TkA04G175590 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G175590

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 45464567-45468648 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2423 bp · TkA04G175590|TK1151|cDNA

GAAAGACGGGGGGATGTTCAGTGTGGACTTTGGGCGCTTGAAAGTTCCAGTGGAAGAAGCTAGGGCACGCTTTCTCCCTCTGCATCGTCGTCAAATTTTTATGTGATAAGAATTGTGCTTAGATAGAGAAAATGCCGTTCATATCGCAAACGGAGAGACAATCCGATTACAATCTCATACCTTCAAGCTGCCCAATCGTTATCGACAATGGCGCCTCTTATTTTAGAATGGGATGGGCAGGAGAGAGTGAGCCTCGAATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1368 bp · TkA04G175590|TK1151|CDS

ATGCTGGCAACTTCCATGGACACCAACACCAGTGGAAGAGCCACCATCCGAAGAGGAGATTGCAAGGAAAGCAGCTTTAAGAGAAAAACACGGTCAAAGGTTACGGGAAATGGCCGAGGCAAAAAGATGTTCGAAAATAAACGAACTAGAAAACGAATTAAAGGGTTGGAATTTCTTATTCAACAACTTAGACACGTAAATGGAAACGACATCCCGTCTTTTTTATCCGAAACCGGTTACGTATCCAAGCAAGAAATCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

455 aa · TkA04G175590|TK1151|PROTEIN

MLATSMDTNTSGRATIRRGDCKESSFKRKTRSKVTGNGRGKKMFENKRTRKRIKGLEFLIQQLRHVNGNDIPSFLSETGYVSKQEIESAIVKVTQSLRKAKGEQDEIEEKQDPSGTEKYTLIDIPDNLLTPEQIKEKKRQLFLKTTSEGRQRAKQKRFEQELERERRNKEDEQRRLENPEVYMEQLRVKYKELSEKVDQRKKQKTNANNTTETNNGVGRGERLNAAQKERMRLLTTAAFDRGKGEDTFGIKDEDWQLYKK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G175590`
TK1151 ID	TkA04G175590
OH-1004 ID	LXL04_035044
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 88.571 / OH-1004 56.128 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G175590

位置 Chr04:45464567-45468648 (-)

描述 Similar to ARP5: Actin-related protein 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g12380`	染色质重塑复合物的可能亚基。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2WKK5`	肌动蛋白相关蛋白5。	暂无已核实直接文献
`Os01g0144340`	肌动蛋白相关蛋白5。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035044 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0010082 regulation of root meristem growth 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0030029 actin filament-based process 生物过程

GO:0045815 transcription initiation-coupled chromatin remodeling 生物过程

GO:0080036 regulation of cytokinin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G12380

ddi:DDB_G0291728

spo:2541031

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.937

排名 1 · TkA04G175590 · TK1151

细胞质0.157

排名 2 · TkA04G175590 · TK1151

线粒体0.025

排名 3 · TkA04G175590 · TK1151

细胞膜0.016

排名 4 · TkA04G175590 · TK1151

内质网0.007

排名 5 · TkA04G175590 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02601Exonuc_VII_L144-230 aa

PF22251PFF1_TM145-241 aa

PF01913FTR179-224 aa

PF00022Actin316-446 aa

PF01913FTR343-390 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G175590	`PF02601`	Exonuc_VII_L	144	230	2.5	8.2
TkA04G175590	`PF22251`	PFF1_TM	145	241	6.1	7.0
TkA04G175590	`PF01913`	FTR	179	224	0.098	13.3
TkA04G175590	`PF00022`	Actin	316	446	4e-21	75.8
TkA04G175590	`PF01913`	FTR	343	390	0.098	13.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q940Z2`	拟南芥	sp\|Q940Z2\|ARP5_ARATH Actin-related protein 5	60.600%	Swiss-Prot	高置信
`A2WKK5`	水稻	sp\|A2WKK5\|ARP5_ORYSI Actin-related protein 5	49.600%	Swiss-Prot	中等置信
`A2ZP58`	水稻	sp\|A2ZP58\|ARP5_ORYSJ Actin-related protein 5	49.600%	Swiss-Prot	中等置信

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