rab5·Vps9 system.2010 · DOI: 10.1074/jbc.m110.152132

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0262900 充当 Rab 小 GTP 酶的鸟嘌呤核苷酸交换因子 (GEF)。
OsVPS9A functions cooperatively with OsRAB5A to regulate post-Golgi dense vesicle-mediated storage protein trafficking to the protein storage vacuole in rice endosperm cells.2013 · DOI: 10.1093/mp/sst081
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012505 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000919 cell plate assembly 生物过程
GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程
GO:0006897 endocytosis 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程
GO:0042546 cell wall biogenesis 生物过程
GO:0045324 late endosome to vacuole transport 生物过程
GO:0048528 post-embryonic root development 生物过程
GO:0051223 regulation of protein transport 生物过程
GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005768 endosome 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G19770
dosa:Os03g0262900
hsa:26130
spo:2540886
xla:100037133
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.739
排名 1 · TkA04G193710 · TK1151
细胞核0.226
排名 2 · TkA04G193710 · TK1151
高尔基体0.125
排名 3 · TkA04G193710 · TK1151
细胞膜0.061
排名 4 · TkA04G193710 · TK1151
溶酶体／液泡0.058
排名 5 · TkA04G193710 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18151DUF560118-28 aa
PF18151DUF560133-98 aa
PF02204VPS9114-138 aa
PF02204VPS9143-242 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G193710PF18151DUF560118289.5e-1348.8
TkA04G193710PF18151DUF560133989.5e-1348.8
TkA04G193710PF02204VPS91141387.2e-31107.4
TkA04G193710PF02204VPS91432427.2e-31107.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LT31拟南芥sp|Q9LT31|VPS9A_ARATH Vacuolar protein sorting-associated protein 9A51.800%Swiss-Prot高置信
Q10NQ3水稻sp|Q10NQ3|VPS9A_ORYSJ Vacuolar protein sorting-associated protein 9A51.600%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看