TkA04G163310 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G163310

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 42170792-42174146 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2316 bp · TkA04G163310|TK1151|cDNA

CGGGAACAAAGAAATTCCCCAAATTTGAGTTGCAACGAATTTTTGTTATGCTAGTAATGAGTAGGCGAACAAGCAAATACAGAAATACTTCCAACGCTGCCATTGAAGTCGACCACGAGCTCCGTTAGATTCTGATTCGTTGATGTGCTGCGAATTTTACAGTTTTCACTTTTCATCACAGTTCTTCTTAATTTAGGTTTTCAATGAAGGTTCGATTATTAGCAGTGACGATTTTTATCCTCGTAAATGTTCACGTAACA...

CDS

下载 CDS FASTA

1422 bp · TkA04G163310|TK1151|CDS

ATGAAGGTTCGATTATTAGCAGTGACGATTTTTATCCTCGTAAATGTTCACGTAACAACCGCTGATCTGAGCTCCGACACTGAAGCTCTTCTTAAATTCGCTTCATCGGTGCCGCACCTCAGAAAACTCAACTGGAGTTCCTCTACGCCGATTTGCACTTCTTGGTTTGGAGTAAAATGTAACGACGATGGAACACGCGTTACCGCCGTTCATCTCCCCGGTGTCGGACTTTACGGCCCGATCCCGTCAAATAGCATCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

473 aa · TkA04G163310|TK1151|PROTEIN

MKVRLLAVTIFILVNVHVTTADLSSDTEALLKFASSVPHLRKLNWSSSTPICTSWFGVKCNDDGTRVTAVHLPGVGLYGPIPSNSIGKLDALKILSLRSNFLTGNLPSDIPAIPSLQSLYLQHNNFSGNIPLPLSPQISVLDLSFNSFSGDIPVAIQNLTRLTLLNLQFNSFSGAVPTLNLTRLRLLNVSYNTLSGSIPESLQKFPVSSFEGNSLLCGEPLRQCSSSSSSSSSPVDLPYPAKHKKLTTGAIVGIVIGCIL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G163310`
TK1151 ID	TkA04G163310
OH-1004 ID	LXL04_035144
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.674 / OH-1004 64.888 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G163310

位置 Chr04:42170792-42174146 (+)

描述 Similar to At5g58300: Probable inactive receptor kinase At5g58300

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g58300`	可能是非活性受体激酶 At5g58300。	暂无已核实直接文献
`At3g08680`	可能的非活性受体激酶 At3g08680。	暂无已核实直接文献
`At5g05160`	可能的富含亮氨酸重复的受体类蛋白激酶。	暂无已核实直接文献
`At2g26730`	可能失活的受体激酶 At2g26730。	暂无已核实直接文献
`At4g23740`	可能的非活性受体激酶 At4g23740。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035144 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:2000605 positive regulation of secondary growth 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009898 cytoplasmic side of plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0016328 lateral plasma membrane 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G26730

ath:AT3G08680

ath:AT4G23740

ath:AT5G05160

ath:AT5G58300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.868

排名 1 · TkA04G163310 · TK1151

内质网0.081

排名 2 · TkA04G163310 · TK1151

细胞质0.067

排名 3 · TkA04G163310 · TK1151

细胞核0.043

排名 4 · TkA04G163310 · TK1151

溶酶体／液泡0.026

排名 5 · TkA04G163310 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263LRRNT_224-61 aa

PF12799LRR_436-44 aa

PF22812CR_prot_dom_plant42-71 aa

PF23598LRR_1481-202 aa

PF13855LRR_884-126 aa

PF00560LRR_192-110 aa

PF12799LRR_492-132 aa

PF07723LRR_292-103 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G163310	`PF08263`	LRRNT_2	24	61	3.2e-08	34.4
TkA04G163310	`PF12799`	LRR_4	36	44	9.7e-09	35.9
TkA04G163310	`PF22812`	CR_prot_dom_plant	42	71	0.011	16.9
TkA04G163310	`PF23598`	LRR_14	81	202	2.3e-05	24.0
TkA04G163310	`PF13855`	LRR_8	84	126	3.8e-11	43.3
TkA04G163310	`PF00560`	LRR_1	92	110	2.2e-12	45.2
TkA04G163310	`PF12799`	LRR_4	92	132	9.7e-09	35.9
TkA04G163310	`PF07723`	LRR_2	92	103	0.15	13.4
TkA04G163310	`PF00560`	LRR_1	115	134	2.2e-12	45.2
TkA04G163310	`PF07723`	LRR_2	115	129	0.15	13.4
TkA04G163310	`PF24141`	LRR_ComC	116	201	0.35	11.2
TkA04G163310	`PF13855`	LRR_8	137	171	3.8e-11	43.3
TkA04G163310	`PF12799`	LRR_4	138	171	9.7e-09	35.9
TkA04G163310	`PF00560`	LRR_1	139	159	2.2e-12	45.2
TkA04G163310	`PF07723`	LRR_2	140	151	0.15	13.4
TkA04G163310	`PF12799`	LRR_4	160	198	9.7e-09	35.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LVM0`	拟南芥	sp\|Q9LVM0\|Y5830_ARATH Probable inactive receptor kinase At5g58300	60.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9C9Y8`	拟南芥	sp\|Q9C9Y8\|Y3868_ARATH Probable inactive receptor kinase At3g08680	55.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FHK7`	拟南芥	sp\|Q9FHK7\|Y5516_ARATH Probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At5g05160	56.800%	Swiss-Prot	高置信
`O48788`	拟南芥	sp\|O48788\|Y2267_ARATH Probable inactive receptor kinase At2g26730	47.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SUQ3`	拟南芥	sp\|Q9SUQ3\|Y4374_ARATH Probable inactive receptor kinase At4g23740	41.100%	Swiss-Prot	中等置信

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