TkA04G163120 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G163120

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 42127916-42130540 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1874 bp · TkA04G163120|TK1151|cDNA

GTAAATTCAGAAATTTGAAATCAAGCCGGACGCCAAATACTTTATAGAATCGGACATAACTTTTATTATATTTATTAGTTTTACGTTTGGGCCCTTGTTCCCTCTCTCCCTCTCTCGCTCTTTTTTTTGTAGAGAGAGTGGCACAAAATTTAGATATATACTTGCGATATTCATAGATTTAGGGCACGAAGATGGCGAATTAGTGTGAGGAATTGCAAAATTATCTACCGTTTAGTTTAATTTGTGCAAATAATTGTTCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1401 bp · TkA04G163120|TK1151|CDS

ATGGACGGGAGGAGGATAACGGCGAGTCCACGTCCGTGCAATGGCCGGAGGGTGGTGGCGAAGAAGCGGCCATGTGGTGGTGTTGATGGGTTTGTGAATAGCGTTAAGAAGCTTCAAAGGAGAGAGATTTGTTCAAAGCGCGATCGTTCTTTTAGTATGTGTGATGCTCAGGAAAGGTTCAGAAATATCCGCTTACAGGAGGAGTATGATACCCATGATCCAAAGGGACACTGTTCTATGGTATTACCATTTCTCAAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

466 aa · TkA04G163120|TK1151|PROTEIN

MDGRRITASPRPCNGRRVVAKKRPCGGVDGFVNSVKKLQRREICSKRDRSFSMCDAQERFRNIRLQEEYDTHDPKGHCSMVLPFLKKRSKIVEIVAARDIVFALAQSGICAAFSRETNQRICFLNVSPDEVIRSLFYNKNNDSLITVSVYASDSFSSLKCRTTGIEYIRRGKPDAGFALFESESLKWPGFVEFDDVNGKVLTFSAQDSIYKVFDLKNYMMLYSISDKNVQEIKISPGIMLLIFNKSSGHVPLKILSIEDG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G163120`
TK1151 ID	TkA04G163120
OH-1004 ID	LXL04_035149
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.425 / OH-1004 39.160 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G163120`
位置	Chr04:42127916-42130540 (-)
描述	Similar to Putative AC transposase
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_035149` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0009791 post-embryonic development 生物过程 GO:0032196 transposition 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0003677 DNA binding 分子功能 GO:0008270 zinc ion binding 分子功能 GO:0046983 protein dimerization activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT3G42170 dosa:Os03g0733400 dosa:Os05g0239150 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.523

排名 1 · TkA04G163120 · TK1151

细胞质0.424

排名 2 · TkA04G163120 · TK1151

线粒体0.057

排名 3 · TkA04G163120 · TK1151

细胞膜0.053

排名 4 · TkA04G163120 · TK1151

内质网0.036

排名 5 · TkA04G163120 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25463DUF789949-464 aa

PF23393Beta-prop_WDR90_POC16_2nd84-134 aa

PF21828DUF688886-105 aa

PF23756Beta-prop_HPS5115-152 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz117-150 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st128-149 aa

PF24796WDR55129-148 aa

PF25174Beta-prop_THOC3192-268 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G163120	`PF25463`	DUF7899	49	464	5.3e-224	743.8
TkA04G163120	`PF23393`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	84	134	0.00014	21.9
TkA04G163120	`PF21828`	DUF6888	86	105	0.19	12.3
TkA04G163120	`PF23756`	Beta-prop_HPS5	115	152	0.062	13.2
TkA04G163120	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	117	150	0.0018	18.3
TkA04G163120	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	128	149	0.0051	16.9
TkA04G163120	`PF24796`	WDR55	129	148	0.0027	17.5
TkA04G163120	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	192	268	0.00036	20.3
TkA04G163120	`PF23393`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	196	265	0.00014	21.9
TkA04G163120	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	196	308	0.0012	18.9
TkA04G163120	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	221	311	0.0018	18.3
TkA04G163120	`PF29037`	DSE1_N	221	329	0.016	15.1
TkA04G163120	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	222	360	0.0051	16.9
TkA04G163120	`PF24796`	WDR55	226	344	0.0027	17.5
TkA04G163120	`PF23756`	Beta-prop_HPS5	251	332	0.062	13.2
TkA04G163120	`PF23393`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	260	376	0.00014	21.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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