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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G188950
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 48706607-48708814 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1343 bp · TkA04G188950|TK1151|cDNA

GTCTCCTCAAATTTTGATGCCTCCCTCTTCTCCATCTCAATTTGATTCATCAGAAACAAACCCAAATCGAGGAGATAGATCGTGAATGAGACAAGAAACGGCCCGAATTAAACAAGAAACGAATGCAAAACGCTTCTCGATCATGAATCCAATTCGATACATGCTACGCGAACAGAGGATCCCATGTCTGCTGATCGGAATCGCCATTCCAGCTCTGCTGTTCAACGTTTCTATTCCCTTACCTTCACCGCTGCAAGTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

918 bp · TkA04G188950|TK1151|CDS

ATGAGGTTCATGCCAAAGGATCGTATAACATTAATATTGGAGGAAGAATCCCATTGGGTTAAAGACAAAAGCCAAAGGGTTCTGGTTACAGGTGGGGCTGGGTTTGTGGGAAGCCATCTGGTGGATCGTCTGTTAGCACGCGGTGATAGTGTAATCGTAGTTGATAACTTTTTCACAGGAAGAAAAGACAACCTGCTGCATCATCTTCGAAACCCAAGGGATCACAAGACTAACGTGGTGGGAACGTTAAATATGCTTGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

305 aa · TkA04G188950|TK1151|PROTEIN

MRFMPKDRITLILEEESHWVKDKSQRVLVTGGAGFVGSHLVDRLLARGDSVIVVDNFFTGRKDNLLHHLRNPRDHKTNVVGTLNMLGLAKRINARFLLTSTSEVYGDPLEHPQVETYWGNVNPIGVRSCYDEGKRVAETLTMDYHRGLNIEVRIARIFNTYGPRMCLDDGRVVSNFVAQALRKEPMTVYGDGLQTRSFQYVSDLVEGLMRLMEGEHVGPFNLGNPSEFTMLELAKVVQETIDPNARIEFRPNTEDDPHKR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G188950
TK1151 IDTkA04G188950
OH-1004 IDLXL04_029886
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)88.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 93.770 / OH-1004 76.555
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G188950
位置Chr04:48706607-48708814 (+)
描述Similar to UXS2: UDP-glucuronic acid decarboxylase 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g62830 催化 UDP-葡萄糖醛酸向 UDP-木糖的 NAD 依赖性脱羧。
Biosynthesis of UDP-xylose: characterization of membrane-bound AtUxs2.2005 · DOI: 10.1007/s00425-004-1471-7
At2g47650 催化 UDP-葡萄糖醛酸向 UDP-木糖的 NAD 依赖性脱羧。 暂无已核实直接文献
At3g53520 催化 UDP-葡萄糖醛酸向 UDP-木糖的 NAD 依赖性脱羧。 暂无已核实直接文献
At2g28760 催化 UDP-葡萄糖醛酸向 UDP-木糖的 NAD 依赖性脱羧。 暂无已核实直接文献
At3g46440 催化 UDP-葡萄糖醛酸向 UDP-木糖的 NAD 依赖性脱羧。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029886 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0019305 dTDP-rhamnose biosynthetic process 生物过程
GO:0033320 UDP-D-xylose biosynthetic process 生物过程
GO:0042732 D-xylose metabolic process 生物过程
GO:0045492 xylan biosynthetic process 生物过程
GO:0000138 Golgi trans cisterna 细胞组分
GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分
GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005768 endosome 细胞组分
GO:0005773 vacuole 细胞组分
GO:0005777 peroxisome 细胞组分
GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G28760
ath:AT2G47650
ath:AT3G46440
ath:AT3G53520
ath:AT3G62830
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.525
排名 1 · TkA04G188950 · TK1151
细胞核0.264
排名 2 · TkA04G188950 · TK1151
线粒体0.167
排名 3 · TkA04G188950 · TK1151
质体0.136
排名 4 · TkA04G188950 · TK1151
过氧化物酶体0.106
排名 5 · TkA04G188950 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04321RmlD_sub_bind26-54 aa
PF00106adh_short26-56 aa
PF01370Epimerase27-68 aa
PF02719Polysacc_synt_227-53 aa
PF08659KR27-54 aa
PF16363GDP_Man_Dehyd28-74 aa
PF010733Beta_HSD28-55 aa
PF07993NAD_binding_429-51 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G188950PF04321RmlD_sub_bind26542e-0731.1
TkA04G188950PF00106adh_short26560.311.2
TkA04G188950PF01370Epimerase27682.1e-38132.8
TkA04G188950PF02719Polysacc_synt_227530.006316.5
TkA04G188950PF08659KR27540.3811.4
TkA04G188950PF16363GDP_Man_Dehyd28741.6e-46160.0
TkA04G188950PF010733Beta_HSD28554e-0730.1
TkA04G188950PF07993NAD_binding_429511.3e-0835.1
TkA04G188950PF010733Beta_HSD721434e-0730.1
TkA04G188950PF04321RmlD_sub_bind732522e-0731.1
TkA04G188950PF01370Epimerase752232.1e-38132.8
TkA04G188950PF16363GDP_Man_Dehyd762841.6e-46160.0
TkA04G188950PF07993NAD_binding_4761571.3e-0835.1
TkA04G188950PF02719Polysacc_synt_2761010.006316.5
TkA04G188950PF02719Polysacc_synt_21302390.006316.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LZI2拟南芥sp|Q9LZI2|UXS2_ARATH UDP-glucuronic acid decarboxylase 277.300%Swiss-Prot高置信
Q8S8T4拟南芥sp|Q8S8T4|UXS4_ARATH UDP-glucuronic acid decarboxylase 476.100%Swiss-Prot高置信
Q8VZC0拟南芥sp|Q8VZC0|UXS1_ARATH UDP-glucuronic acid decarboxylase 170.400%Swiss-Prot高置信
Q9ZV36拟南芥sp|Q9ZV36|UXS6_ARATH UDP-glucuronic acid decarboxylase 663.100%Swiss-Prot高置信
Q9SN95拟南芥sp|Q9SN95|UXS5_ARATH UDP-glucuronic acid decarboxylase 561.800%Swiss-Prot高置信

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