TkA04G172430 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G172430

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 44640451-44643166 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1418 bp · TkA04G172430|TK1151|cDNA

GACAATGTTGTATTTTGTGTCCTTTCACTGCATACTAATATCTTTCTCTCTAGTAAAGATCTTGCTTAAAAGTTCTTTAATTCCTTTCTAATTTCAGACATACATCATGGTTGGGCGTATTTTAATGCTTCTTCATAAGGACATATTTTGCAGACATGGATTTGGCTTTACATGTACATAAGAAATTAAATCGGAGGAGACAAGCACAAAGAACGTAGGTGGACTCGTGGAGTTGGATTGAGAGAAATATTACAAAGTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

825 bp · TkA04G172430|TK1151|CDS

ATGACTACAGCGGCAGCTGCAGGGGCGGCGACCGGTTCTGGTTCTGAAACTCGAAATTCCCGATGGTCTCTAGCCGGAATGACTGCTCTCGTTACCGGTGGTACACGTGGGATCGGCCACGCAGTGGTGGAGGAATTGGCGGAGTTAGGGGCGGCGGTACACACCTGCTCTCGCAACGAGGCCGAGCTCAACCAACGTCTCCAAGAATGGTCGACCAAGGGCTTCACCGTCACCGGATCCGTCTGCGATGCAACTTCTAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

274 aa · TkA04G172430|TK1151|PROTEIN

MTTAAAAGAATGSGSETRNSRWSLAGMTALVTGGTRGIGHAVVEELAELGAAVHTCSRNEAELNQRLQEWSTKGFTVTGSVCDATSTPDRKRLLEKVSSIFNGKLNILINNVGTTIVKPALEYTSEEYSLIMATNLESGYHMSQLAHPFLKASGFGSIVFISSVAGSIQINCTSIYGPTKAAMNQLATNLACEWAKDNIRSNSVAPGCTRTPLVEPLLSNQEFLDTMVSRIPMKRIAEVNEVSSMVAFLCMPAASYITGQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G172430`
TK1151 ID	TkA04G172430
OH-1004 ID	LXL04_035058
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G172430

位置 Chr04:44640451-44643166 (+)

描述 Similar to SDR: Tropinone reductase homolog At2g29360

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g29360`	氧化还原酶对环酮体有效，但对托吡酮或诺托吡酮不具活性。	暂无已核实直接文献
`At5g06060`	醇基还原酶同源蛋白 At5g06060。	暂无已核实直接文献
`At2g29350`	非特异性还原酶，提供来自前手酮的两种异构异构醇。	暂无已核实直接文献
`At2g29290`	托吡酮还原酶同源物 At2g29290。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035058 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002213 defense response to insect 生物过程

GO:0031347 regulation of defense response 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004022 alcohol dehydrogenase (NAD+) activity 分子功能

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0050356 tropine dehydrogenase activity 分子功能

GO:0050358 tropinone reductase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G29290

ath:AT2G29350

ath:AT2G29360

ath:AT5G06060

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.401

排名 1 · TkA04G172430 · TK1151

细胞质0.302

排名 2 · TkA04G172430 · TK1151

过氧化物酶体0.271

排名 3 · TkA04G172430 · TK1151

细胞核0.100

排名 4 · TkA04G172430 · TK1151

质体0.066

排名 5 · TkA04G172430 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26062PccX3-33 aa

PF23441SDR24-268 aa

PF04321RmlD_sub_bind27-65 aa

PF00106adh_short28-220 aa

PF08659KR28-189 aa

PF01370Epimerase29-95 aa

PF05368NmrA29-101 aa

PF02719Polysacc_synt_230-196 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G172430	`PF26062`	PccX	3	33	0.56	11.3
TkA04G172430	`PF23441`	SDR	24	268	0.00026	21.2
TkA04G172430	`PF04321`	RmlD_sub_bind	27	65	0.25	11.1
TkA04G172430	`PF00106`	adh_short	28	220	1.5e-48	165.6
TkA04G172430	`PF08659`	KR	28	189	2.2e-11	44.7
TkA04G172430	`PF01370`	Epimerase	29	95	0.00041	20.6
TkA04G172430	`PF05368`	NmrA	29	101	0.31	11.3
TkA04G172430	`PF02719`	Polysacc_synt_2	30	196	0.08	12.8
TkA04G172430	`PF16363`	GDP_Man_Dehyd	30	83	0.11	12.6
TkA04G172430	`PF13460`	NAD_binding_10	33	66	0.23	12.0
TkA04G172430	`PF13561`	adh_short_C2	36	269	6.5e-58	196.8
TkA04G172430	`PF00107`	ADH_zinc_N	37	125	0.13	12.9
TkA04G172430	`PF29650`	ATG23	41	115	0.18	11.8
TkA04G172430	`PF26062`	PccX	46	89	0.56	11.3
TkA04G172430	`PF16363`	GDP_Man_Dehyd	172	190	0.11	12.6
TkA04G172430	`PF04321`	RmlD_sub_bind	173	188	0.25	11.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZW19`	拟南芥	sp\|Q9ZW19\|TRNHC_ARATH Tropinone reductase homolog At2g29360	67.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LHT0`	拟南芥	sp\|Q9LHT0\|TRNHF_ARATH Tropinone reductase homolog At5g06060	66.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q9ZW18`	拟南芥	sp\|Q9ZW18\|SAG13_ARATH Senescence-associated protein 13	65.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9ZW13`	拟南芥	sp\|Q9ZW13\|TRNH6_ARATH Tropinone reductase homolog At2g29290	63.600%	Swiss-Prot	高置信

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