TkA04G178100 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G178100

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 46072940-46076701 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2203 bp · TkA04G178100|TK1151|cDNA

GAAAGTTTAGGGTCTAAAGAGAAGTACTTTTCCTCAGAAAAGGGTTTTGGGGGGTTTTTCTGGTTCGCATTGCGTCTCCATCTCCGTTACTCCGTCGCCTCTCTCCTTGGCCTCCATTTCGTTCTCAAGATCTTGCACCATGGTTCTATCAAATAAGAAGCTAAAGGAAAAGCTACGAGTCCAACTCGCCGAAACCTTAGCCAAATCAGAGTCACAAGTAAACCAACCCAATCCCAACGACTCGCAAACCCCCCAGTCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1809 bp · TkA04G178100|TK1151|CDS

ATGGTTCTATCAAATAAGAAGCTAAAGGAAAAGCTACGAGTCCAACTCGCCGAAACCTTAGCCAAATCAGAGTCACAAGTAAACCAACCCAATCCCAACGACTCGCAAACCCCCCAGTCATTCAAATCTCTCTTGAATTTGGTAACCCAAAAACCTAAATTATCCAAAAGAGAAAAACGCAGAGTTAAATTACCATCTGTTCAAGGAAGTTCAGAACTTCAAACTCATGAAAATGGTGAAAGCGAAGATGGTAATGGTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

602 aa · TkA04G178100|TK1151|PROTEIN

MVLSNKKLKEKLRVQLAETLAKSESQVNQPNPNDSQTPQSFKSLLNLVTQKPKLSKREKRRVKLPSVQGSSELQTHENGESEDGNGGLKKNNKRKREKDAVEVKDPNEIKSNKKKNKKKKNKKAAKKEEEEGLQKAIAITEEQPVQQTSKPIETHNSKEDPSISTKVYVGGIPYYSTVDDIRSYFEGCGSITEIDCLKFPETGKFNGIAMISFRTEAASKRALALDGSDMGGLSLKVQPYKATREKKVSDFAPAMLDGYN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G178100`
TK1151 ID	TkA04G178100
OH-1004 ID	LXL04_035022
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G178100

位置 Chr04:46072940-46076701 (+)

描述 Similar to HEXBP: DNA-binding protein HEXBP

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g55340`	介导极化 mRNA 的 RNA 结合蛋白（例如）。	A novel RNA-binding protein associated with cell plate formation.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.120527

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035022 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000914 phragmoplast assembly 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0009920 cell plate formation involved in plant-type cell wall biogenesis 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:1901259 chloroplast rRNA processing 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009524 phragmoplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G55340

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.765

排名 1 · TkA04G178100 · TK1151

细胞质0.227

排名 2 · TkA04G178100 · TK1151

细胞膜0.056

排名 3 · TkA04G178100 · TK1151

内质网0.053

排名 4 · TkA04G178100 · TK1151

质体0.030

排名 5 · TkA04G178100 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23458DUF713095-119 aa

PF14353CpXC109-132 aa

PF00054Laminin_G_1136-188 aa

PF16367RRM_7164-192 aa

PF14605Nup35_RRM_2166-223 aa

PF00076RRM_1167-235 aa

PF28441RRM_11169-227 aa

PF30379SLU7_N188-197 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G178100	`PF23458`	DUF7130	95	119	0.58	10.8
TkA04G178100	`PF14353`	CpXC	109	132	0.086	13.7
TkA04G178100	`PF00054`	Laminin_G_1	136	188	0.072	14.0
TkA04G178100	`PF16367`	RRM_7	164	192	0.00068	20.3
TkA04G178100	`PF14605`	Nup35_RRM_2	166	223	0.22	12.2
TkA04G178100	`PF00076`	RRM_1	167	235	2.8e-26	91.9
TkA04G178100	`PF28441`	RRM_11	169	227	0.011	16.7
TkA04G178100	`PF30379`	SLU7_N	188	197	1.6	9.0
TkA04G178100	`PF16367`	RRM_7	261	283	0.00068	20.3
TkA04G178100	`PF00076`	RRM_1	262	329	2.8e-26	91.9
TkA04G178100	`PF28441`	RRM_11	267	291	0.011	16.7
TkA04G178100	`PF29534`	Salivary_glue	356	383	0.0033	18.0
TkA04G178100	`PF25160`	LdpA_Fe-S-bd	359	383	0.23	12.0
TkA04G178100	`PF30379`	SLU7_N	359	379	1.6	9.0
TkA04G178100	`PF14353`	CpXC	361	379	0.086	13.7
TkA04G178100	`PF12773`	DZR	363	380	0.28	12.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M3B8`	拟南芥	sp\|Q9M3B8\|PHIP1_ARATH Phragmoplastin interacting protein 1	41.000%	Swiss-Prot	中等置信

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