TkA04G187940 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G187940

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 48439751-48442104 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1466 bp · TkA04G187940|TK1151|cDNA

AAAAACCCTTTTTTGAAAACAGGTAATGTCGCGATCCAAAGTACATCGATTTAAAGCATATGCAGTCGACATACTCTTTTTGGCTATTCCCCATCACATTCCCTCGCCTGTAAATCATCCGGCCCCTTTGAATTCTTCCACATCGATTCTTCCCATAGTTGTCGCCATTTCTTCACTAGCCCCACCTCCGATTACCCTTCACTTTCACTCACTCTCTTTCCATTACTCCCTTCTCCGATCGAAATTGCTCTTCGTTCCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

822 bp · TkA04G187940|TK1151|CDS

ATGAGTTTTCAAGATATTGAAGCGGGTCGCCCGCTCAATTCTCGCCGTGCAGCCTACACGGGGATGAAACAACAAGACCCAACCCAAGCTATTGCTTCTGGGATCTTCCAGATCAATACTGCTGTATCTACGTTTCAGAGGCTAGTAAATACCATCGGTACCCCTAAAGACACCCCCGAGCTTCGAGACAAACTGCACAAAACAAGACTACATATTGGGCAACTGGTGAAGGACACATCTGAGAAACTCAAGCAAGCTAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

273 aa · TkA04G187940|TK1151|PROTEIN

MSFQDIEAGRPLNSRRAAYTGMKQQDPTQAIASGIFQINTAVSTFQRLVNTIGTPKDTPELRDKLHKTRLHIGQLVKDTSEKLKQASEADHRTEVSASKKITDAKLAKDFQAVLKEFQKAQRLSAERETAYSPSVPQPILPSRNEASEDASSGTSPEQRALLVDRRQEVLLLDNEIAFNEAIIEERDQGIQEIQNQIGEVNEIFKDLAVLVHEQGTMIDDIGSNIENSHAATLQGKSHLAKASKTQRSNSSMTCLLFVIL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G187940`
TK1151 ID	TkA04G187940
OH-1004 ID	LXL04_029898
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G187940

位置 Chr04:48439751-48442104 (+)

描述 Similar to SYP22: Syntaxin-22

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g46860`	可能在液泡组件中提供t-SNARE功能。	The occurrence of 'bulbs', a complex configuration of the vacuolar membrane, is affected by mutations of vacuolar SNARE and phospholipase in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04665.x SGR1, SGR2, SGR3: novel genetic loci involved in shoot gravitropism in Arabidopsis thaliana.1996 · DOI: 10.1104/pp.110.3.945
`At5g16830`	可能在运输囊泡与前液泡膜的对接或融合中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At4g17730`	可能在运输囊泡与前液泡膜的对接或融合中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At1g32270`	在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029898 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006623 protein targeting to vacuole 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006891 intra-Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006896 Golgi to vacuole transport 生物过程

GO:0006906 vesicle fusion 生物过程

GO:0008333 endosome to lysosome transport 生物过程

GO:0009597 detection of virus 生物过程

GO:0009660 amyloplast organization 生物过程

GO:0009959 negative gravitropism 生物过程

GO:0010118 stomatal movement 生物过程

GO:0016189 synaptic vesicle to endosome fusion 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G32270

ath:AT4G17730

ath:AT5G16830

ath:AT5G46860

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.315

排名 1 · TkA04G187940 · TK1151

细胞质0.301

排名 2 · TkA04G187940 · TK1151

溶酶体／液泡0.285

排名 3 · TkA04G187940 · TK1151

细胞膜0.184

排名 4 · TkA04G187940 · TK1151

内质网0.140

排名 5 · TkA04G187940 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05473UL4526-50 aa

PF14523Syntaxin_228-151 aa

PF00015MCPsignal32-52 aa

PF29732Syntaxin_R9BP37-118 aa

PF09548Spore_III_AB37-119 aa

PF14970TEDC154-118 aa

PF25398CUX1_N59-120 aa

PF25994HH_AprE64-93 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G187940	`PF05473`	UL45	26	50	0.26	11.6
TkA04G187940	`PF14523`	Syntaxin_2	28	151	1.9e-37	129.0
TkA04G187940	`PF00015`	MCPsignal	32	52	0.017	15.7
TkA04G187940	`PF29732`	Syntaxin_R9BP	37	118	4e-06	27.3
TkA04G187940	`PF09548`	Spore_III_AB	37	119	0.023	15.3
TkA04G187940	`PF14970`	TEDC1	54	118	0.52	11.3
TkA04G187940	`PF25398`	CUX1_N	59	120	0.077	13.7
TkA04G187940	`PF25994`	HH_AprE	64	93	0.14	13.0
TkA04G187940	`PF20667`	Sec10_N	72	121	0.65	10.8
TkA04G187940	`PF05739`	SNARE	73	89	2.6e-26	92.0
TkA04G187940	`PF23461`	ZMYND11_CC	74	97	2.1	9.5
TkA04G187940	`PF00957`	Synaptobrevin	76	89	0.32	11.6
TkA04G187940	`PF26336`	MacP_activator	81	113	5.3	8.2
TkA04G187940	`PF06024`	Orf78	86	100	0.19	12.8
TkA04G187940	`PF28258`	MSC_0620_UU052	86	117	0.75	8.9
TkA04G187940	`PF23461`	ZMYND11_CC	105	121	2.1	9.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P93654`	拟南芥	sp\|P93654\|SYP22_ARATH Syntaxin-22	60.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q39233`	拟南芥	sp\|Q39233\|SYP21_ARATH Syntaxin-21	58.300%	Swiss-Prot	高置信
`O04378`	拟南芥	sp\|O04378\|SYP23_ARATH Syntaxin-23	60.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9C615`	拟南芥	sp\|Q9C615\|SYP24_ARATH Putative syntaxin-24	60.400%	Swiss-Prot	中等置信

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