TkA04G160100 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G160100

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 41361345-41364831 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2056 bp · TkA04G160100|TK1151|cDNA

GTTCGATTTGCCCCCTTCTTCTAAAACCCTCTTGTTCGAGAGAACCCTAAATTGAAGCAGAGTGGATAGAGAGTGGGGAAGATGTCGTCGACGCTGTTAGAGCTGACTCGAGCGGCTCACGAGGAAACTGAGAAGTTGGAGAGACTGATAGTGAAGGATCTGCAGAATGAACCGGCTTCGAACAAGGATCGCCTCTCCCAAAGCCACCGTGTGCGCCATATGATCGACCAAATCACCACCACTACTTACAAGATTATTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1536 bp · TkA04G160100|TK1151|CDS

ATGTCGTCGACGCTGTTAGAGCTGACTCGAGCGGCTCACGAGGAAACTGAGAAGTTGGAGAGACTGATAGTGAAGGATCTGCAGAATGAACCGGCTTCGAACAAGGATCGCCTCTCCCAAAGCCACCGTGTGCGCCATATGATCGACCAAATCACCACCACTACTTACAAGATTATTGAGATTTATGAAGACAAAGACAATGCAAGGAAGGATGAAATTGCAGCCCTTGGTGGACAAACTGCATCTGGGACGACTAATGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

511 aa · TkA04G160100|TK1151|PROTEIN

MSSTLLELTRAAHEETEKLERLIVKDLQNEPASNKDRLSQSHRVRHMIDQITTTTYKIIEIYEDKDNARKDEIAALGGQTASGTTNVFSAFYDRLKEIREYHRRHPSARVIDTTDEYEELLQEEPQVEFSGEEAHGRYLDMHELYNDYINSKFGKHLDYTSYLEVFSQPHTIPRKLKMTRQYREYLSKMVEYLVYFIERTEPLQDLDRLFLKVSSEFEEQWANGKVDGWKDEVKDNGHVSDEHTSIDLDYYSTVEELVEL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G160100`
TK1151 ID	TkA04G160100
OH-1004 ID	LXL04_035173
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G160100

位置 Chr04:41361345-41364831 (+)

描述 Similar to ATO: Splicing factor SF3a60 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g06160`	与SF3a60同源的剪接因子，可能参与前剪接体的形成。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035173 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程

GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions 生物过程

GO:0000387 spliceosomal snRNP assembly 生物过程

GO:0000389 mRNA 3'-splice site recognition 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0009566 fertilization 生物过程

GO:0045292 mRNA cis splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0045694 regulation of embryo sac egg cell differentiation 生物过程

GO:1903241 U2-type prespliceosome assembly 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G06160

dme:Dmel_CG2925

hsa:10946

mmu:75062

spo:2540932

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.901

排名 1 · TkA04G160100 · TK1151

细胞质0.175

排名 2 · TkA04G160100 · TK1151

线粒体0.023

排名 3 · TkA04G160100 · TK1151

细胞膜0.017

排名 4 · TkA04G160100 · TK1151

内质网0.009

排名 5 · TkA04G160100 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF19755DUF624229-75 aa

PF12108SF3a60_bindingd83-107 aa

PF16837SF3A3128-176 aa

PF16837SF3A3176-195 aa

PF26098Phage_Inh_C178-200 aa

PF13297SDE2_2C225-305 aa

PF21650DnaG_cat_HB225-236 aa

PF26098Phage_Inh_C227-255 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G160100	`PF19755`	DUF6242	29	75	0.055	14.5
TkA04G160100	`PF12108`	SF3a60_bindingd	83	107	2.5e-12	47.2
TkA04G160100	`PF16837`	SF3A3	128	176	1.4e-16	61.0
TkA04G160100	`PF16837`	SF3A3	176	195	1.4e-16	61.0
TkA04G160100	`PF26098`	Phage_Inh_C	178	200	0.61	10.7
TkA04G160100	`PF13297`	SDE2_2C	225	305	2.1e-29	102.0
TkA04G160100	`PF21650`	DnaG_cat_HB	225	236	0.097	13.5
TkA04G160100	`PF26098`	Phage_Inh_C	227	255	0.61	10.7
TkA04G160100	`PF11931`	SF3a60_Prp9_C	350	371	1.2e-54	184.7
TkA04G160100	`PF19755`	DUF6242	381	398	0.055	14.5
TkA04G160100	`PF11931`	SF3a60_Prp9_C	392	511	1.2e-54	184.7
TkA04G160100	`PF26098`	Phage_Inh_C	402	408	0.61	10.7
TkA04G160100	`PF06397`	Desulfoferrod_N	413	423	0.096	13.0
TkA04G160100	`PF21650`	DnaG_cat_HB	431	462	0.097	13.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FG01`	拟南芥	sp\|Q9FG01\|ATO_ARATH Splicing factor SF3a60 homolog	70.900%	Swiss-Prot	高置信

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